Buonaparte intanto si faceva con prestezza avanti, sperando di far certo con la vittoria quello che tuttavia era incerto. Ma l'arciduca, che si era messo al fermo di voler temporeggiare, fuggendo la necessità del combattere, si tirava indietro, solo ritardando con grosse fazioni del retroguardo il perseguitar del nemico. Ritraevasi da San Vito, da Fraisach, da Newmarket; ritraevasi ancora da Unzmarket sulla Mura e da Judenburgo. Occupava Buonaparte i luoghi abbandonati, e si vedeva avanti le acque che dall'estrema falda dei norici monti se ne corrono per la dritta del Danubio; già le mura dell'antica ed invitta Vienna erano vicine a mostrarsi a' suoi soldati vincitori.
Ma già da Vienna, ancorchè la condizione di Buonaparte fosse divenuta pericolosa per la subita comparsa di Laudon nella campagna di Brescia, per l'arrivo d'un colonnello Casimiro a Trieste mandatovi dall'arciduca, e per essere sul mezzo della fronte lo arciduca medesimo grosso e rannodato e con tutte le popolazioni all'intorno che dimostravano animo stabile nella divozione verso l'antico signore; arrivavano, all'alloggiamento di Judenburgo i generali Belegarde e Meerfelt con mandato di sospendere le offese e di comporre le differenze. Uditi benignamente dal generale di Francia, si accordarono, il giorno 7 aprile, che si sospendessero da ambe le parti le offese per sei giorni. Poi, scoprendosi sempre più inclinato Buonaparte a volere condizioni vantaggiose per l'Austria con offerire compensi, fu prolungata la tregua insino a che fossero accordati i preliminari di pace che, secondo il corso di quei negoziati, si vedevano non lontani. Infatti, essendosi dato perfezione a tutte le pratiche, si venne fra i plenipontenziari rispettivi alla conclusione dei preliminari nella terra di Leoben, il dì 18 del medesimo mese. Alcuni dei capitoli furono palesi, altri segreti. Fra i primi contenevasi, cedesse l'imperador alla Francia i Paesi-Bassi, riconoscesse le frontiere della repubblica quali le avevano le leggi franzesi definite, consentisse alla creazione d'una repubblica in Lombardia. Parlavasi nei segreti dei compensi da darsi all'imperadore; ma, essendosi stipulato che Mantova si restituisse all'imperadore medesimo, il direttorio non volle consentire questa condizione, certamente gravissima in sè stessa, e per gli effetti che portava con sè. Il rifiuto del direttorio fe' sorgere nuovi negoziati, pei quali finalmente fu consentita Mantova alla repubblica traspadana o lombarda che la si voglia nominare.
Già precedentemente si è veduto che Bergamo era stato occupato da Buonaparte come istrumento potente a volgere a sua devozione l'animo dei popoli della terraferma veneta. Fu del tutto violento il modo e contrario a tutti gli usi della neutralità. Entrarono i repubblicani in Bergamo, Baraguey d'Hilliers li guidava, con cannoni ordinati a modo di guerra, con le micce accese, s'impadronirono delle porte, recaronsi in mano le artiglierie veneziane, intimarono al podestà Ottolini, facesse sgombrar dalla terra tutte le truppe venete; se nol facesse userebbero la forza. In tale guisa s'insignorirono di Bergamo coloro che accusavano Venezia della violata neutralità. Ma questo non era che il principio ed il fondamento delle trame che si ordivano. Erasi per opera di Buonaparte creata in Milano una congregazione segreta, nella quale entravano in gran numero i repubblicani italiani, ed il cui fine era di operare rivoluzioni nel paese veneziano. Alcuni Franzesi vi erano mescolati che intendevano ai medesimi fini. Tra questi, un Landrieux, capo dello stato maggiore di cavalleria, era stato eletto dalla congregazione qual operator principale a turbare le cose venete.
