Il popolo fiorentino, prendendo successivamente le armi, aveva formato tre diversi corpi; il primo, che si era raccolto in dicembre del 1527 per la guardia pel pubblico palazzo e del gonfaloniere, era composto di trecento giovani quasi tutti appartenenti a nobili famiglie. Ma perchè l'amore di libertà era tra questi giovani più vivo, che non tra i vecchi, così erano essi ancora più proclivi alla diffidenza. Gli estremi riguardi di Niccolò Capponi verso i Medici li teneva inquieti; avevano di già concepito qualche sospetto intorno alla segreta di lui corrispondenza con papa Clemente VII, e si risguardavano meno destinati a fargli la guardia, che a custodire il palazzo pubblico contro di lui[1].

Ma con una vista affatto diversa erasi formata la guardia nazionale de' cittadini fiorentini, dietro un ordine del gran consiglio del 6 novembre del 1528. Doveva questa essere composta di sedici compagnie, cadauna di dugento cinquant'uomini, sotto il comando dei sedici gonfalonieri di quartiere, i quali formavano il collegio della signoria; pure non si trovarono sui ruoli che mille settecento archibugieri, mille armati di picca, e trecento alabardieri, ossiano soldati armati di alabarde e di spade a due mani, in tutto tre mila uomini, dell'età dai diciotto ai trentasei anni, ed appartenenti a padri ammessi a prendere posto nel gran consiglio. La signoria accordò ad ogni compagnia, in principio del 1529, il diritto di nominare il proprio capitano, ed affidò l'addestramento di questo corpo a varj distinti ufficiali, che avevano militato nelle bande nere. Questo corpo in breve superò la migliore truppa di linea[2].

Per ultimo il terzo corpo era formato delle milizie del territorio fiorentino, che chiamavansi tuttavia le bande dell'ordinanza. Questa milizia, arrolata sotto il gonfaloniere Pietro Soderini dietro i consiglj datigli dal Macchiavelli, era stata dai Medici licenziata e disarmata, e di nuovo ragunata nel 1527. Nella prima revista si era trovata non minore di dieci mila uomini; era formata dal fiore dei contadini dell'età dai diciotto ai trentasei anni, che ogni mese venivano addestrati a tirare coll'archibugio, e ricevevano un tenue pagamento anche quando non erano forzati ad abbandonare le proprie case: eransi fatte venire per loro dalla Germania armi d'ogni qualità, ed erano essi stati divisi in trenta battaglioni, secondo le province cui appartenevano. I sedici battaglioni della destra riva dell'Arno erano stati, in giugno del 1528, posti sotto gli ordini di Babbone di Bersighella, nipote di quel Naldo di Val di Lamone, che primo d'ogni altro aveva illustrata la fanteria italiana nella battaglia di Agnadello; i quattordici battaglioni della sinistra erano stati affidati a Francesco del Monte. E questi due capitani avevano seco condotti cadauno cinquecento uomini di truppe di linea, per esercitare la milizia[3].

In sul finire del 1528 i Fiorentini scelsero per capitano generale dei loro uomini d'armi don Ercole d'Este, figlio del duca Alfonso di Ferrara, il quale era in allora tornato dalla Francia, dove aveva sposata madama Renata, figlia di Luigi XII e cognata di Francesco I. Pareva impossibile che questi l'abbandonasse, ed i Fiorentini credevano attaccarsi più fortemente alla casa di Francia, scegliendo un generale che le apparteneva così da vicino; e di ciò gli aveva assicurati il Visconte di Turenna, ambasciatore del re presso la repubblica. Dall'altro canto mantenevasi un odio ereditario fino dai tempi di Leon X tra la casa d'Este ed i Medici, ed Alfonso, minacciato su tutti i punti dei suoi stati da Clemente VII, pareva dovere essere il più fedele alleato della repubblica contro un nemico ad ambidue egualmente formidabile[4].

Le fortificazioni cominciatesi in Firenze nel 1521, per ordine del cardinale Giulio de' Medici, prima di avere il papato, non erano ancora ultimate. Non potevansi condurre a termine senza distruggere o danneggiare i poderi di alcuni cittadini, e la magistratura dei nove della milizia fu incaricata, in principio d'aprile del 1529, di fare stimare tutti que' terreni, dandone credito ai proprietarj sul libro del Monte coll'interesse del cinque per cento. In pari tempo Michel Angelo Bonarruoti venne creato direttore generale delle fortificazioni della città[5].

A misura che il pericolo si andava avvicinando, i dieci della guerra facevano nuovi sforzi per accrescere le difese della repubblica. Siccome avevasi opinione che le province d'Arezzo e di Cortona somministrassero i migliori soldati di Toscana, i Fiorentini vi mandarono Raffaele Girolami, loro quartier mastro generale, ed otto capitani, che tutti avevano militato nelle bande nere, con ordine di levarvi cinque mila fanti. Presero nello stesso tempo al loro soldo, in maggio del 1529, Malatesta Baglioni, signore di Perugia, dandogli il titolo di governatore generale, con mille fanti. Il Baglioni era figliuolo di quel Gio. Paolo, che Leon X aveva fatto tanto ingiustamente morire; e perciò egli desiderava di vendicarsi del Medici, egli doveva temere l'ambizione del papa, ed occupava a Perugia un'importante situazione per chiudere la strada della Toscana ad un'armata che venisse da Napoli e da Roma. Molti altri distinti capitani, quali erano Stefano Colonna, Mario Orsini e Giorgio Santa Croce, presero servigio dai Fiorentini; questi per altro eran forzati ad accarezzare l'orgoglio di tutti questi piccoli principi, che, non avendo verun grado in un'armata di già stabilita, non volevano riconoscere altra superiorità che quella dei sovrani. Era appunto per questo motivo che nè l'incapacità di Ercole d'Este, nè la più volte sperimentata malvagia fede di Malatesta Baglioni, non avevano ritratti i Fiorentini dal porre gli occhi sopra di loro per il comando. Si sarebbero potuti preferire migliori capitani; ma gli altri ufficiali non avrebbero voluto esser loro subordinati[6].

