Questa deposizione e la nuova elezione eransi fatte con una precipitazione e violenza proporzionate al turbamento ed alla timidità mostrata dal Capponi nella propria difesa, ed all'accanimento di coloro tra i suoi nemici che speravano di rimpiazzarlo. Tosto che fu nominato il di lui successore, e che i di lui invidiosi nemici perdettero la speranza d'avere le sue spoglie, il loro furore si calmò, ed egli medesimo ricuperò quella tranquillità e presenza di spirito che si conveniva al suo stato. Tratto innanzi alla signoria giustificò con nobile fermezza le sue intenzioni e la sua condotta; sostenne d'avere fatto per la repubblica precisamente quello che far doveva, e la sola cosa che potesse salvarla. Di già più non eravi alcuno cui fosse ancora sospetta la di lui buona fede; coloro ch'erano a parte delle di lui segrete negoziazioni, e coloro, che senza averne contezza, interamente si affidavano alla di lui lealtà, lo difendevano caldamente, di modo che venne onoratamente assolto dal giudizio; ed il popolo, per compensare la fattagli ingiuria, lo ricondusse con pompa alla di lui casa[13].
Appena aveva il nuovo gonfaloniere preso possesso del suo impiego, quando la repubblica ricevette una dopo l'altra le più sconfortanti notizie. Alla sconfitta di San-Paolo, alla di lui prigionia, alla dispersione di tutta l'armata francese, tennero subito dietro gli avvisi del trattato di Barcellona, nel quale Carlo V abbandonava i Fiorentini alle vendette del papa, e prometteva di rimettere nella loro città la tirannia della casa dei Medici. Pochi giorni dopo si ebbe notizia del trattato di Cambrai, col quale Francesco I, ad onta dei più solenni trattati, escludeva i Fiorentini dalla pace generale, e si obbligava a non dar loro protezione. Si seppe nello stesso tempo essere Carlo V sbarcato a Genova con un'armata spagnuola, e scendere in Italia un'armata tedesca per raggiugnerlo. Questi replicati colpi erano fatti per atterrire il più saldo coraggio; e tanto più grande era lo spavento sparso in Firenze, in quanto che i preti ed i monaci, ravvivando la setta del Savonarola, e secondando con tutte le forze loro il governo popolare, avevano accertato, come cosa loro palesata per divina rivelazione, che quest'anno l'imperatore non sarebbe venuto in Italia. Questo primo avvenimento, che smentiva le loro profezie, fece vacillare la fede che il popolo accordava a tutte le altre[14].
Non pertanto i Fiorentini, determinato avendo di far testa a questi nuovi pericoli con indomabile coraggio, adottarono in allora le più energiche misure per potere resistere. Il gonfaloniere, fornito di irremovibile costanza, comunicava il proprio vigore ai consiglj ed al popolo. Era in particolar modo secondato da Bernardo di Castiglione, Gio. Battista Cei, Niccolò Guicciardini, Jacopo Gherardi, Andrea Niccolini e Luigi Soderini, i quali tutti si erano dichiarati pel partito popolare[15].
Prima d'ogni altra cosa conveniva trovar modo di sostenere le spese di una guerra, che i più ricchi monarchi non potevano lungo tempo sopportare. Il gonfaloniere ottenne una prima legge derogante alla costituzione fiorentina, colla quale veniva autorizzato il gran consiglio a fissare qualunque prestito o nuova imposta colla sola maggioranza de' suffragj[16]. In fatti le leggi fiscali, che la necessità fece emanare in tempo dell'assedio, non avrebbero giammai potuto essere sanzionate secondo le antiche forme; poichè dovendosi sostenere inaudite spese, in tempo che tutte le ordinarie entrate erano cessate a motivo dell'occupazione del territorio e della soppressione delle gabelle delle porte, convenne aver ricorso a misure arbitrarie e rigorose per levare danaro. Più volte si percepirono prestiti forzati da coloro che i commissarj, nominati per quest'oggetto, indicavano come i cinquanta, i cento, i dugento più ricchi cittadini della repubblica. Tutti gli argenti delle chiese, e tutti quelli de' privati, vennero portati alla zecca; furono date in pegno le pietre preziose che ornavano le reliquie, e venduta la terza parte dei poderi ecclesiastici, degli immobili delle corporazioni delle arti e mestieri e dei beni dei ribelli. Con tali mezzi spesso violenti, ma giustificati dalla necessità, la repubblica si vide in istato di opporre lunga resistenza ad un'armata destinata a spogliarla, non meno della sua proprietà che della sua libertà[17].
