A Paolo IV, morto il 18 d'agosto del 1559, successe Pio IV, fratello del marchese di Marignano della casa de' Medici di Milano. Comincia con lui la serie di que' pontefici, che gli storici ortodossi lodano senza restrizione; Pio V, che gli successe il 17 di gennajo del 1560, e Gregorio XIII, che fu creato il 13 di maggio del 1572, avevano press'a poco lo stesso carattere. Tutti tre d'altro non parvero occupati che della cura di combattere e di sopprimere l'eresia: affatto rinunciando ad ogni disputa per istabilire l'indipendenza della santa sede, ad ogni gelosia verso la corte di Spagna, intimamente si collegarono con un monarca, che col suo zelo per l'inquisizione, per l'uccisione de' Giudei di Arragona, dei Musulmani di Granata, de' protestanti dei Paesi Bassi, che colle sue continue guerre contro i Calvinisti di Francia, gl'Inglesi ed i Turchi, mostravasi il più affezionato figliuolo della chiesa. I papi più non pensarono a fare la guerra pel temporale interesse de' loro stati o delle loro famiglie, ma largamente contribuirono coi tesori e coi soldati della chiesa alle imprese del duca d'Alba ne' Paesi Bassi, al sostentamento della lega di Francia ed alle guerre coi Musulmani. Sotto questi tre papi si videro di nuovo le legioni romane in riva alla Senna ed al Reno, mentre altre guerreggiavano contro i Turchi sulle sponde del Danubio e sulle coste di Cipro e dell'Asia Minore: e Marc'Antonio Colonna, generale delle galere pontificie, ebbe una parte essenziale alla vittoria di Lepanto, ottenuta il 7 ottobre del 1571, da don Giovanni d'Austria sopra i Musulmani[213].
In mezzo a questa serie di papi egualmente onorati per la decenza de' loro costumi, per la sincerità del loro zelo religioso, e per la non curanza de' loro personali interessi, Sisto V, successore di Gregorio XIII, che regnò dal 24 aprile del 1585 fino al 20 agosto del 1590, si distingue pel vigore del suo carattere, per le sue grandiose imprese, per la magnificenza de' monumenti con cui abbellì Roma, e per le forme pronte, severe, dispotiche della sua amministrazione. Egli liberò i suoi stati dagli assassini e vi mantenne una rigorosa polizia; accumulò col mezzo di gravissime imposte un immenso tesoro, e si meritò ad un tempo l'ammirazione e l'odio de' suoi sudditi[214].
Urbano VII, Gregorio XIV, Innocenzo IX, che tennero soltanto alcuni mesi il papato, avevano le stesse virtù ed i medesimi difetti de' loro predecessori dopo il concilio di Trento. Clemente VIII, che fu eletto il 30 gennajo del 1592, protrasse il suo regno fino al 30 di marzo del 1605. Dovremo parlarne, allorchè indicheremo compendiosamente le rivoluzioni del susseguente secolo.
L'amministrazione di tutti i papi che si succedettero dopo l'apertura del concilio di Trento fino alla fine del secolo, è macchiata dalle atroci persecuzioni esercitate contro i protestanti d'Italia. Gli abusi della corte di Roma erano in questo paese assai meglio conosciuti che oltremonti; vi si erano coltivate più presto le lettere, e con maggior cura; la filosofia vi aveva fatti più grandi progressi, ed in principio del secolo aveva discusse le stesse materie religiose con grandissima indipendenza. La riforma si era fatta tra i letterati non pochi partigiani; ma meno assai nella classe povera e laboriosa, che l'adottò con tanto ardore in Germania ed in Francia. I papi riuscirono a spegnerla nel sangue; l'inquisizione, in tutto il secolo, fu la strada che più sicuramente condusse al trono pontificio[215].
