In questo mezzo tempo le macchinazioni inglesi avevano sortito l'effetto loro, perchè l'invasione dell'Egitto, siccome gl'Inglesi avevano avvisato, la vittoria di Nelson, e medesimamente le esortazioni delle corti europee presso al Divano avevano per modo operato, che la Porta Ottomana si era scoperta nemica della Francia e le aveva intimato la guerra. Accidente tanto grave cambiò ad un tratto le condizioni di tutta Europa, e spianò la strada ad una nuova confederazione contro la Francia. Quella vasta mole repubblicana, che il terrore avea fondato, cessato il terrore si accostava alla sua ruina.
Tutte queste cose non erano ignote a Ferdinando, e considerato oltre a questo che tutte le genti franzesi che allora erano in Italia raccolte insieme non sommavano gran pezza al numero delle sue, e che i repubblicani già inferiori di numero erano dispersi qua e là ne' presidii della Cisalpina, dello Stato veneto, del Piemonte e della Romagna, credè di poter chiarire l'animo suo senza pericolo, e di poter far la guerra da sè con frutto contro la Francia, senza aspettare il tempo in cui gli altri suoi confederati, principalmente l'Austria e la Russia, avrebbero potuto venire in soccorso. A ciò vieppiù il confortavano e le flotte confederate della Russia e della Turchia, che venivano contro gli occupatori delle isole veneziane, e la presenza di Nelson, incitatore e sperato coadiutore alla guerra, e Malta ribellatasi dai Franzesi, e la cupidigia di aver Fermo con alcune altre terre della Marca, e la speranza d'aversi a liberare dalle pretese della santa Sede pel benefizio della sua ristaurazione in Roma.
Il re, risolutosi del tutto alla guerra, domandava ai Franzesi quello a che sapeva ch'ei non potevano consentire, e questo fu sgombrassero da tutti gli Stati pontificii, e l'isola di Malta, sulla quale pretendeva ragioni di sovranità, in poter suo rimettessero: chiamava l'una e l'altra occupazione novità fatte, violazioni manifeste delle condizioni stipulate, e dei confini accordati nel trattato di Campoformio. Il direttorio, contuttochè si vedesse in pericolo di guerra imminente colle principali potenze d'Europa, rispose risolutamente di non poter consentire alle domande, giudicando benissimo che l'inchinarsi a tali condizioni era peggio di perdere tre battaglie campali. Per la qual cosa pubblicava Ferdinando da San Germano, perchè già si era condotto ai confini con tutte le sue genti, un manifesto, pel quale mostrandosi sdegnato per la occupazione dello Stato Romano e di Malta, bandiva al mondo aver preso le armi per allontanare da' suoi dominii ogni danno e pericolo, per restituire il patrimonio della Chiesa al suo vero e legittimo signore, per ristorarvi la cattolica religione, per cessarvi l'anarchia, le stragi, le rapine: protestava al tempo stesso, non volere muover guerra contro alcun potentato, ma solo provvedere alla sicurezza ed all'onore della religione.
Dalle parole trapassava tosto ai fatti; partito l'esercito in tre parti, marciava alla volta delle romane terre. Era venuto per consigliare il re nelle faccende di guerra il generale austriaco Mack, mandato a questo fine dall'imperatore Francesco. Aveva egli in tale modo ordinato l'assalto dei nemici, che la più grossa schiera condotta da lui medesimo avendo con sè il principe ereditario di Napoli, per la strada degli Abruzzi se ne gisse contro Fermo, e se la fortuna si mostrasse favorevole, a porre il campo sotto Ancona, terra munita di una cittadella forte, ma con presidio debole, perchè una parte era stata rimandata a rinforzare Corfù minacciata dalle armi ottomane e russe. Era suo intento che questa schiera tagliasse il ritorno ai Franzesi verso la repubblica Cisalpina. L'altra colonna guidata dal re, che aveva con sè per moderatore Colli, aveva carico di far impeto direttamente contro Roma serbata espressamente al trionfo del re Ferdinando. Ma pensiero di colui che aveva ordinata tutta questa macchina militare, era altresì di tagliare la strada ai Franzesi per la Toscana. Fu quest'opera commessa ad una terza schiera sotto i comandamenti del generale Naselli; la parte più grossa di lei posta su navi inglesi e portoghesi governate da Nelson, s'incamminava ad occupar Livorno. Ma perchè ella non fosse troppo distante dalle genti che accennavano a Roma, si era dato opera che la minor parte che obbediva al conte Ruggero di Damas, fuoruscito franzese, radendo i lidi verso Civitavecchia, se n'andasse ad occupare quei luoghi della Toscana che portano il nome di Presidii. Per tal modo ordinato il disegno si mandava ad esecuzione. Il generale Championnet, nelle mani del quale stava allora il supremo governo dei repubblicani in quelle parti, aveva con sè poche genti; nè certamente bastevoli a far fronte a tanta moltitudine, se i soldati napolitani fossero stati pari a' suoi per perizia e per valore; conciossiacchè non avesse con lui che cinque reggimenti di fanti, uno di cavalleggieri, uno di dragoni, due compagnie artiglieri, numero forse che non sommava a dieci mila soldati. Erano per verità alcuni reggimenti italiani, ma ei aveva sopra di loro poco fondamento.