Ma Landrieux, o che egli avesse per onestà di natura realmente in odio queste opere pestifere, o che per motivo meno sincero, come ne lo sospettò Buonaparte, avesse occulto intendimento con gl'inquisitori di stato di Venezia, fe' sapere, o per mezzo loro o immediatamente, ad Ottolini, che, ove una persona fidata a Milano mandasse per conferir con lui, le svelerebbe cose che massimamente importavano alla salute della repubblica veneziana. Mandava il segretario Stefani; trovava questi in Milano un avvocato Serpieri, romano, trovava Andrieux, che alloggiavanlo segretamente in casa Albani: affermava Landrieux a Stefani, essere onest'uomo, per questo avere in abbominio le rivoluzioni; già averne impedito una in Ispagna, voler impedire quella dello Stato veneto: avere fra un mese ad esser pace con l'Austria se fosse impedita la rivoluzione degli Stati veneziani, nel caso contrario, non esservi più modo di conciliazione; abbracciare Buonaparte nell'ambizione sua la sovranità d'Italia. Soggiungeva poscia che la rivoluzione dello Stato veneto era opera della congregazione segreta di Milano; dovere aver principio in Brescia, poi dilatarsi in Bergamo e Crema; uomini apposta, seminatori di denaro e di ribellione, essere sparsi fra i contadini delle valli, matura non essere ancora la trama, avere ad essere fra otto o dieci giorni: erano i 9 di marzo. Trattenessesi, esortava, in Milano Stefani, svelasse il tutto per un procaccio fidato a Battaglia, provveditore straordinario di Brescia; perchè, affermava, impedita la rivoluzione in Brescia s'impedirebbe anche negli altri luoghi. Trovava modo Stefani di tornare a Bergamo; ebbe raccontato il fatto ad Ottolini. Scriveva il podestà prestamente al provveditore straordinario Battaglia. Ma i congiurati, forse per avere avuto sentore o lingua degli avvisi dati da Landrieux, furono più presti a fare, che Ottolini e Battaglia ad impedire.
Era la mattina del 12 marzo, quando un moto insolito si manifestava in Bergamo; i congiurati chiamavano il popolo a libertà; predicavano, aiutare i Franzesi l'impresa; fermavansi tratto tratto ai capi delle strade, poi di nuovo marciavano; guardie franzesi raddoppiate alle porte, cannoni condotti dal castello in piazza, due rivolti al palazzo; interrogato il comandante franzese dal podestà che cosa volesse significare questo, accusava pattuglie insolite di soldati veneziani e della sbirraglia. Erano in Bergamo due compagnie di cavalleria croata, due di fanti d'oltremare, tre d'Italiani, forse, con tutto questo, trenta sbirri; non montavano fra tutti a quattrocento; i Franzesi quattromila, se non mentivano le polizze, perchè per altrettanti forniva i viveri la provincia. Di quei pochi, col castello in mano, con tutte le artiglierie in suo potere, temeva il comandante. Insomma nasceva il romore, atterriti gli amatori dello Stato vecchio, imbaldanziti gli amatori del nuovo. Lefevre, comandante per Francia, fatti chiamare a sè i deputati alle provvisioni, intimava loro, avessero a sottoscrivere il voto per la libertà ed unione del Bergamasco alla repubblica Cispadana: se nol facessero, andrebbe la vita. In questo mezzo, due uffiziali repubblicani, l'Hermite e Boussion, presiedevano ai voti per la libertà ed unione alla Cispadana. Sottoscrivevano alcuni per amore, molti per forza. Era un andare e venire, una confusione, un trambusto incredibile. Scendeva la notte intanto e rendeva più terribile l'aspetto delle cose. In questo mentre si creava il municipio; toglievano i repubblicani lo stendardo veneto che ancora sventolava sulle mura del castello. Era ancor libero Ottolini; instava presso a Lefevre, comandante, della santità dei neutri ammonendolo. Ma Lefevre, deposta in tutto la visiera, faceva udire questo suono che il popolo di Bergamo era libero, che per questo egli aveva fatto torre lo stendardo veneto; che le intraprese lettere del podestà (queste erano le lettere con le quali Ottolini mandava agl'inquisitori di stato la nota dei congiurati, e che erano state intercette ed aperte da Lefevre) gli servivano di regola; che però egli, Ottolini, avesse a sgombrare tosto da Bergamo; quando no, il manderebbe carcerato a Milano. Mentre il comandante minacciava Ottolini, sopraggiungevano l'Hermite e Boussion, e con loro i conti Pesenti ed Alborghetti, in divisa e nappa franzese. Di bel nuovo intimavano ad Ottolini, partisse subito o sarebbe mandato a Milano. Partiva il podestà alla volta di Brescia, lasciando Bergamo in potere dei novatori; i soldati veneti, prima disarmati poi mandati a Brescia.