I papi non mostrarono meno il loro crudele fanatismo nella parte che presero alle guerre civili e religiose del restante dell'Europa. Pio V, per ricompensare il duca d'Alba dell'atroce sua condotta verso i Fiamminghi, gli mandò nel 1568 il cappello e lo stocco gemmato, che i suoi predecessori avevano talvolta mandati ai gran re[216]. Gregorio XIII aveva fatto rendere grazie a Dio per l'assassinio del giorno di san Bartolomeo[217]. I successori di questo papa ricusarono di ricevere gli ambasciatori di Enrico IV, quando vennero per concertare l'abjura di Enrico, ed ancora quando Enrico stesso si fu pubblicamente ricreduto. Tutti questi pontefici non cessarono di fomentare le guerre civili della Francia, della Fiandra, della Germania, e le congiure contro la regina d'Inghilterra; di modo che le calamità degli ultimi cinquant'anni del sedicesimo secolo furono, in tutta l'Europa, costantemente l'opera dei papi.
I sudditi dei papa, durante la seconda metà del sedicesimo secolo, non furono più felici che quelli della Spagna: un governo non meno assurdo gli opprimeva senza proteggerli, mentre che le più onerose gabelle, i più ruinosi monopolj distruggevano ogni industria; un'amministrazione arbitraria e violenta, vincolando il commercio dei grani, era cagione di frequenti carestie, sempre seguite da contagiose malattie. Quella del 1590 e 1591 rapì alla sola Roma sessanta mila abitanti, molte castella; e molti doviziosi villaggi dell'Ombria rimasero dopo tale epoca affatto spopolati[218]. In tal modo stendevasi la desolazione sopra campagne in addietro tanto feraci, le quali diventavano indi preda d'un aere malsano: in appresso l'effetto si faceva a vicenda causa, e gli uomini più non potevano vivere dove que' flagelli avevano distrutte le precedenti popolazioni.
Sebbene lo stato pontificio avesse il vantaggio di una profonda pace, tutte le sue truppe non bastavano a proteggere i cittadini, nè contro le incursioni dei Barbareschi, nè contro i guasti dei masnadieri. Questi, renduti arditi dal loro numero, e facendosi gloria di combattere contro il vergognoso governo della loro patria, erano giunti a segno di risguardare il proprio mestiere come il più onorato di tutti; lo stesso popolo, da loro taglieggiato, applaudiva al loro valore e risguardava le loro bande come semenzai di soldati. I gentiluomini addebitati, i figli di famiglia sconcertati ne' loro affari, recavansi ad onore di avervi servito per qualche tempo in queste bande, ed alcune volte varj grandi signori si posero alla loro testa per sostenere una regolare guerra contro le truppe del papa. Alfonso Piccolomini, duca di Monte Marciano e Marco Sciarra, furono i più destri ed i più formidabili capi di questi facinorosi: il primo ruinava la Romagna, l'altro l'Abruzzo e la campagna di Roma. Siccome l'uno e l'altro avevano ai loro ordini più migliaja di uomini, non si limitavano a svaligiare i passaggeri, o a somministrare assassini a chiunque volesse pagarli per eseguire private vendette; ma sorprendevano i villaggi e le piccole città per saccheggiarle, e forzavano le più grandi a riscattarsi con grosse taglie, se i loro abitanti volevano salvare dall'incendio le loro ville e le messi[219].
Questo stato di abituale assassinio fu sospeso durante il regno di Sisto V, che col terrore della sua militare giustizia, ottenne di liberare i suoi stati dai banditi, dopo averne fatte perire diverse migliaja; ma così rapide e così violenti furono l'esecuzioni da lui ordinate, che non pochi innocenti vennero avviluppati ne' supplicj de' colpevoli. Altronde gli assassinj ricominciarono sotto il regno de' suoi successori con più furore di prima; i signori dei feudi continuarono a dare asilo ne' piccoli loro principati ai delinquenti perseguitati dai tribunali, ed a riguardare quest'asilo come il più bel privilegio delle giurisdizioni signorili. Quest'usanza si mantenne in vigore fino all'età nostra, e furono più volte veduti i signori avere la parte loro de' prodotti del delitto. Le abitudini nazionali ne rimasero pervertite, ed anche oggi in quella parte dello stato romano ove non fu distrutta tutta la popolazione, specialmente nella Sabina, il contadino non si fa scrupolo di associare il mestiere d'assassino e di ladro a quello di agricoltore.