Vedeva Clement la necessità della dedizione, perchè già la fortezza era straziata, la breccia si preparava, nissun soccorso gli appariva da nissuna parte, ed erano mancati tutti i fondamenti del difendersi. Chiese perciò i patti e gli ottenne. Fu stipulato ai 5 dicembre che la guernigione uscisse onorevolmente al modo di guerra, che deponesse le armi sullo spalto, che fosse condotta sotto scorta, come prigioniera, negli Stati ereditarii, che si avesse cura degli ammalati e dei feriti: erano ottocento. A questo modo fu domato per forza, in men di dieci giorni, Cuneo, che aveva vinto la gara contro le forze di Francia nel 1691 e nel 1744.
La presa di Cuneo e la stagione avversa ebbero posto fine alla guerra nella superiore Italia, e sgravarono gli eserciti confederati di molte fatiche. Tuttavia, sebbene il Piemonte fosse governato in nome del re, non si consentì mai ch'ei vi tornasse, nè che il duca d'Aosta vi comparisse.
Intanto molto doloroso fu questo anno alla famiglia reale di Sardegna per mali veri e per le speranze vane; perchè morì a Cagliari l'unico figliuolo del duca d'Aosta, al quale, dopo la morte del padre, spettava la corona; passò anche da questa vita in Algheri di Sardegna il duca di Monferrato, fratello del re, giovane di ottima natura e di costumi dolcissimi.
Ma dobbiamo tornare alle cose del regno di Napoli, dove gli accidenti sono fierissimi e pieni di sangue.
Ferdinando, Carolina, Acton eransi ritirati in Sicilia, lasciando Napoli in mano dei Franzesi che badavano ai fatti loro ed ai Napolitani, amatori di libertà che sognavano la repubblica. Ma non se ne stava il governo regio senza speranza che le sue cose avessero presto a risorgere, perchè non ignorava la forte lega, che si era ordita in Europa contro la Francia, e sapeva che i dominii dei Franzesi nei paesi forastieri, massimamente in Italia, sono sempre brevi. Egli medesimo si era congiunto per trattati d'alleanza con le potenze che facevano o volevano far la guerra ai Franzesi. Già fin dall'anno ultimo l'aveva stipulato con l'Austria; aveva anche il re contratto amicizia con la Gran Bretagna, e Nelson vittorioso molto confortava le siciliane speranze; medesimamente un trattato erasi concluso con l'imperadore Paolo di Russia. Perchè poi quella repubblica franzese, che era per sè stessa una tanto strana apparenza, avesse a produrre nel mondo accidenti ancor più strani, il re Ferdinando aveva fatto alleanza coi Turchi, con avergli il Gran Signore promesso che manderebbe, ad ogni sua richiesta e senza alcun suo aggravio, dieci mila Albanesi in suo aiuto: a questo dava favore e facilità la conquista di Corfù fatta dai Russi e dai Turchi, quando appunto gli aiuti loro erano divenuti più necessarii al re Ferdinando. Era arrivato il tempo propizio a conquistare il regno per la ritirata di Macdonald da Napoli. Non aveva la repubblica messo forti radici nel regno, sì pel duro dominio dei repubblicani di Francia, sì per le astrazioni di quelli di Napoli, e sì finalmente per gl'ingegni mobili dei Napolitani.
Sperava adunque Ferdinando negli aiuti degli alleati e nelle inclinazioni dei popoli. Per conservarsi la grazia dei primi, aveva in Sicilia tenuto Acton in istato, per muovere i secondi mandato Ruffo in Calabria. Già abbiamo narrato come il cardinale, creato l'esercito con gli aderenti proprii, poi ingrossato coi nemici dei repubblicani, aveva mosso a rumore e ricondotto all'obbedienza le due Calabrie quasi tutte, la terra d'Otranto, la terra di Bari ed il contado di Molise. Erano accorsi con le bande loro al cardinale Proni, Mammone, Sciarpa, Fra Diavolo, Decesari, gente ferocissima. Un'altra mossa popolare era sorta che molto aiutava il cardinale per istigazione del vescovo di Policastro, contro il governo repubblicano, la quale, su le rive del Mediterraneo correndo, minacciava Salerno e Napoli. Anche il conte Ruggiero di Damas correva le campagne con uomini speditissimi, e sollevava a furore quelle popolazioni tanto facili ad essere concitate.
Il cardinale, vedutosi forte, elevava l'animo a maggiori imprese. Perlochè, volendo torre alla capitale del regno quel pingue granaio della Puglia, e facilitare anche in quelle spiaggie gli sbarchi dei Turchi e dei Russi, s'incamminava contro Altamura, perchè, andando all'impresa di Puglia, non voleva lasciarsi dietro quel seggio di forti repubblicani. Fattosi sotto le mura, ed intimata la resa, gli fu risposto arditamente da quei di dentro che niun'altra risposta volevano dare se non d'armi. Diede il cardinale furiosamente la batteria, e quantunque gli Altamurani virilmente si difendessero, aperta la breccia, vi entrarono i cardinalizii per estrema forza, e recarono in mano loro la terra. Qui, le cose che successero mettono tanto raccapriccio a descrivere che non si vuole raccontarle; solo diremo che se Trani ed Andria furono sterminate dai repubblicani, con uguale immanità fu esterminata la miseranda città d'Altamura. Usossi il ferro, usossi il fuoco, e chi più incrudeliva e mescolava gli scherni, le risa, gli orribili oltraggi alla crudeltà, era miglior tenuto: queste erano le opere dell'esercito che col nome di cristiano s'intitolava. Ad uguale sterminio fu condotta la città di Gravina, prossima ad Altamura, e posta sulla strada per la Puglia.
