Nato in umile fortuna il giorno vigesimo primo di ottobre dell'anno 1672 in Vignola, terra del Modenese, patria del celebre architetto Barozzi, che da quella prese il nome, non potè avere nella età sua fanciullesca altri per institutore che un maestro assai comunale di grammatica latina, che lungamente in quelle spine lo avvolse, per cui tanti vivaci ingegni prendono il più delle volte in abbominio ogni specie di lettere. Essendogli però capitati alle mani i romanzi di madama di Scuderì, ben s'avvide che esistevano libri più dilettevoli che le triviali grammatiche non sieno. Servirono questi in certo modo di correttivo, gli aprirono la mente e l'invogliarono sempre più della lettura. Chi si sarebbe dato a credere giammai che l'autor degli Annali e delle Antichità italiane, e di tante altre opere di storia e di critica la più dotta e severa, abbia incominciata, s'egli stesso non l'avesse asserito, la sua carriera letteraria dal gran Cairo, dall'illustre Bassà e da altre simili fole, leggendole avidamente? Ma il punto sustanzialissimo si è, che curiosa brama, qualunque siasi, di leggere e di imparare sorga nelle anime nuove, non riesce poi arduo gran fatto l'alimentare e meglio dirigere questa nobile fiamma; ma guai! se in principio inavvedutamente altri la spegne, in vece di nutrirla.
Migliori maestri trovò poscia in Modena il Muratori, di grammatica non tanto quanto di umane lettere, ed eziandio di filosofia; anzi quest'ultimo (cosa singolare allora in persona di chiostro), oltre al sistema peripatetico, gli spiegò i sistemi moderni; e se la filosofia neutoniana non era ancora a que' tempi uscita dall'isola natìa, già avea avuto molto prima l'Italia il Galilei ed il Torricelli, e del loro modo di filosofare (che sistema veruno non volle inventare saviamente il Galilei) convien dire che avesse avuta una idea da giovane il Muratori, da che dettò una dissertazione intorno allo innalzamento e depression del barometro, oltrepassando di poco il vigesimo anno. Vestito avea egli l'abito chericale, quando giovanetto per gli studii a Modena si portò. Suoi studii principali doveano essere le leggi civili e canoniche e la moral teologia; così pensava il padre di lui, costretto dalle angustie domestiche, come tanti altri, a riguardar la dottrina come un capo di entrata. La pratica perfino della giurisprudenza intraprese il Muratori; ma da quella professione, al pari di tanti altri uomini insigni nella letteratura, il genio suo dominante il ritrasse. La poesia da prima e l'eloquenza riempivano di delizia gl'istanti che poteva aver liberi; ma essendo a que' tempi in Lombardia comunemente corrotto il gusto delle lettere più amene, di quelle ampollosità che aveano voga, e di quelle argutezze egli s'invaghì tanto, che il nostro ampolloso e concettoso Tesauro era il suo maestro, il suo autore. Corresse però ben tosto il suo gusto, dopochè venne ammesso ad una letteraria conversazione, dove il marchese Giovanni Rangoni ed altri svegliati ingegni modenesi seguivano guide migliori. Ciò non ostante, se si riguarda bene, nel fraseggiare, anche più trascurato, del Muratori, restò un non so che dello stile del Tesauro, segnatamente ne' traslati.