Il gonfaloniere e la signoria ordinarono in seguito alle genti del contado di riporre in Firenze, o nelle terre murate, tutte le loro granaglie; ma i raccolti erano in quell'anno stati così ubertosi, che quest'ordine venne male eseguito; onde i nemici, assai più che i cittadini, approfittarono di tanta ricchezza di messi. Le città di Borgo san Sepolcro, Cortona, Arezzo, Pisa e Pistoja, ove il governo non era amato, dovettero dare ostaggi a Firenze. In tutte le altre ed in tutte le fortezze, la signoria mandò fidati comandanti. All'ultimo furono nominati sette commissarj con quasi dittatoriale autorità, per vegliare alla salvezza della repubblica; ma sgraziatamente la scelta cadde sopra uomini troppo disuguali per talenti, per esperienza, per energia, i quali nè furono abbastanza d'accordo fra di loro, nè abbastanza pronti nelle loro risoluzioni, perchè l'opera loro riuscisse di grande utile[18].
Avvicinandosi il pericolo, i dieci della guerra intimarono ad Ercole d'Este di recarsi al suo posto, e nello stesso tempo gli mandarono il soldo dei mille fanti che doveva seco condurre. Ma di già il duca di Ferrara di lui padre stava negoziando per riconciliarsi coll'imperatore e col papa, e non voleva esacerbarli mandando il figliuolo ai servigj dei loro nemici. Dopo avere accettato il danaro de' Fiorentini, e promesso che il figliuolo suo non tarderebbe a porsi in istrada colle sue truppe, andò, sotto varj pretesti, procrastinando la di lui partenza; poi rifiutò perentoriamente, senza rendere il danaro che aveva ricevuto. Poco dopo richiamò da Firenze il suo ambasciatore, ed all'ultimo prestò al papa artiglieria e due mila zappatori, per adoperarli contro i Fiorentini[19].
Allorchè la signoria ebbe notizia dello sbarco dell'imperatore a Genova, credette di dovergli mandare una deputazione. Questo passo somministrò un pretesto avidamente accolto da tutti gli alleati dei Fiorentini, per pretendere violata la lega. In fatti le potenze italiane si erano obbligate a non trattare separatamente; e fin allora niun'altra aveva scopertamente mancato a tale promessa. D'altronde la deputazione fiorentina era stata scelta altrettanto male, quanto mandata inopportunamente. I quattro membri che la componevano tenevano opinioni e partiti diversi, onde mai non furono uniti per agire concordemente. L'imperatore ricusava di trattare con loro, se preventivamente non si riconciliavano col papa, e risguardò come insufficienti le loro facoltà, sebbene queste portassero che la repubblica acconsentiva a tutte le condizioni che le verrebbero imposte, eccettuata l'alienazione della propria libertà. Il gran cancelliere dell'imperatore dichiarò loro, che, a motivo degli ajuti dati alla Francia, avevano meritato di perdere questa libertà, ed ogni altro loro privilegio, e non volle ammettere la risposta dei deputati, i quali dicevano essere Firenze uno stato indipendente, che non riconosceva i suoi privilegj da qualche concessione degli imperatori, ma dai suoi proprj diritti. In appresso gli ambasciatori vennero congedati; ma non pertanto due di loro, atterriti dalle disposizioni della corte imperiale, non ripresero la strada della loro patria. Matteo Strozzi rifugiossi a Venezia e Tommaso Soderini a Lucca. Niccolò Capponi, l'antico gonfaloniere, che era il terzo ambasciatore, quando giunse a Castelnuovo di Garfagnana, scontrossi in Michel Angelo Bonarruoti, che fuggiva con Rinaldo Corsini, e che gli diede le più tristi notizie intorno ai rovesci di già provati dalla repubblica. Il Capponi, oppresso dalla fatica, dall'età, dal dolore, venne subito sorpreso da una malattia che lo trasse al sepolcro il giorno 8 di ottobre. Raffaello Girolami tornò solo a Firenze a rendere conto della sua ambasciata, ed incoraggiò i suoi concittadini ad affrontare coraggiosamente la burrasca ond'erano minacciati[20].
L'imperatore aveva commessa la conquista di Firenze ed il compimento delle vendette di Clemente VII al principe di Orange, in allora vicerè di Napoli. Clemente stava dunque per volgere contro la sua patria quello stesso generale e quell'armata medesima, che tre anni prima l'avevano con tanto rigore tenuto assediato, che avevano saccheggiata sotto i suoi occhi la sua capitale con sì atroce barbarie, e che non gli avevano renduta la libertà, che dopo avergli estorta una scandalosa taglia. Il prezzo pel quale il papa acconsentì a perdonare tante ingiurie, era l'assunto che prendeva cotal gente ferocissima di trattare colla stessa barbarie la di lui città natale. L'esercito che aveva saccheggiata Roma, e che aveva vissuto in Milano a discrezione, fu richiamato sotto le bandiere dei suoi capi dalla speranza di saccheggiare Firenze; e furono veduti alcuni soldati spagnuoli, che erano trattenuti innanzi ai tribunali per cause civili, protestare alla parte avversaria tutti i danni e perdite nei quali incorrere potrebbero per non avere parte al sacco di Firenze[21].