Il nuovo magistrato municipale mandava fuori un manifesto per informare, come diceva, il popolo sovrano, che i municipali erano entrati in ufficio. Scriveva quindi il giorno medesimo in nome del popolo sovrano di Bergamo alla repubblica Cispadana, avere Bergamo conquistato la libertà, desiderare collegarla con quella della Cispadana; l'accettassero in amicizia, dessergli quella del popolo cispadano.
Pubblicavansi frequenti scritti, parte seri, parte faceti, parte schernevoli sul lione di San Marco, sui piombi di Venezia, sugl'inquisitori di Stato, sulla tirannide di Ottolini, sull'aristocrazia, sull'oligarchia e simili altre parole greche: strana occupazione di menti nel condannare in altri ciò che era in sè.
Quivi non si rimanevano le disgrazie della repubblica veneziana. Rivoltato Bergamo, volevano far mutazione a Brescia per vieppiù stabilire nella devozione altrui quelle provincie. Non aveva omesso Ottolini, quando era ancora in ufficio, d'informare il provveditore straordinario Battaglia della trama che si macchinava contro di questa città, e gli aveva mandato i nomi dei congiurati, dei quali non si era punto ingannato, consigliandolo ad aspettare che tutti fossero uniti, il che doveva accadere, secondo gli avvisi di Landrieux, il 21 del mese, e ad arrestarli e ad ucciderli. Inoltre, il rappresentante veneto a Milano Vincenti scriveva continuamente al provveditore straordinario, stesse avvertito, perchè la congiura era vicina ad aver effetto: si armasse, non si fidasse del comandante franzese del castello di Brescia perchè s'intendeva coi congiurati. Tutte queste cose turbavano l'animo del provveditore, e lo tenevano sospeso; non sapeva a qual partito appigliarsi; le artiglierie in mano de' Franzesi; il castello poteva fulminare la città. Scriveva Battaglia a Buonaparte, col quale aveva qualche entratura d'amicizia, macchinarsi in Brescia, contro lo Stato, da gente scellerata sotto nome di protezione franzese; e stantechè tutte le artiglierie venete erano in poter suo, richiederlo che lo accomodasse di sei ad otto, perchè si potesse difendere; richiederlo, oltre a ciò, vietasse ai soldati lombardi il passo per la città, frenasse chi si vantava della protezione di Francia. Dei cannoni nulla rispondeva Buonaparte; dei Lombardi e del frenare rescriveva, non doversi perseguitare gli uomini in grazia delle loro opinioni, non essere delitto se uno inclinava più ai Franzesi che ai Tedeschi, come se in questo caso si trattasse tra Franzesi e Tedeschi, e non tra ribelli ed uno stato al quale egli aveva tolto i mezzi di difesa; e come se ancora si trattasse di opinioni e non di fatti e di congiure contro lo Stato. Desiderava finalmente di vedere il provveditore. Accrescevano il pericolo ed il terrore i moti di Bergamo. Le cose si avvicinavano all'estremo fine.
