Se la condotta de' Genovesi fu poco generosa, quella de' Guelfi toscani lo fu ancora meno. Pisa era la sola città ghibellina della provincia; onde essi determinarono di approfittare della presente sventura per distruggerla colla sua fazione. Fecero perciò proporre ai Genovesi di collegarsi con loro, promettendo di assediare Pisa per terra, mentre i Genovesi la chiuderebbero dalla banda dei mare, obbligandosi di non accordarle la pace a veruna condizione, ma di atterrarne le mura e disperderne i cittadini nelle vicine terre. Fiorenza, Lucca, Siena, Pistoja, Prato, Volterra, San Gemignano e Colle sottoscrissero quest'alleanza coi Genovesi, ed il 10 di novembre tutti i Fiorentini domiciliati in quella città l'abbandonarono, giusta l'ordine ricevuto dalla loro patria, mentre seicento cavalieri al soldo di Firenze entravano, per la strada di Volterra, nel territorio pisano, guastandolo e facendo ribellare molte terre[17].
Erano i Pisani informati delle strette relazioni che il conte Ugolino della Gherardesca aveva conservate coi Fiorentini; conoscevano inoltre i talenti e l'accortezza di questo ambizioso cittadino, e l'arte con cui aveva saputo rendersi influente presso le due fazioni, ghibellino di nascita e guelfo per le contratte parentele. Nella difficile situazione in cui si trovavano, risolsero i Pisani di mettere il conte alla testa della repubblica, come i Romani in meno critiche circostanze avrebbero nominato un dittatore. Si assicura che i Pisani prigionieri in Genova, i quali dalle loro prigioni non lasciavano di conservare molta influenza sulle deliberazioni della loro patria, proposero essi medesimi tale elezione. Il conte Ugolino fu nominato per dieci anni capitano generale di Pisa; e la prima cura affidatagli fu quella di sciogliere la lega formata contro la patria.
Il conte Ugolino univa a molta desterità una coscienza poco scrupolosa; e forse era egli il principale motore della alleanza de' Guelfi contro i suoi concittadini. A Firenze era risguardato come un dichiarato Guelfo, onde vedendolo alla testa della repubblica pisana si credette d'aver ottenuto, senza adoperar le armi, il trionfo del partito guelfo ch'era stato l'unico motivo della lega. Ugolino fece proporre ai priori delle arti di Firenze di negoziare con lui; e nelle stesso tempo mandò loro un regalo di vini, pretendendosi che tra le bottiglie ve ne fossero alcune piene di fiorini d'oro in cambio di vernaccia[18]. Offrì inoltre di cedere ai Fiorentini molte terre del territorio pisano, ed ottenne con questi mezzi di sciogliere la lega de' Guelfi coi Genovesi. Vero è che i Fiorentini, staccandosene, imposero ai Pisani la condizione d'esiliare tutti i Ghibellini dalla città, onde non rimanesse loro alcun asilo in tutta la Toscana.
Il conte tentò in appresso di trattare coi Genovesi, offrendo loro Castro in Sardegna come taglia de' prigionieri fatti nella battaglia della Meloria; ma i prigionieri, avuto avviso di questo trattato, ottennero dai Genovesi il permesso di mandare dei commissarj a Pisa per esprimere il loro voto. Introdotti questi nel consiglio, dichiararono di non poter acconsentire a così vergognosa capitolazione; che preferivano di morire in prigione piuttosto che permettere alla loro patria di privarsi d'un forte fabbricato dagli antenati loro, e difeso con tanto sangue e tanti travagli; che se i consigli potevano prendere una tanto colpevole risoluzione, non sarebbero essi prigionieri prima liberati, che si farebbero conoscere i più implacabili nemici di que' pusillanimi magistrati, castigandoli dell'avere sagrificato il proprio onore a vani e fuggitivi godimenti. In conseguenza di così magnanima risoluzione si abbandonò il trattato aperto coi Genovesi[19].
Allora il Conte Ugolino prese a trattar di pace colla repubblica di Lucca, la quale proponeva per condizione che i Pisani le cedessero i castelli d'Asciane, Avane, Librafatta e Viareggio. Non era probabile che i Pisani volessero cedere ai Lucchesi tante fortezze, le quali erano come la chiave del loro territorio, in tempo che non avevano voluto liberare undici mila de' loro cittadini, abbandonando ai Genovesi Castro in Sardegna: ma il conte Ugolino temeva in segreto il ritorno de' prigionieri ch'egli conosceva incapaci di prestarsi mai alla tirannide ch'egli meditava di stabilire; mentre per l'opposto desiderava di procurare non alla patria, ma alla sua famiglia l'appoggio e l'amicizia de' Lucchesi. Convenne perciò con questi che lascerebbe sorprendere dalle loro truppe le castella ch'essi chiedevano; e nello stesso tempo altri ne accordò ai Fiorentini, talchè più non restarono a Pisa che Motrone, Vico Pisano e Piombino.
