Il disordine era giunto al colmo; uno dopo l'altro gli abati erano costretti ad abbandonare la dignità. Vedendo infruttuose le riforme più volte tentate con decreti ed ordinanze della Curia romana, Urbano VI risolvette di por fine con un'azione repressiva e vigorosa a quell'anarchia. Con la bolla dell'anno 1386 egli tolse ai monaci il loro antico e prezioso diritto di eleggere l'abate. Dalla fondazione del chiostro essi avevano eletto 57 abati, ed erano fieri del privilegio del loro piccolo principato elettivo, che sorpassava per venerabile età i regni della terra; a malincuore dunque dovettero piegarsi all'ordine pontificio, e da quel tempo cominciò a declinare lo splendore di questa abbazia benedettina.

Furono i pontefici che scelsero d'allora in poi gli abati, e questi nuovi capi del chiostro si dissero manuales, perchè ricevevano l'investitura dalle mani del papa. Il primo di questi fu Tommaso da Celano, ardente seguace di Urbano, uomo di qualità e doti superiori. Tale ordine di cose durò fino all'anno 1455, nel quale gli abati, sino allora arbitri della forza e giurisdizione feudale, e di essa terribilmente armati, perdettero anche questo diritto.

Si narra che la continua tirannide che esercitavano sui loro sottoposti sia stata la causa di tale perdita. Finchè il loro governo come una maledizione posò sui poveri sudditi, che riempivano le carceri, e spesso erano anche precipitati nei pozzi sotterranei della fortezza, i lamenti del popolo si alzarono alti e strazianti. Un caso segnò il momento della liberazione. Nel novembre 1454 quindici giovanetti schernirono per via due monaci e aizzarono contro loro dei cani: i fratelli del chiostro se ne lagnarono presso l'abate e la notte seguente questi mandò i suoi birri alle case ove abitavano i giovani, appartenenti alle più note famiglie del luogo, e al cader del sole la popolazione vide i quindici infelici impiccati alla forca, in un punto che anche oggi si chiama Colle delle Forche. Allora la popolazione si sollevò, assalì il chiostro, uccise i monaci, li precipitò dalle finestre nell'abisso, e devastò l'abbazia. In seguito a questo fatto, Callisto III, il 16 gennaio 1455, ridusse Subiaco in commenda e dispose che un cardinale ne godesse i ricchi beneficî, sotto il titolo di abate; ed il primo fu il dotto spagnolo Juan Torquemada, cardinale di Santa Maria in Trastevere, cui comandò di riformare l'ordinamento di Subiaco e di tutti i castelli dipendenti. Fu allora stabilito un nuovo statuto, secondo il quale ogni abate era obbligato al giuramento di governare rettamente innanzi ai membri della comunità di Subiaco, mentre da parte sua la popolazione doveva giurare a lui fedeltà. Al primo cardinale abate Torquemada ed a questo chiostro spetta la bella fama di avere dato alla luce la prima opera stampata fuori di Germania.[8] Ne furono editori Corrado Schweinheym e Arnoldo Pannartz che, prima di stabilire la stamperia romana al palazzo Massimi, trovarono ospitali accoglienze a Subiaco. Qui anzi essi terminarono il 30 ottobre 1465 di stampare le Istituzioni di Lattanzio, e pubblicarono nel 1467 l'opera di S. Agostino: De civitate Dei. Questi magnifici ricordi della signoria monacale a Subiaco sono insieme degni monumenti della nostra patria tedesca; ancor oggi li conserva la biblioteca del chiostro di S. Scolastica.

Torquemada morì in Roma nel 1467 e gli successe un altro spagnolo, Rodrigo Borgia, divenuto poi Alessandro VI.

In Subiaco le preziose opere di stampa non ricordano il suo nome, ma lo ricorda la rocca del palazzo, a cui nel 1476 aggiunse un'ala sormontata dalla torre quadrata. Si vede ancora il toro del suo stemma sul muro esterno, dove un'iscrizione dice che il cardinale Rodrigo munì la rocca per la difesa dei monaci e dell'abbazia e per la sicurezza dei confini della Chiesa Romana. Sedici anni dopo fu inalzato al seggio pontificio; egli pagò anche il voto datogli nel conclave dal cardinale Giovanni Colonna, avendogli promessa l'abbazia di cui sino ad allora aveva goduto i beneficî. Ma l'amicizia fra Alessandro VI e i Colonna ebbe breve durata: la più potente famiglia romana cominciò ad attraversare i disegni dei Borgia, che miravano a formare un grande dominio temporale, per mezzo della forza e dell'astuzia, a danno dei grandi baroni. Il cardinale Colonna dovette far vela per la Sicilia ed abbandonare la commenda, che per tutta la durata del pontificato di Alessandro, fu occupata dal palermitano Luigi de Aspris.

