Vero è che il Ferrucci era ancora più necessario ai Fiorentini, che non il principe d'Orange agl'imperiali. Allorchè il 4 di agosto si ebbe in Firenze la notizia della morte di lui, tutta la città fu compresa da dolore e da spavento. Invano il gonfaloniere e la signoria si sforzavano di rianimare gli abbattuti spiriti, e di far mostra de' mezzi che tuttavia restavano. La sconfitta del Ferrucci veniva in parte attribuita ad una dirotta pioggia che aveva spente le trombe a fuoco, specie di artificio che i fanti fiorentini portavano attaccato alle loro picche, e che, costantemente vomitando fiamme, spaventava i cavalli. Ma il gonfaloniere ricordava che quella stessa pioggia che aveva perduto il Ferrucci, poteva salvare la città; che le acque dell'Arno erano così gonfie, che varj quartieri del campo nemico non potevano più avere comunicazione cogli altri; e che i Fiorentini, con una generale sortita, potevano avere il vantaggio del numero, attaccando ad uno ad uno i posti nemici. Affrettava perciò Malatesta Baglioni a venire a battaglia, e la signoria, per affezionarsi i capitani delle sue truppe di linea, prometteva loro per premio della vittoria la continuazione del soldo finchè vivrebbero; ma Malatesta Baglioni ricusò di ubbidire, e dichiarò altamente di volere oramai salvare una città, vicina a perdersi a cagione dell'ostinazione e della temerità de' suoi capi[83].
Il Baglioni trovava in Firenze un grosso partito che faceva eco al suo rifiuto di combattere. Tutte le persone deboli e pusillanimi, tutti gli egoisti e coloro che sospiravano dietro i godimenti d'una vita tranquilla, desideravano la pace, e l'avrebbero accettata a qualunque patto. I partigiani dell'aristocrazia più non si curavano di esporsi ulteriormente pel mantenimento dell'autorità popolare: i segreti partigiani dei Medici osavano essi pure di manifestare i loro voti; e gli storici di questo partito confessano il tradimento del Baglioni per fargliene un merito[84]. Oramai i cittadini attaccati alla libertà non venivano indicati con altri nomi che con quelli di ostinati e di arrabbiati. Il Malatesta dichiarò che piuttosto che attaccare il campo imperiale, comandato, dopo la morte del principe d'Orange, da don Ferdinando Gonzaga, darebbe la sua dimissione. I dieci della guerra credettero di poterlo prendere in parola, e l'otto agosto gli spedirono Andreolo Niccolini per portargli il congedo dettato colle più lusinghiere espressioni. Estrema fu la sorpresa del Baglioni quando lo ricevette, e maggiore della sorpresa la rabbia: senza volerlo accettare, senza volerlo leggere, si fece addosso al Niccolini che lo recava, e lo ferì con ripetute pugnalate[85].
Il gonfaloniere volle fare un altro esperimento per mantenere la vacillante autorità della repubblica; ordinò a tutte le compagnie della milizia di adunarsi in piazza, e si pose alla loro testa per andare contro il Baglioni. Ma il terrore aveva di già sbandita ogni subordinazione, ed invece delle sedici compagnie, otto sole si trovarono sulla piazza. Dall'altro canto Malatesta Baglioni aveva di già introdotto nel suo bastione il capitano imperiale, Pirro Colonna di Stipicciano; aveva disarmata o congedata la guardia fiorentina della porta Romana, ed aveva rivolta contro la città l'artiglieria destinata a difendere le mura[86].
Firenze era perduta, e non eravi umana forza che potesse salvarla. Mentre che molti cittadini volevano ancora morire liberi e colle armi alla mano, gli altri conoscevano che verun ostacolo più non poteva oramai trattenere quella feroce armata, che si era infamata colla tirannide esercitata in Milano, e col sacco di Roma: si riparavano nelle chiese colle loro donne, i figliuoli e le loro ricchezze, e senza potersi appigliare a verun partito, senza nutrire veruna speranza, più non ubbidivano alle magistrature, e non facevano che imbarazzare coloro che non avevano per anco tutto perduto il coraggio, e mostravano ancora costanza.
La signoria colla più profonda umiliazione, e col più acerbo dolore, restituì il bastone del comando al Malatesta, in arbitrio del quale stava il permettere agli imperiali d'inondare la città, o l'imporre loro qualche condizione. Quattrocento giovani, tra i quali si videro con dolore i figli ed i generi del gonfaloniere Niccolò Capponi, eransi schierati in armi sulla piazza di santo Spirito, risoluti di appoggiare il Baglioni e di non riconoscer più la signoria. Fece questa un estremo sforzo per richiamarli sotto le sue insegne; rappresentò loro, che separandosi dai proprj concittadini in così difficili circostanze, esponevano la patria e sè medesimi ai più spaventosi pericoli; ma per tutta risposta non ebbe che insulti e minacce da quei giovani che vennero in armi sulla piazza del palazzo, e costringerla a porre in libertà tutti coloro che ella teneva custoditi a motivo del loro attaccamento alla fazione dei Medici[87].
