Il pericolo temuto non era però senza qualche speranza di rimedio pel Papa. Il Savonarola era certo un oratore rozzo, ma potente; aveva un'attività prodigiosa; scriveva un numero grandissimo di opere, di opuscoli, di lettere; non si fermava mai; predicava ogni giorno, più volte al giorno, in diverse chiese; il suo amore pel bene era grande; il suo religioso entusiasmo ardentissimo; la sua autorità immensa. Pure, noi lo abbiamo già notato, egli non era in tutto uomo del suo tempo; la sua cultura era in parte scolastica, e il suo entusiasmo arrivava spesso fino quasi al fanatismo; aveva visioni e si credeva profeta; qualche volta anche gli pareva che il Signore, per mezzo di lui, volesse operare miracoli. Amava ardentemente la libertà; ma era pur sempre un frate, che la cercava come mezzo a promuovere la riforma religiosa; non di rado pareva che volesse proprio ridurre Firenze ad un convento, il che doveva a molti sembrare una puerile illusione. Egli era circondato da artisti e da eruditi, sui quali aveva come sul popolo e sugli uomini politici un ascendente straordinario; ma se amava la cultura e promoveva le arti, era pure acerrimo nemico di quello spirito pagano che allora invadeva e, secondo lui, corrompeva tutto. Tra i suoi frati, come tra i suoi seguaci fuori del convento, si trovavano uomini di nobile carattere e di grande energia; ma non mancavano neppure spiriti deboli e superstiziosi, che esageravano le idee del maestro, il quale non era senza esagerazioni egli stesso. L'immenso potere da lui acquistato in Firenze pei savi consigli politici che aveva dati, per le nobilissime doti del suo animo, per la sua irresistibile eloquenza, veniva cresciuto più dalla maraviglia che recava la singolarità del suo carattere, che dall'essere egli riuscito a risvegliare in Firenze un vero ardore religioso, il che non era invece avvenuto. Questo era anzi il punto su cui il Savonarola s'illudeva assai, e non s'avvedeva perciò che, in parte almeno, egli fabbricava sull'arena: voleva il governo libero per promuovere la riforma religiosa, ed i Fiorentini accettavano la riforma religiosa, solo per meglio rafforzare il libero governo. La base del suo potere era quindi meno solida di quel che pareva, e non dovevano al Papa mancar modi di formare o di alimentare i partiti avversi.
Un buon numero di giovani amanti del lieto vivere, già tanto favorito dai Medici, ed ora così aspramente biasimato e combattuto dal Frate, si raccolsero pigliando nome di Compagnacci, combattendo, col ridicolo e con ogni arte, lui e i suoi amici, che chiamavano Piagnoni, Frateschi e simili. Tutto questo fece sì che nel 1497, da un lato si tentò di ripristinare l'antico carnevale mediceo co' suoi baccanali e le sue oscenità; dall'altro, invece, per opera del Savonarola e de' suoi seguaci, i fanciulli giravano le vie e le case di Firenze, cercando le vanità, o sia libri, scritture, disegni e statue oscene, abiti e maschere carnovalesche. Il 7 febbraio, ultimo giorno di carnovale, fu fatta una solenne processione, la quale ebbe fine col famoso bruciamento delle vanità, raccolte in Piazza della Signoria, sopra gli scalini d'una grande piramide di legno, a tal'uopo costruita. Come è ben naturale, tutto ciò fu soggetto di molte accuse e di ridicolo da parte dei Compagnacci, quantunque i magistrati stessi avessero non solo permessa, ma quasi diretta la singolare solennità, affinchè procedesse ordinata e dignitosa. I Compagnacci biasimavano aspramente che il governo s'andasse mescolando di processioni fratesche. E ad essi s'univano poi gli Arrabbiati, i quali volevano un governo più ristretto di Ottimati, ed i Bigi, chiamati così perchè non osavano manifestare il loro segreto pensiero, che era di tornare ad una pura e semplice restaurazione medicea. Ma tutto ciò non bastava ancora a mettere in pericolo nè la Repubblica, nè il Savonarola. I Compagnacci non erano un partito politico; gli Ottimati avevano poco séguito in Firenze, stata sempre città popolare; i Bigi, con aderenze potenti in città e fuori, avevano in Piero de' Medici un capo così odiato e disprezzato, da non poter esser desiderato da molti. Un primo tentativo da lui fatto, per rientrare in Firenze, dove si lusingava di trovar grandissimo favore, riuscì solo a fargli con disprezzo chiudere le porte in faccia. Una congiura tentata allo stesso effetto da Bernardo del Nero e da altri, finì con la loro condanna a morte.
Questo è ciò che formava uno stato di cose, in cui Alessandro VI facilmente poteva trovare quell'occasione di vendetta, che con tanto ardore cercava da un pezzo. Il Savonarola ogni giorno lanciava nuove accuse contro gli scandali di Roma, accennava sempre più apertamente alla necessaria riunione del Concilio, alludeva dal pergamo alle oscenità ed ai delitti del Papa. Invitato più volte a tacere, aveva invece parlato più forte. Giunse finalmente una scomunica contro di lui, ed egli la dichiarò nulla, aggiungendo che parlava in nome di Dio, ed era pronto a sostenere la propria innocenza al cospetto del mondo; rinunziava però a convincere Alessandro VI, il quale, eletto simoniacamente, autore di tanti scandali e delitti, non poteva dirsi vero Papa. Era allora seguìta l'uccisione del duca di Gandia; correvano per tutto le voci d'incesto tra il Papa e la figlia Lucrezia; il Savonarola s'era esaltato per modo che non sapeva, nè voleva più frenarsi. Indirizzò lettere ai principi d'Europa, incitandoli a radunare un Concilio, per salvare da totale rovina la Chiesa, la quale, come egli avrebbe pubblicamente dimostrato, era senza capo vero e legittimo. Una di queste lettere venne sfortunatamente nelle mani di Alessandro VI. S'aggiunse poi che Carlo VIII, il quale pareva pentito de' suoi peccati, e deciso a metter mano alla riforma consigliata dal Savonarola, che vedeva in lui appunto il suo più valido sostegno, morì improvvisamente nei primi mesi del 1498. E quantunque ciò ancora non fosse noto in Italia, pure si vedeva già che tutto cospirava ai danni del povero Frate. Fu questo il momento in cui inaspettatamente si presentò al Papa un'occasione favorevole, che egli colse senza punto esitare.
