Fattogli il processo, venne condannato all'ergastolo: ma la condanna gli venne poi commutata in quella di confino in Corsica.
Si cercò nel processo di coglierlo in fallo per abuso del pubblico denaro, che egli avrebbe commesso nella sua qualità prima di ministro, poi di Dittatore: ma non vi si riuscì. Fu anzi provato che, in tutto il tempo che egli rimase al potere, non solo non aveva abusato del denaro del pubblico, ma vi aveva rimesso «del suo più del doppio dello stipendio.»
A propria difesa scrisse il Guerrazzi l'Apologia, nella quale vi hanno pagine eloquentissime, che anche oggi non si leggono senza ammirare.
Il Guerrazzi giunse a Bastia nell'agosto del 1853 e vi rimase fino all'ottobre del 1856. Ivi terminò la Beatrice Cenci e scrisse la novella «Fides».
Intimatogli poi il «domicilio coatto», fuggì a Capraja, e di lì andò a Genova. Vi rimase fino a che il danno e la vergogna della patria durarono. Nell'epico cinquantanove ricomparve in Toscana, e molto si adoperò per l'annessione di quella terra al regno unito d'Italia. Fu quindi eletto deputato prima a Rocca S. Casciano, poi a Livorno, poi a Casalmaggiore, poi a Caltanissetta, finchè, nelle elezioni del 1870, con patente ingiustizia ed ingratitudine, non venne lasciato in disparte; di che molto egli si accorò ed indispettì.
Nella camera dei deputati il Guerrazzi sedè costantemente a sinistra, e spesso parlò, ascoltato sempre. Memorabile è il discorso che pronunziò contro la cessione di Nizza alla Francia. Disse parergli delitto levare col voto la patria a Garibaldi, quando egli, per ridarci con la spada la nostra, aveva messo a repentaglio la vita; e ammonì che cedere Nizza alla Francia era lo stesso di conficcare un chiodo nella bara della unità italiana.
Generose, magnanime parole, ma vane!
Contro la setta dei moderati, come egli la chiamava, il Guerrazzi se la prese a morte, e attribuì ad essa tutte, o quasi, le disgrazie che poi all'Italia derivarono. Ma se egli avesse vissuto ancora, avrebbe detto forse egualmente di coloro che ai moderati successero nel governo della cosa pubblica, poi che gli uni non gli sarebbero parsi molto migliori degli altri.
Ritiratosi a vita privata, nella sua nativa Livorno, fu spettatore di vergogne e di codardie senza nome, e ne rimase stomacato. La ingratitudine della nuova Italia, al cui risorgimento sapeva di aver tanto contribuito, lo ferì nel più vivo dell'anima. Mentre il governo livornese gli aveva fatto offrire una cattedra di letteratura nella università di Pisa, cattedra che egli sdegnosamente rifiutò, nessuna offerta gli venne mai fatta dal governo della nuova Italia, nemmeno quella del più umile posto di professorucolo, quasichè valesse egli di meno dei tanti ex preti, ex frati, ex austriacanti, ex Borbonici, ex papalini, verso dei quali i ministri della monarchia furono così prodighi d'impieghi e di onorificenze.
Il Guerrazzi, nauseatosi della vita cittadina, ove tanto fango aveva visto agitarsi, si ritirò nei suoi ultimi anni al Fitto di Cecina, nella forte Maremma toscana, e colà visse «in compagnia del mare, delle foreste scarmigliate dal vento e della malaria, invocando, e non potendo ottenere, pace», come egli stesso ebbe a scrivere. Dalla fiera solitudine del Fitto di Cecina levava di tanto in tanto la voce a difesa dei diritti del popolo e a condanna di coloro che quei diritti ledevano, e le parole del vecchio solitario avevano un'eco potente in tutta l'Italia. — Vicino a morire, e conscio del suo prossimo fine, manteneva tutta la fierezza della gioventù, tanto da scrivere ad un amico: «Riapro il mio testamento per ordinare che, morto, mi brucino, e la cenere conservino in casa. La mia pelle, per gli Dei superi ed inferi, non servirà da tamburo in fiera ai ciarlatani moderati.»