Ecco la sera del 17 marzo arrivare improvvisamente le novelle, essere giunti a Cocaglio circa sessanta ufficiali franzesi condotti da un Antonio Nicolini, Bresciano, aiutanti di Kilmaine, ed impedire il passo ad una squadra di cavalleria che da Brescia mandava il provveditore a Chiari. S'aggiungevano poco stante altri perturbatori, perchè una massa di circa cinquecento tra lombardi e bergamaschi, guidati da capi franzesi, si erano congiunti coi primi, ed armati con due cannoni, certamente avuti da' Franzesi, perciocchè portavano lo stemma imperiale d'Austria, viaggiavano verso Brescia. La mattina del 18 già erano vicini: il comandante di Francia faceva in questo punto aprir le cannoniere del castello che miravano ai palazzo. Dei congiurati, quasi tutti nobili, chi si era ritirato in castello, chi andato all'incontro de' lombardi, e chi sparso in vari luoghi eccitava il popolo a ribellarsi. Voleva Mocenigo podestà che si armassero i soldati della repubblica e con la forza si resistesse ai ribelli; Battaglia titubava per paura dei Franzesi, de' nobili e di tutto: certo il minor male che si possa dire di lui è che ebbe paura. La somma fu, che sottomessi gli amatori dell'antica repubblica dal popolo tumultuante, dalla gente armata che veniva di fuori, dalla connivenza manifesta dei repubblicani di Francia, dall'attitudine minacciosa del castello pronto a fulminare; poche, chiuse, ed ordinate a non resistere le soldatesche veneziane, fu in poco d'ora Brescia ridotta in potestà de' novatori. Cercavano Mocenigo per maltrattarlo; ma non fu trovato, ch'era fuggito. Arrestarono Battaglia, e per poco stette che non lo uccidessero. Lo serravano poscia in castello, dov'era custodito da soldati franzesi.
Udivansi con grandissimo terrore le novelle di Bergamo e di Brescia a Venezia. Scriveva il senato le sue querele al ministro Lallemand; le scriveva al nobile Querini in Francia. Si rispondeva che non si sapeva capire, che i Franzesi non s'ingerivano, che la Francia era amica a Venezia, che qualche cosa si doveva pur dare alla natura delle soldatesche. Ma la importanza era in Buonaparte, divenuto padrone della somma delle cose in Italia. Però mandava il senato appresso a lui i due savi del collegio, Francesco Pesaro e Giambattista Corner, affinchè gli dimostrassero quanto offendessero la neutralità e la sovranità della repubblica le cose accadute in Bergamo ed in Brescia per opera de' comandanti franzesi, e quanto fossero contrarie alle protestazioni di amicizia che la repubblica di Francia continuamente ed anche recentemente aveva fatte a quella di Venezia. Oltre a ciò di nuovo ed asseverantemente protestassero dell'incorrotta fede e della costante amicizia del senato verso la Francia; stringesserlo a disapprovare pubblicamente la condotta de' comandanti delle due città ribellate ed a restituire i due castelli, fonti evidenti della ribellione; richiedesserlo infine che consentisse che il senato con le armi in mano rimettesse sotto la obbedienza i ribelli. Trovato in Gorizia il generale repubblicano, espostogli il fatto da' legati, rispondeva, non abbastanza ancora essere sicure le sorti della guerra, perchè potesse restituire alla repubblica i castelli occupati: potrebbe il senato fare quanto gli sarebbe a grado per sottomettere i ribelli, purchè le genti franzesi e gl'interessi loro non ne fossero offesi: del comandante di Bergamo, perchè questi più di quel di Brescia si era mescolato nella rivoluzione, ordinerebbe fosse condotto a Milano e processato; sarebbe, se colpevole, castigato: allegava, essere sincera la fede della Francia verso Venezia. Trapassando poscia più oltre, si offeriva ad usare le proprie forze per ridurre i novatori a devozione del senato, e che ove ne fosse richiesto, il farebbe. Toccava finalmente che sarebbe bene che Venezia più strettamente si congiungesse in amicizia colla Francia.