Il dì 23 novembre i Napolitani si muovevano al destino loro: già la schiera guidata da Ferdinando, scacciate le poche genti repubblicane che le si pararono avanti, si avvicinava a Terni. Mandava Championnet domandando a Mack qual ragione muovesse i Napolitani alla guerra contro Francia. Rispondeva questi con troppo maggior alterigia che se gli convenisse. Replicava modestamente Championnet. Intanto non vedendosi, pel picciol numero de' soldati sparsi in luoghi lontani, pari al resistere a tanta piena nè a custodire tanta larghezza di paese, raccoglieva i suoi e li mandava a far capo grosso a Civita Castellana. Ma, udendo che i Napolitani erano stati ricevuti in Livorno, che Viterbo e Civitavecchia si levavano a rumore, che Ruggiero di Damas arrivava sui confini fra lo Stato ecclesiastico e la Toscana, soprattutto sentendo che Mack, sebbene valorosamente e non senza grossa strage de' regi combattuto dal generale Lemoyne, s'era impadronito di Fermo e già accennava ad Ancona, fece pensiero di ritirarsi più in su per le vie del Tevere, e piantò i suoi alloggiamenti in Perugia, perchè temeva che il generale napolitano gli tagliasse le strade dell'Apennino, per cui poteva avere il suo ricovero sulle terre della Cisalpina. A Perugia poi raccoglieva tutte le sue sparse genti e vi trasferiva anche il governo romano che aveva abbandonato per la forza di quell'accidente improvviso, la sua sede, lasciando Roma sicura preda de' regi. Trovarono qualche aderenza di popolo nello Stato pontificio, come era accaduto a Viterbo ed a Civitavecchia; ma generalmente poco si muovevano; anzi in alcuni luoghi, come a Terni, i paesani combatterono virilmente in favor de' Franzesi e diedero loro campo di ridursi a salvamento. Entrava Ferdinando trionfando in Roma il dì 29 di novembre, il seguitavano i suoi soldati in bellissima mostra; il circondavano i primi capi in magnifico arnese. Il popolo, che sempre si precipita rapidamente sotto i nuovi signori, tratto piuttosto dalla novità che dall'amore, gli fece feste e rallegramenti d'ogni sorta: le romane e le napoletane grida miste insieme erano un singolare spettacolo. Ma non andò gran pezza che si accorsero come avessero cambiato di signore e non di servitù. Si incominciava intanto a trascorrere in vituperii, ed in fatti peggiori de' vituperii, contro coloro che avevano seguitato il governo nuovo, chiamandoli il popolo atei e giacobini. I vituperii poi ed i mali trattamenti trascorrevano, come suol avvenire in simili casi, dai nocenti agl'innocenti, e si manomettevano i giacobini per odio pubblico, i non giacobini per odii privati. S'incominciava a far sangue e a demolir case. S'interpose Ferdinando e fe' cessare i tumulti. Instituì oltre a ciò un governo temporaneo d'uomini probi ed autorevoli, che furono i principi Borghese, Aldobrandini e Gabrielli, il marchese Massimi ed un Ricci. Ma siccome i popoli, massimamente il romano, non stan fermi che alle provvisioni, così Ferdinando calava il prezzo del pane; il che fece una grande allegrezza.