Fra tanto perturbamento la signoria nominò quattro ambasciatori, che spedì al campo di Ferdinando Gonzaga per chiedere una capitolazione. Scelse Baldo Attuiti, Jacopo Morelli, Lorenzo Strozzi e Pier Francesco Portinari. Non ebbero questi d'uopo di cercare lontano coloro coi quali dovevano trattare, perchè Bartolomeo Valori, uno degli emigrati che il papa aveva nominato suo commissario in Toscana, e che a nome dei Medici governava tutto il paese occupato dall'armata imperiale, era venuto in quella medesima casa dei Pini, in cui abitava Malatesta Baglioni. Le condizioni che ottennero gli ambasciatori erano più vantaggiose che sperare si potessero in così tristi circostanze; ma le condizioni sono di poca importanza, quando vengono giurate da sovrani senza fede, ed in seguito riclamate da uomini senza potenza. È probabile che il papa avesse ordinato al Valori di acconsentire a tutto, riservandosi poi l'interpretazione del trattato a modo suo. L'imperatore nulla affatto somministrava pel soldo e pel mantenimento dell'esercito sotto Firenze, e Clemente VII non aveva più credito per essere state le sue entrate assorbite da lunghe guerre, e le sue ricchezze perdute nel sacco di Roma: perciò non poteva più oltre sostenere cotali spese, che oltrepassavano i settanta mila fiorini al mese[88].
Il trattato, che venne sottoscritto il 12 di agosto del 1530 a santa Margarita di Montici, portava che la forma del governo di Firenze sarebbe regolata dall'imperatore entro il termine di quattro mesi, a condizione che sarebbe salva la libertà. Prometteva la repubblica di pagare all'armata cinquanta mila scudi in danaro sonante, e trenta mila in cambiali; ed in compenso le truppe imperiali dovevano immediatamente allontanarsi. Dovevansi consegnare al commissario del papa le fortezze di Pisa, di Volterra e di Livorno. Per guarenzia del pagamento delle cambiali, della consegna delle fortezze e dell'ubbidienza del popolo a quel governo che gli darebbe l'imperatore, i Fiorentini dovevano dare nelle mani di Ferdinando Gonzaga cinquanta ostaggi a sua scelta. Finalmente a nome del papa e dell'imperatore veniva accordata un'amplissima amnistia, tanto a tutti i Fiorentini senza eccezione per tutto ciò che potessero avere fatto contro la casa dei Medici, quanto a tutti i sudditi dell'impero e della Chiesa che gli avevano serviti in tempo della guerra, portando le armi contro i loro abituali signori[89].
In conseguenza di questo trattato, che bentosto si rimase negli archivj, quale monumento della scandalosa mancanza di fede dei due sovrani, in nome de' quali era stato convenuto, tutti gli emigrati fiorentini ed i commissarj del papa rientrarono in città. Bartolomeo Valori fece occupare il 20 di agosto la piazza del palazzo da quattro compagnie di soldati corsi; costrinse in appresso la signoria a scendere sul balcone, e fece suonare la maggiore campana per adunare il popolo a parlamento. Appena si trovarono adunati nella piazza trecento cittadini; taluno di coloro che voleva andarvi per emettere per l'ultima volta un libero suffragio, venne respinto a colpi di pugnale[90]. Salvestro Aldobrandini volgendosi a questa irrisoria assemblea del popolo, gli domandò se acconsentiva, «che si creassero dodici uomini che avessero essi soli altrettanto d'autorità e di potere, quanto ne aveva tutt'insieme il popolo di Firenze.» Tre volte fu rinnovata questa domanda, e tre volte il popolaccio ed i fanciulli risposero: Sì! sì! le palle, le palle! (stemma dei Medici) i Medici! i Medici! Dopo questo preteso assenso popolare, furono dal commissario apostolico nominati dodici signori della balìa. Questi deposero la signoria, i dieci della guerra, gli otto della guardia e balìa, ossiano supremi giudici criminali. Fecero deporre le armi al popolo, e così la libertà fiorentina soggiacque per l'ultima volta. Avanti che spirasse l'autorità di costoro, lo stesso nome di repubblica venne annullato[91].