Mentre per altro incominciava il Muratori a gittar i fondamenti dell'edificio immenso di cognizioni storiche che innalzar intendea, compose, quasi per sollievo e diporto, il suo trattato della Perfetta Poesia, in cui spiegò un sistema conforme ai pensamenti dell'oracolo dell'Inghilterra, Bacone da Verulamio, sistema più filosofico di quello che prima di lui da' sottili grammatici, e dopo di lui da Francesco Maria Zanotti e da altri, che han grido di filosofanti, vennero esposti alla luce del giorno. Se filosofico fu il trattato della Poetica del Muratori, poetico, a dir così, fu il disegno della Repubblica Letteraria, che pubblicò in fronte all'opera sua del Buon Gusto, o sia riflessioni sopra le scienze tutte; disegno concertato col dotto Bernardo Trevisano, che reggeva in Venezia quella cattedra di filosofia morale, che sempre occupata era da un veneto patrizio; e disegno con cui tenne lungamente e piacevolmente in sospeso la curiosità degli scienziati. Agli studi suoi di amene lettere riferir si debbono pure le Vite del Petrarca, del Castelvetro, del Sigonio, del Tassoni, del marchese Orsi, da lui in diversi tempi dettate. Ma qui non è il luogo di annoverar distintamente le opere tutte del modenese bibliotecario. Il solo catalogo, colle necessarie notizie bibliografiche, eccederebbe i confini a questa vita prescritti. Basterà il dire che la sua fecondità era tale, che due opere ad un tratto stava scrivendo per l'ordinario; e che temendo ancora non gli mancasse materia, chiedeva agli amici argomenti per comporne delle nuove. Alla erudizione sacra e profana, alle antichità romane e barbariche, alla critica, alla teologia, all'ascetica, alla giurisprudenza, alla filosofia, alla politica e perfino alla medicina, come il trattato del Governo della peste e la dissertazione De potu vini calidi ne fanno fede, a tutto rivolse le sue speculazioni e le sue fatiche.
L'erudizione sacra formò il primo oggetto de' suoi pensieri, e sempre, sino al termine de' suoi giorni, gli studii delle materie ecclesiastiche coltivò, congiungendoli coll'adempimento il più esatto ai doveri tutti del suo stato. Giovane sacerdote in Milano, in mezzo agli studii suoi più fervidi e più graditi, esemplarmente vi attendea. Fatto quindi in Modena preposto della Pomposa, con cura di anime, con vivo zelo e con amor grande le funzioni tutte del sacro suo ministero indefessamente esercitò, trovando ancora tempo, come già il celebre Pignoria, per le letterarie fatiche. Ma non contento di edificar coll'esempio e d'instruire colla voce il popolo suo, le virtù praticando che insegnava, s'ingegnò eziandio di giovare coi libri alla religione ed ai costumi. Non una persona sola, ma più persone e più anime, e tutte attivissime, operose, infiammate dell'amor de' suoi simili, pare che fossero nel Muratori concentrate. Se la vera filosofia consiste nel far del bene agli uomini, qual filosofo antico può venire in paragone con lui? Chè non parlo di coloro che negli ultimi tempi ne usurparono il nome, di tante sciagure infausta e mai sempre deplorabile cagione. Ascetico savio ed illuminato si mostrò egli (per toccar soltanto di alcuno di tali libri) negli esercizii spirituali; espertissimo conoscitore de' santi Padri, compreso del vero spirito della religione nel trattato della Carità cristiana, virtù che tutte perfeziona le cristiane virtù; maestro in divinità profondo nella dotta opera latina De ingeniorum moderatione in religionis negotio, opera in Italia non solo, ma in Germania ed in Francia eziandio riputatissima.
Ma il Muratori, avanzando in età, e già sessagenario, non potea più reggere alle parrocchiali fatiche, e specialmente alla predicazione. Rinunciata dunque la prepositura, attese a scrivere negli anni che ancora gli restarono. In lui si verificò il detto di Cicerone, nulla esservi di più dolce e giocondo di una vecchiaia munita degli studii della gioventù; e non solo gli Annali d'Italia sopraccennati, ma parecchie altre opere di genere disparatissimo furono il frutto degli anni suoi senili; che anzi in quel periodo di tempo videro la luce le opere sue maggiori, già preparate prima, come, per tacer degli ultimi volumi della gran raccolta delle Cose d'Italia, furono le dissertazioni famose delle Antichità italiane del medio-evo (negli ultimi suoi anni poi in lingua italiana compendiate), la seconda parte delle Antichità estensi, il nuovo Tesoro delle Iscrizioni, per non parlar di tante altre opere di minor mole, ma non meno rilevanti, parte filosofiche, come i trattati della morale Filosofia, delle Forze dell'intendimento umano e della Fantasia; le altre riguardanti le antichità profane, come la Dissertazione de' servi e liberti, dei fanciulli alimentari di Trajano, dell'obelisco di Campo Marzio, e parecchie appartenenti alla erudizione sacra e alle materie ecclesiastiche, studii, da' quali avea prese le mosse nella letteraria carriera, da lui mai intermessi, e con lui la terminò. Tali furono l'opera contro l'inglese Burnet, le Missioni del Paraguay, l'antica Liturgia romana, e l'aureo trattato della regolata Divozione. Nè straniero alle, sebben da lui abbandonate, legali dottrine, scrisse dei difetti della Giurisprudenza, opuscolo sensatissimo, il quale se riscontrò obbiezioni, trovò eziandio difensori presso i giurisprudenti medesimi; e col trattato della pubblica Felicità, vale a dire, della vera scienza di governo, che le scienze e le arti tutte dirige al vero bene degli uomini, opera che vide la luce nell'anno antecedente alla sua morte, pose degno ed onorato fastigio a tutte le letterarie sue fatiche.
