Incominciavano a prepararsi i semi delle future discordie. Si faceva principio della religione, non che toccassero le opinioni dogmatiche, ma soltanto la disciplina. I popoli confondevano l'una coll'altra; i chierici non che li disingannassero, li mantenevano nel falso concetto. Comandava il governo che non fosse lecito ai vescovi di promuovere, senza sua licenza, alcuno agli ordini sacri, se non coloro, che, già suddiaconi o diaconi essendo, desiderassero ricevere il diaconato o il pretato, e parimente, senza suo beneplacito, nessuno potesse, o uomo o donna si fosse, vestir l'abito di nessuna regola di frati o di monache; ordinamenti presi in mala parte dai più, perchè la setta contraria al nuovo Stato se ne prevaleva. Poi decretava che ogni cherico, o regolare o secolare che si fosse, se forastiero, dovesse fra certo termine e con certe condizioni uscire dai territorii. Parevano questi stanziamenti molto insoliti; ma bene più insolito e più strano appariva quell'altro precetto, col quale si ordinava che uomini deputati dal governo a tempo e dopo i divini uffici predicassero la democrazia alle genti. Fu questo un gran tentativo; non succedeva bene, perchè in molti luoghi i deputati non fecero frutto, in altri furono scherniti, in alcuni scacciati. Si sollevarono universalmente gli animi religiosi contro questa novità: i nemici dello Stato crescevano.
Questo quanto alla religione; si moltiplicavano per altre ragioni gli sdegni. Oltrechè con gl'incessabili discorsi e scritti non si lasciavano mai quietare i nobili, fu preso decreto, che si mandasse a Parigi, come ministro della repubblica, l'avvocato Boccardi, e si richiamasse Stefano Rivarola: si richiamasse ancora Cristoforo Spinola, ministro a Londra: se non obbedissero, i beni loro fossero posti al fisco, intanto si sequestrassero. L'atto rigoroso offendeva i nobili; vieppiù gli animi s'inasprivano. Questo era riprensibile; ma bene del tutto intollerabile fu un altro atto, con cui si ordinava che i principali autori della convenzione fatta a Parigi da Vincenzo Spinola, per la quale la repubblica si era obbligata a pagare quattro milioni di tornesi alla Francia, fossero tenuti in solido a restituire la detta somma all'erario, e se non la restituissero, fossero i beni loro posti al fisco. Erano in questa faccenda interessate le principali famiglie, specialmente i Doria, i Pallavicini, i Durazzo, i Fieschi, i Gentili, i Carega, gli Spinola, i Lomellini, i Grimaldi, i Catanei, personaggi che tiravano con loro una dipendenza grandissima. Ciò faceva maggiormente inviperire gli animi degli scontenti, i quali, vedendo di non trovare dopo la mutazione alcun riposo nè per le sostanze nè per le persone, pensavano a vendicarsi; non che si consigliassero di far congiure o moti popolari perchè troppo erano sbigottiti a voler ciò tentare, ma spargevano ad arte voci sinistre nel popolo, ed aspettavano le prime occasioni per insorgere. Mescolavano il falso col vero: vero era che il generalissimo aveva domandato parecchi milioni pel vivere delle sue genti: questo anzi era stato uno dei principali motivi della mutazione. Il governo poi, trovandosi ancor debole in quei principii e non avendo altre radici che i discorsi vani dei democrati e il patrocinio forastiero, andava lento alle tasse, e perciò aveva trovato il rimedio di quell'ingiusto balzello. A tutto questo si aggiungevano le rapine dei Barbareschi tanto più moleste, quanto più si aveva avuto la speranza data espressamente che, cambiato il reggimento, la Francia avrebbe tutelato dagli assalti dei Barbari le navigazioni dei Genovesi.