Intanto Roma si spogliava; nè meglio la città veneranda trattarono i Napolitani che i Franzesi. Portarono le logge del Vaticano dipinte da Raffaello, risparmiate ed anche rispettate dai Franzesi, lungo tempo le vestigia della barbarie delle soldatesche napolitane. Nè i quadri si risparmiarono, nè le statue, nè i manoscritti fuggiti alla rapacità degli agenti del direttorio. Da tale enormità nacque che il popolo cominciò a desiderar Francia contro Napoli, e che molti dei partigiani del papa diventavano partigiani franzesi. Tali erano le opere napolitane in Roma, ma poco durarono, perchè era fatale che in quella nobile e sventurata Roma un dominio insolente in brevissimo giro di tempo sottentrasse ad un dominio insolente; i quali accidenti vedremo in progresso.
Aveva il direttorio di Francia fino a questo tempo dominato in Liguria ed in Cisalpina per la conquista; volle quindi dominare per l'alleanza, condizione peggiore della prima, se gli sfrenati modi non si cambiano, perchè quella comporta per sè ogni cosa, questa dovrebbe avere moderazione e regola. Stipulossi a Parigi il dì 29 di marzo, per forza dall'ambasciatore ordinario Visconti, volontieri dall'ambasciatore straordinario Serbelloni, un trattato d'alleanza fra le due repubbliche Franzese e Cisalpina, i cui principali capitoli furono i seguenti: che la repubblica Franzese riconosceva come potenza libera ed indipendente la Cisalpina e le guarentiva la sua libertà, la indipendenza e l'abolizione di ogni governo anteriore a quello che attualmente la reggeva; che vi fosse pace ed amicizia perpetua fra ambedue; che vi fosse alleanza, e che la Cisalpina stesse così per le difese come per le offese a favore della Francia; che la Cisalpina, avendo domandato alla Franzese un corpo che fosse bastante a conservare la sua libertà, indipendenza e quiete, e così pure a preservarla da ogni insulto da parte de' suoi vicini, si era convenuto fra le due repubbliche, la Francia manterrebbe nella Cisalpina, per tanto tempo per quanto non fosse altrimenti convenuto ventidue mila fanti, due mila cinquecento cavalli, cinquecento artiglieri sì a piè che a cavallo, e che la Cisalpina pagasse alla Franzese ogni anno dieciotto milioni di franchi; che obbedissero queste genti, e così ancora quelle della Cisalpina, ai generali franzesi. L'ambasciatore Visconti, siccome quegli a cui pareva che questo trattato significasse tutt'altra cosa piuttosto che alleanza ed indipendenza, non li voleva consentire. Ma ebbe ad udire dal ministro di Francia il suono di queste parole, che la repubblica Franzese avendo creato la Cisalpina, poteva anche distruggerla se volesse. Perciò Visconti non istette ad aspettar altro, e sottoscrisse il trattato.
Arrivato questo accordo in Cisalpina vi sorse uno sdegno grandissimo: i consigli legislativi nol volevano ratificare. Tuttavia promesse e minaccie operavano in modo che i consigli ratificarono, non senza però molti discorsi contrarii e molta discordia. Gli amatori dell'indipendenza se ne sgomentarono, molti mali umori nascevano nella repubblica. Si aggiunse che i due quinqueviri Moscati e Paradisi e nove dei consigli legislativi che più degli altri si erano versati al trattato, avevano ricevuto sforzata licenza dal direttorio di Francia. Di più si fe' dire e stampare che fossero fautori dell'Austria e nemici della Francia; delle quali allegazioni si può dire ch'è dubbio se sieno o più ridicole o più false. Ma la persecuzione non si rimase alle parole, perchè alcuni degli oppositori furono anche carcerati. Si conturbavano le menti a questi eccessi; si temevano cose peggiori.
In mezzo a questi mali umori arrivava in Cisalpina, mandato dal direttorio in qualità di ambasciatore di Francia, Trouvè, giovane di spirito e che faceva professione di amare la libertà.
Si sollevavano gli animi al suo arrivo, comparendo per la prima volta un ministro di Francia presso quello Stato nuovo, ed ognuno si stava ansiosamente aspettando che cosa portasse. Fu l'ingresso di Trouvè al direttorio cisalpino molto pomposo. Parlò nel suo discorso della Francia magnificamente, della Cisalpina amorosamente. Rispondeva all'ambasciatore di Francia con pensieri adulatorii e lingua italiana sucidissima il presidente del direttorio Constabili; il linguaggio stesso disvelava la debolezza degli animi la servitù dello Stato.