Era quel terribile papa appena morto, che Colonna fu reintegrato nella commenda dal suo successore, Giulio II. Nel 1508 la passò egli stesso al famoso suo nipote Pompeo: questo lascivo cardinale dicesi conducesse a Subiaco la bella Marsilia, figlia di Attilio Corsi. Un giorno il padre brandendo un pugnale riuscì a penetrare nella camera del seduttore, ma fu afferrato dai servi e gettato in un sotterraneo segreto. Pompeo si era già guastato con Giulio II, che aveva riunito l'abbazia di Subiaco con quella di Farfa, terzo degli antichi conventi benedettini, fondato nel VI secolo nel territorio sabino, ed allargato ed esteso dai duchi longobardi di Spoleto, nei dominî dei quali il monastero si trovava. I rapporti fra le due abbazie diedero d'allora in poi occasione a continue lotte: un partito voleva riunirsi ai monaci di Montecassino, ciò che ebbe luogo nel 1514; l'altro, il partito tedesco, stava invece per la fusione con l'abbazia di Farfa. Farfa aveva il titolo di abbazia imperiale e contava molti tedeschi fra i suoi monaci: essi ricorsero più volte all'imperatore e, più volte scacciati da Montecassino, i benedettini vi furono reintegrati dai papi.

Pompeo Colonna, scomunicato da Giulio II, ma riammesso in grembo alla madre Chiesa da Leone X, passò la commenda al nipote Scipione. I Colonna erano potenti nella Campagna romana, dove si erano formati un piccolo regno delle città degli Ernici e dei Volsci; essi pensavano perciò d'incorporare anche Subiaco nei loro possessi, e siccome i cardinali di questa famiglia ottenevano dai papi che fosse assegnata la commenda ai loro nipoti, viventi ancor essi, così fu loro possibile di essere padroni di Subiaco per ben 116 anni. Per tutto questo periodo il paese rimase ai Colonna, nonostante le continue lotte coi papi. Clemente VII subì per questo una tremenda sconfitta. Le sue truppe distrussero nel 1527 la rocca di Subiaco, ma il 28 giugno dell'anno successivo furono completamente battute, sotto il comando di Napoleone Orsini. La bandiera tolta in quella giornata alle truppe pontificie, si conserva, come trofeo, nella chiesa di S. Scolastica, e ogni anno, nello anniversario, si festeggia a Subiaco, con una processione, questa vittoria ottenuta su di un pontefice.

Questi ricordi storici sono ancora vivi in tutta la regione.

Il dominio dei Colonna fu un governo baronale, fatto di arbitrio, senza legge, simile al dominio lombardo-spagnolo dipinto dal Manzoni nel suo romanzo. Questi cardinali non vedevano nella porpora che indossavano che il manto della sovranità; dei banditi assoldati, già noti allora sotto il nome di bravi, obbedivano fedelmente ai loro minimi cenni, e nè la proprietà, nè l'onore delle famiglie erano sacri a quelle masnade accampate nel cortile della rocca. Mentre duravano ancora le contese tra Farfa e Montecassino, una notte, Scacciadiavolo, il temuto bravo di Pompeo, con 44 armati piombò sul chiostro di S. Scolastica, lo saccheggiò e ne scacciò tutti i monaci. Si dice che vi avesse avuto mano anche il cardinale; fatto si è che egli fu destituito dal papa, ma per esser subito dopo rimesso al suo posto. La storia di quel tempo è piena di simili violenze, e molti luoghi di Subiaco ne tramandano la cupa memoria: si mostra ancora la piazza, per esempio, in cui parecchi cittadini furono sepolti vivi. Subiaco vide, fra le altre atrocità, anche lo spaventoso matricidio che impedì la grazia della famiglia Cenci. Un membro della casa Santa Croce di Roma avendo nel 1599 strangolato la sua propria madre a Subiaco, il papa, appena saputolo, firmò la condanna a morte di Beatrice Cenci, della matrigna e del fratello.

Intanto la potestà di Subiaco passava dall'uno all'altro Colonna, la storia dei quali è legata a quella del chiostro; così Marcantonio Colonna, così Camillo e finalmente Ascanio, che fu della famiglia Colonna l'ultimo cardinale-abate di Subiaco. Abitava questi nella rocca, spudoratamente, con la sua amante Artemisia, che aveva elevato a sua sostituta nella direzione dell'abbazia, ogniqualvolta egli doveva assentarsi; la cosa sollevò tanto scandalo che la commenda fu tolta ai Colonna. Dopo la morte di Ascanio, nel 1608, il papa l'assegnò a suo nipote Scipione Caffarelli Borghese, che la tenne fino al 1633.