Per tal modo credeva il conte Ugolino di avere assicurato in Pisa il suo potere; ma questa repubblica già così ricca e bellicosa, che ora vedevasi spogliata di tutto il suo territorio, che più non ardiva mettere un vascello in mare per paura che le fosse tolto dai Genovesi, e che per colmo delle sue sventure vedeva fondarsi entro le sue mura una nuova tirannide, non era in modo tollerante da soffrirne lungo tempo il giogo. Il conte rendevasi egualmente esoso ai Guelfi ed ai Ghibellini. Nino di Gallura, suo nipote, era il capo naturale della parte guelfa, quale erede della famiglia Visconti; ma poichè Ugolino erasi dichiarato protettore de' Guelfi, gli stessi Visconti sembravano avvicinarsi ai Ghibellini; e Nino, benchè fosse figliuolo d'una sorella del conte, non aveva perciò scordata l'antica rivalità delle famiglie de' loro padri. Ugolino ebbe sentore delle pratiche de' suoi nemici; esiliò molte famiglie ghibelline, e fece atterrare i palazzi di dieci delle principali famiglie di Pisa, che accusò di criminose intelligenze collo stesso partito.
Nino di Gallura, lungi dallo scoraggiarsi in vista di queste esecuzioni militari, strinse maggiormente i legami che aveva di fresco formati coi capi dei Ghibellini, i Gualandi ed i Sismondi, mentre il conte veniva sostenuto dai Gaetani e dagli Upezzinghi. Nino ardentemente desiderava la liberazione de' Pisani prigionieri in Genova, e perchè lo richiedeva il bene della repubblica, e per dare maggiore consistenza al suo partito. Prevedeva Ugolino all'opposto, che tornando questi prigionieri, si opporrebbero allo stabilimento della sua tirannide, e frapponeva ostacoli a tutti i trattati che Nino apriva coi Genovesi. Il giudice di Gallura tentò dì fare violenza al conte, chiamando il popolo a parte della sua causa: ed i suol partigiani si sparsero un giorno per le strade, gridando morte a tutti i nemici della pace; ma, contro la sua aspettazione, il popolo non prese le armi a quel grido, e la sua inazione equivaleva pel conte ad una vittoria. Allora Nino lo attaccò in una più legal forma, accusando innanzi ai consoli ed agli anziani delle arti il capitano generale, d'avere in onta delle leggi estesa la sua autorità, d'essersi attribuito l'ufficio di podestà e d'essersi impadronito del palazzo della Signoria, che non gli era stato accordato dal popolo. Effettivamente i magistrati impegnarono Ugolino a ritirarsi dal palazzo della Signoria, e si misero di mezzo per riconciliare i due capi di parte. Intanto venne nominato un nuovo podestà, e nel susseguente anno, senz'essere spogliato della carica di capitano generale, non potè per altro governare la città a suo arbitrio.
In aprile del 1287, la repubblica ricevette quattro nuovi deputati dei prigionieri di Genova, che venivano a trattare della pace e della taglia. Il trattato che essi proponevano, non ponendo verun'altra condizione alla loro libertà che il pagamento d'una somma di danaro, era stato sottoscritto dagli stessi prigionieri: pure passarono tredici mesi senza che a Pisa si fosse potuto ottenerne la ratifica, tanti erano gli ostacoli che il conte vi andava frapponendo. Intanto Ugolino erasi nuovamente impadronito del palazzo pubblico, cacciatone il podestà, e fattosi dichiarare capitano e signore di Pisa. Aveva prescelto per la inaugurazione il giorno della sua nascita, e, mentre tornando da un banchetto, rientrava in casa sua gonfio d'orgoglio ed inebbriato della propria fortuna, disse ad alcuno di coloro che gli erano vicini: «E bene, Lombardo, cosa mi manca ancora? — Non altro, quegli rispose, che la collera di Dio.» Ne tardò questa a colpirlo.
Vedendo il conte che il popolo era disposto ad approvare il trattato sottoscritto a Genova e che Nino di Gallura ed i Guelfi medesimi ne affrettavano l'esecuzione, commise ad alcuni corsari Sardi d'armare in corso contro i Genovesi in disprezzo della convenuta sospensione d'armi, ricominciando in tal modo le ostilità[20]. Volle in pari tempo ravvicinarsi ai Ghibellini di Pisa, e propose un'alleanza all'arcivescovo degli Ubaldini ch'erasi fatto loro capo, onde di concerto cacciare fuori di città Nino ed i Guelfi. Per altro, siccome non voleva affatto perdere presso i Fiorentini suoi antichi alleati la riputazione d'essere guelfo ancor egli, quand'ebbe tutto disposto perchè i suoi satelliti secondassero l'arcivescovo ed i Ghibellini, ritirossi al castello di Settimo per non essere presente alla imminente rivoluzione. Ruggeri degli Ubaldini fece rientrare in città i Gualandi, i Sismondi, i Lanfranchi ed alcune altre famiglie ghibelline, gli unì alle truppe del conte, e per tal modo si trovò tanto superiore di forze al giudice di Gallura, che questi senza combattere si ritirò col suo partito a Calcinara.
(1288) Il popolo volle allora associare nel governo della repubblica l'arcivescovo Ruggeri al conte Ugolino; e forse era questa una delle segrete condizioni del trattato tra le due parti: ma Ugolino dichiarò orgogliosamente che non soffrirebbe compagno, e che non conosceva eguale. Insistevano invano i Ghibellini perchè alcuno del loro partito fosse messo a parte del governo; Ugolino voleva essere solo; onde l'arcivescovo nè meno ambizioso, nè meno dissimulato del conte, si ritirò dal palazzo della comunità ove il popolo l'aveva fatto entrare, senza mostrare verun risentimento o dar sospetto ad Ugolino d'aver cessato d'essere suo amico.