Dalla lettura de' poeti e degli oratori passò a quella dei filosofi. Molto si compiacque di Seneca e di Epitteto, e la filosofia degli Stoici pigliò in concetto grande, sebben presto si avvedesse, come, senza la religione rivelata, quella orgogliosa dottrina è un albero pomposo, ma privo di solida radice, e che non produce frutti di vera sapienza. Lo studio delle massime degli Stoici il condusse alla lettura di Giusto Lipsio, gran partigiano di quella setta, e delle sentenze stoiche zelante promulgatore. E siccome è cosa consueta, che tutto si apprezza in quelle persone che si hanno per qualche rispetto in grande estimazione, passò il Muratori a studiare i libri, assai più pregevoli del Lipsio, riguardanti le antichità romane, e cominciò a dar opera indefessamente alla erudizione profana. Per inoltrarsi in essa vide però che gli mancavano e la copia di libri e il presidio della lingua greca. In una libreria di poveri claustrali trovò il giovane Muratori ciò che di rado o non mai si trova ne' palagi de' facoltosi, voglio dir libri in numero sufficiente e piena facoltà di valersene. Della greca lingua da sè stesso in breve tempo con ostinata fatica s'impadronì. Seguì questo in principio dell'anno 1693, ed a quei giorni maggior ventura gli toccò in sorte, cioè di rinvenire un direttore per gli studii suoi, di cui non potea desiderarne uno migliore, che lo iniziò alla diplomatica ed alle antichità del medio evo, e che a coltivare la sacra erudizione, propria al suo stato, principalmente lo animò. Fu questi l'abate cassinese Benedetto Bacchini, dottissimo personaggio, capitato allora in Modena, il Mabillon dell'Italia, che salito sarebbe ad egual fama, se avesse avuto, come il Mabillon, un più vasto teatro ed i favori di un potentissimo monarca; ma che però ebbe il vanto, che non potè avere il Mabillon, di esser padre, a dir così, nelle cose appartenenti alla soda erudizione, di due uomini sommi, il Muratori ed il Maffei. La storia ecclesiastica e gli ecclesiastici scrittori e i concilii ed i santi padri furono il nuovo pascolo che aprì il Bacchini alla mente avida del Muratori, che non lasciava passar giorno in cui lungamente non si trattenesse con lui, studiandosi di far tesoro di quanto ne' famigliari ragionamenti (la miglior disciplina di tutte) usciva dalla bocca di quell'uomo raro.
Già abbandonato avea egli gli studii delle leggi e della teologia scolastica, punto non curando, purchè soddisfar potesse al genio suo prepotente, que' premii che da chi le professa si ottengono, da' letterati non mai. Ma in questo mezzo avendo il Muratori fatto conoscenza col marchese Gian Gioseffo Orsi, coltissimo patrizio bolognese, e con monsignor Marsigli, poscia vescovo di Perugia, col mezzo loro ottenne di essere invitato dal conte Carlo Borromeo alla famosa biblioteca Ambrosiana di Milano. Singolare ventura fu questa per lui di venir collocato in età giovanile nella piena luce del giorno, aprendosegli in tal modo la strada di far quella luminosa comparsa che ognun sa nella letteraria repubblica; e que' gentiluomini fecero dono del Muratori all'Italia. Novella prova fu questa che per far fiorire le lettere assai più giova la coltura ed il buon giudicio ai privati, che non la potenza ed i tesori stessi de' principi. Laureato prima in leggi in fine dell'anno 1694, si recò adunque il Muratori in Milano in principio del susseguente, dottore dell'Ambrosiana, e prima che terminasse quell'anno medesimo fu ordinato sacerdote.
Gli aneddoti latini, colà due anni dopo pubblicati, (gli aneddoti greci videro la luce poscia in Padova) furono il primo saggio ch'ei diede del suo sapere, molti argomenti trattando di antichità cristiane, di disciplina e di erudizione ecclesiastica, in parecchie dissertazioni, con cui gli aneddoti suoi illustrò. Prima di venirsene a Milano, non poche cognizioni avea già acquistato egli appartenenti alla paleografia, facendone studio colla scorta del p. Bacchini sulle pergamene dell'archivio di Modena: e nell'Ambrosiana, ricca di rari e copiosi codici, vi si perfezionò. Grande fu la fama in cui salì il Muratori, giunto appena a toccare il vigesimo quinto anno, per questa prima opera sua; e si procacciò la benevolenza e la stima de' primi letterati, e principalmente di un Noris, di un Bianchini, di un Ciampini, di un Magliabechi in Italia; di un Mabillon, di un Ruinart, di un Montfaucon, di un Papebrochio oltremonti. Cinque anni interi si passarono da lui nell'Ambrosiana, quasi in proprio elemento, in mezzo a que' codici, facendo studio indefesso di erudizione sacra e profana, d'iscrizioni, di antichità, ed esercitandosi nel tradurre dal greco. Nè lasciava di attendere per sollievo agli studii delle lettere più gentili. Interveniva ad un'accademia, detta de' Faticosi, e ad un'altra di filosofia e di belle lettere, apertasi a suo suggerimento nella casa Borromeo; ed essendo passato ad altra vita in quella città nell'anno 1699 il Maggi, poeta di grido per que' tempi e suo grande amico, intraprese tosto il pietoso letterario ufficio di dettarne la vita, che nell'anno seguente 1700 si pubblicò, e con un idillio e con altri versi (chè poeta pur era allora il Muratori) ne celebrò la memoria.