Mentre che la repubblica si premuniva con attività contro i pericoli onde era da ogni banda minacciata, fu atterrita dalla scoperta di cosa che a bella prima parve una congiura del suo primo magistrato. Il gonfaloniere, Niccolò Capponi, confidava assai meno in tutti i mezzi di difesa che riunivano i dieci della guerra, che nelle negoziazioni che potevano disarmare la collera del papa. Egli stesso di moderato carattere, e nulla avendo sofferto sotto il governo de' Medici, apparteneva ad una famiglia, che aveva saputo conservare una tal quale neutralità nelle dissensioni della sua patria. Suo padre Piero, ed i suoi antenati Neri e Gino, non si erano trovati arrolati nè sotto le insegne degli Albizzi, nè sotto quelle de' Medici, ed in tempo di quelle amministrazioni avevano saputo rendere eminenti servigj allo stato. Dacchè il Capponi era gonfaloniere, erasi studiato di calmare il furore del popolo, di difendere i partigiani de' Medici, ed in pari tempo di addolcire il risentimento del papa con esteriori dimostrazioni di rispetto. Egli non aveva trovate le medesime disposizioni in coloro che i suffragj del popolo ponevano con lui alla testa dello stato; ma aveva seguita l'usanza praticata dai Medici, e prima di loro dagli Albizzi, di chiamare alle deliberazioni i cittadini che, senza essere rivestiti di veruna autorità, avevano acquistata una lunga abitudine de' pubblici affari. A queste consulte, che a Firenze avevano il nome di pratica, il Capponi chiamava moltissimi cittadini, conosciuti pel loro attaccamento ai Medici, tra i quali egli trovava sempre chi spalleggiasse le misure di conciliazione ch'egli andava proponendo[7].

I consiglieri nominati dal popolo, ed in possesso della confidenza pubblica, lagnavansi acerbamente perchè le deliberazioni, invece di decidersi coi loro suffragj, dipendessero da quelli di persone senza missione, che il gonfaloniere chiamava a votare con loro, e non pochi dei quali, come Francesco Guicciardini, Francesco Vettori e Matteo Strozzi, si erano renduti così sospetti pel loro attaccamento ai Medici, che il popolo non aveva voluto affidar loro veruna incumbenza. Perciò una legge regolò la pratica, che doveva tener luogo di consiglio ai dieci della guerra; questa legge la formò dei dieci magistrati che uscivano in allora di carica, e di venti aggiunti scelti dal grande consiglio ogni sei mesi, cinque per cadaun quartiere della città. Il gonfaloniere, privato da questa legge del suo consiglio abituale, non per questo rinunciò a lasciarsi dirigere dai soli uomini di stato che si fossero guadagnati la sua confidenza, e d'allora in poi li tenne quasi sempre ne' suoi appartamenti per consultarli in ogni occorrenza[8].

Questi suoi privati consiglieri lo avevano incoraggiato a tener viva una segreta corrispondenza con Clemente VII, per cercare di calmare la di lui collera; questa corrispondenza aveva cominciato ne' tempi in cui Lautrec assediava Napoli. Temeva questo generale che l'irritamento di Clemente VII contro i Fiorentini non lo consigliasse a porsi tra le braccia dell'imperatore, ed aveva egli medesimo eccitato il gonfaloniere a mostrare dei riguardi verso il papa, ed a dargli delle speranze[9]. Dopo la sconfitta di Lautrec, il Capponi aveva continuato a carteggiare con Jacopo Salviati, che dopo la ritirata dalla corte pontificia di G. M. Chiberti, era diventato il principale segretario di Clemente VII[10]. Certo Jachinotto Serragli era il segreto mezzano di tale corrispondenza, che il gonfaloniere teneva nascosta alla signoria. Una lettera, caduta di seno al Capponi, fu raccolta il 16 aprile del 1529 nella stessa sala dei priori da Jacopo Gherardi, priore egli stesso, e forse quegli che di già nudriva i più gagliardi sospetti contro il gonfaloniere. La lettera rendeva conto in ristretto di un abboccamento avuto tra il Serragli, che la scriveva, e Jacopo Salviati; dessa annunciava che il papa, sotto certe condizioni, acconsentirebbe a mantenere la libertà fiorentina; ma chiedeva al gonfaloniere di spedire segretamente a Roma suo figliuolo, per intendersi intorno a ciò che non potevasi convenientemente affidare ad uno scritto[11].

Questa lettera, comunicata dal Gherardi ai più violenti avversarj del gonfaloniere, fu da loro risguardata come una manifesta prova di tradimento: venne denunciata alla signoria, che per l'indomani convocò il consiglio degli ottanta, proponendogli che fosse deposto e tratto in giudizio il gonfaloniere. Niccolò Capponi, atterrito dalla violenza dei suoi nemici, invece di giustificare la propria condotta, si limitò a dichiarare con estrema perturbazione, che suo figlio non era in verun modo colpevole, non avendo pure contezza di quest'affare. Con ciò veniva quasi a confessarsi egli stesso delinquente; onde fu deposto nel medesimo giorno, e nel susseguente il grande consiglio nominò suo successore Francesco, figlio di Niccolò Carducci, che doveva occupare tale carica fino alla fine dell'anno[12].