Motivo potente di malumore era altresì quello che due generali franzesi, Casabianca e Duphot, fossero venuti a reggere e ad ordinare i soldati, segno certo essere perita l'indipendenza. Ciò significava inoltre che Buonaparte, o non si fidava dei Genovesi, o gli stimava inabili alle cose militari: dal che nasceva che chi pensava altamente, si teneva mal soddisfatto. Udivasi che si voleva si smantellassero le fortezze di Savona e di San Remo, soli propugnacoli dell'indipendenza verso Francia. Vedevano anche levarsi dalle porte della metropoli i cannoni, il che interpretavano come voglia di aprir l'adito più facile e più sicuro ai forastieri per invadere il cuore stesso della repubblica. Gridavano, doversi insorgere contro reggitori fatti servi dei forastieri. I nobili, i preti e gli aderenti loro, che non erano pochi, fomentavano questi mali umori. Frano allora i reggitorii divisi in due sette, dell'una delle quali compariva capo Serra, dell'altra Corvetto, Ruzza e Carbonara; quello per un reggimento più stretto e pendente all'aristocrazia: questi s'intendevano meglio con Faipoult, alcuni per ambizione, altri a buon fine, credendo che, poichè i cieli avevano destinato che i Franzesi divenissero padroni di Genova, miglior partito era per arrivar a bene il vezzeggiarli che l'aspreggiarli, perchè, volere o non volere, i Franzesi dominavano. Ma la maggior dipendenza di questa parte verso Francia, dall'un canto la faceva odiosa, dall'altro la rendeva dipendente, più che non sarebbe stato necessario, dai democrati più ardenti, i quali non amavano Serra, anzi il chiamavano tiranno e nuovo duca di Orleans. Questi semi pestiferi erano pullulati, ne prendevano animo i nemici della mutazione e si apprestavano a far novità. Già si udivano sinistri suoni dalle valli di Bisagno e di Polcevera. Era la cagione od il pretesto la nuova costituzione, violatrice, come spargevano, della religione, e che, come si era data intenzione, si doveva accettare il dì 14 settembre. Per far posare gli animi, annunziavano essere prorogata l'accettazione, e si torrebbe quanto potesse offendere la coscienza dei fedeli.
In questo mezzo tempo Corvetto e Ruzza erano stati mandati a Buonaparte per consultar con lui degli articoli che avevano fatto adombrare i popoli. Ma gli umori popolari più presto si muovono che s'arrestano. Dava loro l'ultima pinta di essersi fatto arrestare tanto in città quanto nel contado alcuni nobili che si credevano pericolosi; cinque Durazzi, due Doria, due Pallavicini, tre Spinola, un Ferrari, uomini per nome e per ricchezza di molta dipendenza. Incominciavano il dì 4 settembre a tumultuare le popolazioni di Bisagno. Suonavano le campane a martello, i curati esortavano e guidavano i sollevati, si facevano adunanze nelle ville dei nobili, poi, crescendo il numero ed il furore, armati di armi diverse ma con animi concordi, fatta una gran massa, s'incamminavano infuriati verso la capitale. Duphot con una squadra di Franzesi e di democrati andava loro all'incontro; il principal nervo consisteva nelle artiglierie, di cui i sollevati mancavano. Seguitava una mischia molto aspra in Albaro. Prevalevano finalmente l'arte e la disciplina, contro il numero ed il furore: andavano in fuga i sollevati; alcuni furono presi, altri in mezzo alla mescolata fuga crudelmente uccisi. Tornavano i soldati di Duphot in Genova vincitori, sanguinosi e non senza preda.
Non ancora del tutto spenta la sedizione di Bisagno, un nuovo rumore di guerra già si faceva sentire nella Polcevera. Gli abitatori di questa valle, mossi dall'esempio dei Bisagnani e dalle instigazioni di alcuni ecclesiastici, si levavano ancor essi in gran numero e correvano contro la capitale. Accostatisi a loro non pochi degli avanzati alle stragi di Binasco, la moltitudine armata s'impadroniva per una battaglia di mano del forte della Sperona; poi, più avanti procedendo, occupava tutto il secondo cinto delle mura, restando solo esente la batteria di San Benigno. Una prima squadra di soldati liguri e franzesi mandata in quel primo tumulto contro di loro, vedutigli bene armati e bene fortificati, se ne rimaneva e tornavasene. Poi si negoziava e si fermava un accordo. Ma ecco che dai più ardenti Polceverini si spargeva che i giacobini erano gente infida, e che solo avevano promesso il perdono per meglio far le vendette. Novellamente s'inferocivano, e, prese impetuosamente le armi, assaltavano il posto principalissimo di San Benigno. In questo punto Duphot, vincitore di Albaro, che per l'indugiarsi del trattato, aveva avuto tempo di raccorre e di ordinare tutti i suoi, aiutato fortemente dal colonello Seras, soldato molto animoso, traversava la città e correva contro la turba degli insorti. Seguitava una feroce mischia, come di guerra civile. Combattevano valorosamente Duphot e Seras, vecchi soldati: non resistevano meno valorosamente i paesani, nuovi soldati; durava quattro ore la battaglia; furono non pochi i morti, non pochi i feriti; superava infine la veterana disciplina: i paesani scacciati dai posti, voltavano le spalle e seguitati con molta pressa dai repubblicani, perdevano gran gente. Cinquecento, essendo presi, empievano le carceri di Genova.