Conseguita la vittoria d'Altamura, andava il cardinale a porre le sue stanze ad Ariano nel Principato ulteriore. Quivi le città principali di Puglia, spaventate dal caso d'Altamura e di Gravina, spente le insegne della repubblica, e seguitando scopertamente il nome del re, concorrevano coi deputati loro a giurare obbedienza. Tutto lo stato della repubblica ruinava, e ritornavano con grandissimo impeto della fortuna a Ferdinando tutte le terre e le fortezze principali. Solo Foggia, capitale, assai fiorente e ricca, popolosa e piena di amatori dello stato democratico, ancor si teneva; ma l'essere tornata tutta la provincia alla devozione del re diede facilità ai Russi, Inglesi ed Ottomani di sbarcare, come fecero, sulle rive del golfo di Manfredonia nel novero di circa mille quattrocento condotti dal cavaliere Micheroux; marciarono contro Foggia, e la ridussero in poter loro. Correva un giorno di fiera quando vi entrarono: i popoli, spaventati al vedere quelle genti strane, che avevano nome di valorose e di feroci, sparsero tosto le triste novelle pei paesi circonvicini. Il terrore dominava, e se qualche luogo era rimasto fedele alla repubblica, questo concorreva prestamente con gli altri all'obbedienza verso il vincitore.
Parte dei soldati forastieri si congiunsero col cardinale in Ariano, e parte andarono a trovare sulle rive del Mediterraneo il vescovo di Policastro, che aveva combattuto infelicemente contro i repubblicani. Venne con questa seconda schiera Micheroux medesimo, che, valorosamente guerreggiando pel suo signore, aveva in odio la ferocia delle turbe indisciplinate, e si sforzava, ancorchè fosse indarno, di frenarle. I rinforzi condotti da Micheroux rendettero superiori i regi; anzi tanto s'avvantaggiarono, che, non ostante che i repubblicani con frequenti e forti battaglie cercassero di arrestarli, arrivarono, conquistati i passi importanti d'Eboli e di Campistrina, sotto le mura di Salerno, e se ne impadronirono. Già tutte le provincie avendo obbedito o per amore o per forza alla i fortuna del vincitore, la guerra si avvicinava a Napoli. Il cardinale, per istringerla, era venuto, calandosi da Ariano, a porsi a Nola, mentre Micheroux erasi alloggiato a Cardinale. Eransi anche i regi fatti padroni della Torre del Greco. Da un'altra parte, Aversa, rivoltatasi dalla repubblica, aveva chiamato il nome del re. Questo accidente interrompeva le strade da Napoli a Capua, in cui Macdonald, partendo, aveva lasciato un presidio di due mila soldati. La medesima ubbidienza seguitava l'Abruzzo, perchè Proni, sollevato prima l'Abruzzo superiore, dove, ad eccezione di Pescara, in cui si era rinchiuso il conte Ettore di Ruvo, ogni cosa veniva in poter suo, scendeva a far levare l'inferiore. Veramente tanto vi fece con la forza e con le persuasioni, che l'autorità regia vi fu ristaurata sino prossimamente a Gaeta, munita di un presidio franzese. Per tal guisa furono tagliate tutte le strade tra Napoli e Roma. In questo mentre comparivano le navi inglesi in cospetto, e mostrarono ai repubblicani che la strada del mare era loro interdetta come quella di terra, e che nissun'altra speranza rimaneva loro, se non quella di un disperato valore, poichè nella clemenza del vincitore non potevano in modo alcuno fidare. Avevano innanzi agli occhi il prospetto di Procida isola, nido allora d'immanità orribilissime. S'aggiungeva a spavento dei repubblicani che in Napoli s'era scoperta una congiura in favore del re.
In estremo tanto pericoloso, in cui non si trattava più di vincere o di perdere, ma di vivere o di morire, il governo della repubblica ed i repubblicani facevano ora più ora meno di quanto i tempi richiedessero. I sospetti intanto, anche fra gli uomini della stessa parte, come avviene nelle disgrazie, davano il tracollo allo stato già cadente. Fu proposto che un magistrato di censura si creasse, che avesse diritto e carico di scrutinare i membri del direttorio e quei del corpo legislativo, e chi fosse stimato sospetto cassasse, e proponesse in luogo loro cittadini puri ed incorrotti. Fu creato il magistrato: questi creavano, quelli cacciavano, il governo era in mano loro. Instituissi intanto un tribunale, il cui ufficio fosse di giudicare il crimenlese, e di cui fu nominato presidente Vincenzo Lupo: entrarono con lui i repubblicani più vivi.