Le ricerche genealogiche, che per parte dell'elettore di Annover si facevano, onde chiarire l'origine italica della Casa di Brunsvico, derivata dal comun ceppo della Estense, furono quelle che richiamarono il Muratori da Milano alla contrada sua natía. In somma confusione era l'archivio estense. Per riordinarlo, e per compiacere quel principe che avea spedito un letterato tedesco a visitarlo, il duca di Modena, Rinaldo I, nominò suo archivista e bibliotecario il Muratori. Lasciò egli tosto Milano e l'Ambrosiana, non senza però qualche rincrescimento; e si restituì, nel fine della state dell'anno 1700, in Modena ai servigii del suo amato principe: e rinunciando ad ogni più splendida fortuna, mai più abbandonar non volle, durante un intero mezzo secolo, che ancor visse, l'estense biblioteca, pago, come Plutarco, di essere l'ornamento della sua patria, mentre per tutta Italia chiaro suonava il suo nome.
La genealogia de' principi estensi occupò da prima i suoi pensieri; e le Antichità estensi, dotta opera e laboriosa, in cui, d'accordo col famoso tedesco Leibnizio, fissò l'origine di quella, prima in Italia, quindi in Germania ed Inghilterra, nobilissima famiglia, furono il frutto delle sue fatiche. Ma come i chimici valenti, che attenti sono oltremodo a prevalersi delle scoperte ed invenzioni che si presentano nel corso degli esperimenti loro, sebben non formassero l'oggetto principale, lo scopo delle loro ricerche, così il Muratori, dovendo rivoltare tanti diplomi e cronache e monumenti de' bassi-tempi, concepì il vasto disegno dell'unica e dottissima opera delle Antichità italiane del medio-evo, che rese il nome suo immortale, e che, secondo le prime idee, altro non avea ad essere se non una continuazione delle Antichità estensi, cui servir dovea di commento e quasi far loro corteggio.
Dallo studio incessante, a norma delle più sane regole di critica, posto intorno alla storia di que' principi, nacquero non solo quelle tante scritture in favor di essi per lo dominio di Ferrara e di Comacchio, nelle quali superiore di tanto si dimostrò al focoso suo avversario monsignor Fontanini, e mediante le quali si fece conoscere per uno de' più scienziati gius-pubblicisti; ma inoltre la gran raccolta da lui ordinata ed illustrata di tutti gli scrittori originali delle cose d'Italia per lo corso di mille anni; e finalmente gli Annali d'Italia, l'unico ed il miglior corpo che sinora si abbia della storia della nazion nostra, stesi da lui nella età di sessantasette anni nel breve spazio di un anno solo; cosa incredibile, se da testimoni oculari degni della maggior fede non venisse asseverata. Che se dettati sono in istile umile, pedestre, inelegante, come le altre opere sue italiane, non mancano però mai di chiarezza, di precisione, di naturalezza, e talvolta di vivacità, non senza una certa efficacia e festività, direi così, lombarda. Del resto, e chi mai esigere potrà in un colosso la squisitezza del lavoro di un cammeo?