La fama della doppia vittoria di Albero e di San Benigno, e le forze mandate sedavano i moti, che già erano sorti a Chiavari ed in altre terre della riviera di levante, come altresì nei feudi imperiali, o Monti Liguri che si voglian nominare. Ogni cosa si ricomponeva in quiete, ma per terrore, non per amore; truce e minacciosa, non lieta e consenziente.
Avuta la vittoria, si pensava alla vendetta. Creavasi un consiglio militare, perchè nelle forme più pronte e più sommarie avesse a giudicare i ribelli. Sette ad otto, ma di oscuro nome, dannati a morte tingevano col sangue loro il suolo dell'atterrita Genova: non pochi erano mandati al remo. Si apprestava il destino medesimo ad altri. Faipoult avvertiva Buonaparte che si dannavano soltanto gli ignobili: mettevagli in sospetto Serra; chiamavalo uomo pericoloso, dissimulatore, ambizioso: stimava la quiete del pubblico in pericolo, finchè Serra stesse al governo. I due Serra, giuntosi Gerolamo col fratello, dal canto loro accusavano Faipoult e Duphot di essersi fatti protettori di una parte turbatrice e pervertitrice di ogni buon ordine politico, e d'impedire che la quiete tornasse in Genova. Niuno altro mezzo di salute e di riposo esservi, dicevano, che quello di mandar via Duphot, e di contenere nelle funzioni del suo ufficio Faipoult; senza ciò nascerebbero necessariamente la debolezza dello Stato, l'anarchia, i disordini, il sangue. Per tal guisa gli animi si invelenivano; ed era vero che Faipoult addomandava imperiosamente al governo che annullasse il decreto, pel quale aveva ordinato che la commissione militare terminasse al più presto le sue operazioni. Addomandava oltre a ciò che i nobili carcerati, anche innocenti, quali ostaggi si conducessero nel castello di Milano.
In questo arrivava a Genova con nuovi soldati mandati da Buonaparte, a cui le turbazioni genovesi davano sospetto, il generale Lannes, il quale, non curandosi nè di governo nè di Faipoult, nè di preti nè di frati, nè di nobili nè di plebei, nè di patriotti nè di aristocrati, e solo alla forza mirando, si alloggiava alla soldatesca nella città e se ne faceva padrone.
Intanto i legati, accordatisi con Buonaparte intorno ai cambiamenti della costituzione della repubblica Ligure, la conducevano a compimento e, lui permettente, era pubblicata. Fossevi un consiglio dei giovani, uno degli anziani, e un direttorio; dividessesi la repubblica in quindici dipartimenti; dei magistrati giudiziali, distrettuali e municipali si statuisse a modo di Francia. Fu questo un modello tutto franzese; e insomma la genovese costituzione fu data, non presa. Pure fra le armi serrate ed i soldati apprestati fu sottoposta ai comizii popolari. L'approvavano cento mila voti favorevoli, diciassette mila contrarii. Facevansi feste, cantavansi inni, erano nel teatro allegrie assai. Nominavansi i due consigli e dai consigli il direttorio. Eleggevansi a questo Luigi Corvetto, Agostino Maglione, Niccolò Littardi, Ambrogio Molfino, Paolo Costa; creavano Corvetto presidente. Sul principiare dell'anno seguente prendevano il magistrato tutti i nuovi ordini e s'instituiva la costituzione. Poi, partitosi Faipoult, gli veniva sostituito un Soltin. A questo modo periva l'antica repubblica di Genova, feroce, animosa, sanguinosa ed impaziente.
Periva per mano dei vincitori Genova, perchè ricca e con pochi soldati; si conservava il Piemonte, perchè povero e con soldati. Essendo ancora le cose dubbie coll'imperatore, importava alla Francia l'avere in suo favore i soldati del re se di nuovo si dovesse tornare sull'armi. Poi, quantunque il direttorio molto l'avesse in odio, Buonaparte se ne compiaceva, invaghito per indole propria dei governi assoluti ed allettato dalle adulazioni dei nobili piemontesi. Pure non era possibile che le massime che correvano, i rivoltamenti della vicina Genova, i giornali, le predicazioni, le trame di Milano non partorissero in Piemonte effetti pregiudiziali alla quiete dello Stato.