Fu quel trattato, come disse il dottissimo cardinale Gerdil, la voce del cigno; ed aureo chiamandolo, giusti e meritati trova segnatamente gli encomii in quel sensato libro dal Muratori tributati ad un savio monarca, per avere nella università della capitale de' suoi stati aperto una cattedra di morale filosofia. Nè questo fu il solo provvedimento di quel principe lodato dal Muratori, che in quel medesimo libro per altri rispetti eziandio il celebra, e singolarmente per avere instituito peculiare carica in ciascuna provincia, che al pubblico vantaggio soprantendesse.
Riguardano la maggior parte degli uomini il Muratori semplicemente come critico, come istorico, come antiquario, come filologo ed erudito, e non credono che al vanto di filosofo aspirar possa. Ma se la vera, la utile filosofia consiste nel giudicar delle cose rettamente e nel buon senso (più raro che altri non creda), e nel difendere antiche ed importanti verità piuttosto che sostenere nuovi, ingegnosi, ma inutili e dannosi paradossi, pochi furono al certo più filosofi del Muratori. Combattè come teologo contro l'irragionevole voto sanguinario, contro le pratiche esteriori di religione vane od anche superstiziose, contro l'indiscreto zelo e la ignoranza e le stravaganze divote; ed il dotto suo libro De ingeniorum moderatione, ec. se piacque a' savii tutti, spiacque (il che ascriversi dee a distinto pregio) a quelli del pari che troppo poco, come a quelli che troppo al Capo visibile della Chiesa concedono. Che se ne' libri suoi filosofici ex professo avverso si mostrò al Loke ed all'Uezio, se gliene vuol dar lode piuttosto che biasimo. Al primo si mostrarono pure contrari il celebre Paolo Mattia Doria, ed altri chiari ingegni italiani: nè ebbe seguaci in Italia prima del fiorentino medico Antonio Cocchi, non sempre religiosissimo. Di fatto, la filosofia lokiana, come dimostrò poscia dottamente il prefato cardinal Gerdil, troppo al materialismo inchina, come allo scetticismo quella postuma dell'Uezio. Persino nelle materie mediche, se vi fu chi la opinion sua sulla origine delle pestilenze disapprovò, l'insigne professore di medicina in Torino, Carlo Richa, ne prese la difesa. Le matematiche discipline soltanto furono quelle, a cui, come que' due lumi primari della letteratura francese, il Bossuet ed il Fenelon, non volle mai applicare il Muratori, sia che temesse d'insuperbire, quando alle altre vaste sue cognizioni aggiunto avesse la parte più astrusa e recondita dell'umano sapere, sia che stimasse essere quegli studii incompatibili collo studio di altre facoltà da lui riputate più vantaggiose.
Compiuto egli avea intanto il settuagesimo settimo anno del viver suo, quando un fiero colpo di paralisia gli tolse prima la luce degli occhi, e quindi la vita nel giorno vigesimoterzo di gennaio dell'anno 1750. Placidamente riposò nel Signore tra le braccia del nipote ecclesiastico, dopo compiti tutti gli uffizi e ricevuti tutti i soccorsi della cristiana pietà. Fu il Muratori di statura ordinaria, ma quadrata, e che inclinava al pingue, di faccia colorita, di aspetto misto di gravità e di dolcezza; nel conversare affabile, cortese ed anche gioviale; a lui piaceva la gioventù onestamente lieta. Del rimanente candido, sincero, modesto, frugale, di singolare prudenza dotato, alle morali congiungea le cristiane virtù. Invitato a Padova in modo onorevolissimo, ed a Torino con offerta di pingue stipendio e con tutti gli agi dal marchese di Ormea, mai non volle abbandonar la sua patria ed il servizio del principe suo signore, a cui sagrificò sempre ogni privato suo vantaggio. Di fatto amico di quell'anima ingenua e generosa di papa Benedetto XIV sin prima del pontificato, credesi che per gl'insigni meriti suoi verso la religione cattolica e per l'esemplarità de' costumi lo avrebbe fregiato della sacra porpora, se non avesse temuto di recar dispiacere alla corte per le cose dal Muratori scritte nelle controversie di Ferrara e Comacchio. Non mancò di coraggio, dote non sempre famigliare agli uomini di lettere. Minacciato della vita con lettera anonima, se non ritrattava certe espressioni che credette di dover adoperare parlando di una contrada armigera, consegnò senza turbarsene il foglio alle fiamme, nè se ne pigliò il menomo pensiero. Da Modena manteneva corrispondenza il Muratori con tutti i primi letterati d'Italia, e ne coltivò l'amicizia, e tra gli altri amico fu infino agli estremi della vita del celebre marchese Scipione Maffei, non ostante alcuni dispareri in punto di erudizione. Bello si è negli ultimi giorni in cui visse il Muratori, vedere il Maffei, quasi eguale di età, protestargli di averlo sempre riputato il primo onore d'Italia; ed il Muratori vicendevolmente pregare il cielo che conservasse il Maffei, come il campione più vigoroso e più coraggioso della italiana letteratura.