Il cardinale, divenuto a un tratto mite, o per umanità o per scaltrezza, credendo doversi rifondare il trono stabilmente sulla clemenza e sul perdono, propose egli per primo una onorevole capitolazione. I repubblicani, che consideravano la loro causa come perduta, salvo Manthoné, entrarono in trattative che approdarono alla resa dei castelli Nuovo e dell'Uovo, pattuita onorevolmente la salvezza delle vite e delle sostanze dei repubblicani. Tali patti furono sottoscritti da tutti i rappresentanti stranieri, compreso il comandante inglese.
Ma la regina, dal suo covo di Palermo, spiava e vegliava. Le trattative del cardinale Ruffo la misero fuori di sè e mulinò subito d'impedirle o rinnegarle. La politica di Maria Carolina domina in tutte le fasi di quest'epoca: prima contro Tanucci, poi contro Gallo, ora contro Ruffo. Essa pensava la monarchia francese essere caduta per debolezza; non voleva pattuire ma debellare, non perdono ma vendetta; i repubblicani seppelliti colla repubblica.
Nelson assunse sopra di sè l'impresa e corse a Napoli avendo a bordo la sua trista egeria Lady Hamilton, a cui la regina avea dato le segrete istruzioni spietate per i ribelli.
All'alba del 24 giugno la flotta di Nelson apparve all'altezza di Capri. Il cardinale che era al ponte della Maddalena offrì ai patriotti, chiusa oramai la via di mare, di scampare dalla parte di terra. Essi stettero fermi al loro posto, fedeli alla parola data, confidenti nella parola ricevuta. Esempio eroico! Il modo comodo e tutelare dello spergiuro e della fuga non era il loro! Basterebbe questa eterna lezione di confronto che, a repentaglio della vita, ponevano ai posteri, per render non inutile ai destini d'Italia quell'êra breve e sciagurata.
E se in quei sei mesi saranno stati platonici, ora furono plutarchiani, se avranno commesso errori, non commisero colpe, salvo forse la fucilazione (colpa perchè crudeltà inutile) dei Baccher fatta a Castelnuovo al momento che le ore della Repubblica erano contate.
Furono vane tutte le preghiere, le ragioni, le ammonizioni del cardinale Ruffo, i cui colloqui con Nelson vennero da Lady Hamilton, che serviva da interprete, e li falsava ai suoi fini, bruscamente troncati. L'eroe di Abukir si era smarrito sventuratamente a Citera! Solo accettò di mandare alla regina la capitolazione. La risposta, che non si fece attendere, diretta a Lady Hamilton, riboccante di frasi affettuose e carezzevoli per lei e per Nelson e di fremiti da sciacallo per i miseri e ingenui repubblicani, fa ribrezzo e raccapriccio. Era accompagnata da una copia di decreto del re che cassava la capitolazione, istituiva una Giunta di Stato che condannasse a morte i capi del moto, i subalterni alla prigione e all'esilio, tutti alla confisca dei beni. La procedura doveva essere segreta e rapida; ristabilita la tortura; soppressa la difesa; accettati come testimoni le spie. Le istruzioni erano di condannare a morte chiunque avesse accettato la repubblica od opinato per lei. Il che significava far morire almeno 40 mila napoletani! La regina vi aggiunse la sua lista di proscrizione impinguata de' suoi nemici personali, e per la Giunta di Stato, in luogo di uomini proposti con accorgimento e probità dal Ruffo, e che si dichiararono pel rispetto della pace convenuta, impose i suoi tutti siciliani scelti fra coloro che avevano fatto miglior prova di lasciva crudeltà come Speciale, o d'imperturbabile ferocia come Damiani e Guidobaldi. E non dimenticò il carnefice, che per ironia si chiamava Paradiso!
Qui naturalmente tra gli storici e i polemisti la disputa delle dispute; la violazione della capitolazione ebbe luogo per ordine della regina e del re o per spontanea volontà di Nelson? Storcendo i racconti e stiracchiando le date si è da Ulloa, dallo Helfert e da altri, tentato fare invalere questa seconda opinione. Ma i documenti del museo britannico, il carteggio della regina con Emma che, ripeto, è nefando, e pare impossibile sia corso fra due donne, ha tolto ogni dubbio su questo punto. E, in ogni modo, bisognava sempre considerare due cose: prima, Nelson non era padrone della sua volontà e del suo animo, altrimenti la voce dell'onore e l'immagine della patria e della posterità gli avrebbero impedito di sputar sangue così sopra la sua gloria! Sicchè, anche quando l'azione sua fosse parsa spontanea, in fondo sarebbe stata sempre d'altri, di quella orribile coppia femminile che gl'infondeva l'inconscia suggestione.
In secondo luogo, mentre il cardinale Ruffo, il riconquistatore del regno, cadde in disgrazia solo per la capitolazione e i consigli, Nelson fu creato Duca di Bronte con 75 mila ducati annui trasmissibili agli eredi, che per altro nè egli nè gli eredi videro mai.
Vuol dire che egli avrebbe potuto non secondare e secondò, non obbedire e obbedì, superando nell'obbedienza la slealtà e l'inumanità del comando.
Ai martiri delle isole Flegree andò per primo a far compagnia il vecchio ammiraglio Caracciolo penzolante dall'albero della Minerva, spettacolo a Lady Hamilton che girava attorno in una lancia, e poi gettato in mare.