La Signoria in ufficio era avversa al Savonarola; gli Arrabbiati ed i Compagnacci erano audacissimi per i continui incoraggiamenti che ricevevano di fuori; i Bigi erano pronti sempre a tutto ciò che poteva riuscire in danno della Repubblica; perfino alcuni dei Piagnoni erano impensieriti della fiera lotta col Papa, quando seguì un fatto stranissimo, di cui nessuno avrebbe potuto mai prevedere le gravi conseguenze. Un frate francescano, chiamato Francesco di Puglia, predicando in Santa Croce aspramente contro il Savonarola, venne fuori con la dichiarazione che era pronto ad entrare nel fuoco con lui, per provargli la falsità delle dottrine che sosteneva. Al Savonarola la cosa parve assai strana, e si tacque: ma non fu così del suo discepolo frate Domenico Buonvicini da Pescia. Uomo di poca testa, ma d'una grande energia e buona fede, d'uno zelo ardentissimo, accettò la sfida, e si dichiarò senz'altro prontissimo a tentare l'esperimento del fuoco, per provare la verità delle dottrine sostenute dal suo maestro. Francesco di Puglia rispose, che aveva sfidato il Savonarola, e con lui solamente sarebbe entrato nel fuoco; ma con fra Domenico Buonvicini da Pescia si sarebbe provato invece Giuliano Rondinelli, anch'egli francescano. La cosa sfortunatamente andò innanzi, ed al Savonarola non riuscì di fermarla, quantunque lo tentasse, perchè fra Domenico era già caduto nella rete che gli avevano tesa, e perchè egli stesso non sembrava punto alieno dal prestar fede alla buona riuscita dell'esperimento, convinto com'era d'essere mandato da Dio, e da lui ispirato nel predicare le dottrine che venivano ora combattute. Gli Arrabbiati e i Compagnacci spingevano a tutta possa, perchè speravano di poter seppellire i Piagnoni nel ridicolo, e uccidere il Savonarola nel tumulto che apparecchiavano. Teneva loro mano la Signoria stessa, che si trovava allora in segreti accordi con Roma.
In conseguenza di tutto ciò lo stranissimo esperimento, che nel secolo XV era un vero e proprio anacronismo, fu fissato pel giorno 7 aprile 1498. All'ora indicata i frati vennero nella Piazza, davanti al Palazzo, dove tutto era stato dalla Signoria ordinato, e dove un popolo immenso era impaziente di vedere uno spettacolo che ricordava il Medio Evo. Il Savonarola, persuaso anch'egli che lo zelo impaziente di fra Domenico, contro cui aveva invano resistito, fosse veramente ispirato da Dio, aveva consentito a dirigere i suoi frati. Quando però tutto era pronto da parte loro, e fra Domenico da Pescia aspettava il segnale per muoversi, i Francescani, i quali avevano mirato solo a tendere una rete agli avversarî, esitavano, ed il Rondinelli non pareva che avesse nessuna voglia di cimentarsi. Si cercarono mille pretesti per far nascere un tumulto desiderato, ma invano, perchè l'ardita figura di fra Domenico era lì, sempre pronta a muoversi, e questo contegno disarmava ogni avversario. Se non che, le continue dispute e i nuovi pretesti dei Francescani fecero consumare il giorno, e finalmente una pioggia improvvisa e dirotta diè modo alla Signoria, già scoraggiata, di dichiarare che l'esperimento non poteva ormai più farsi.
Secondo ogni ragione, la disfatta doveva essere dei nemici del Savonarola; ma accadde invece il contrario. Il popolo era scontentissimo di non aver avuto il desiderato spettacolo, e molti ne davano la colpa al Savonarola, dicendo che se veramente fosse stato persuaso del suo lume divino, sarebbe, senza altre discussioni, egli stesso, anche solo, entrato nel fuoco, il che avrebbe d'un tratto e per sempre fatto tacere gli avversari. I suoi seguaci erano in buona parte o fanatici credenti, o uomini politici che vedevano in lui solamente il sostenitore del libero reggimento. I primi restarono addolorati che l'esperimento non si fosse fatto, i secondi deploravano che egli vi avesse consentito, e così lo scontento parve a un tratto universale. Allora riuscì agevole agli Arrabbiati ed ai Compagnacci, secondati dai Bigi, aiutati dalla Signoria, sollevare un vero e proprio tumulto contro i Piagnoni, alcuni dei quali vennero infatti ammazzati o feriti per le vie, gli altri furono per ogni dove insultati, inseguiti. Cominciata una volta la reazione, s'andò, armata mano, ad assaltare addirittura il convento di San Marco, che, dopo la gagliarda resistenza d'alcuni frati e di pochi amici ivi radunati, fu preso. Il Savonarola, fra Domenico, che mai non lo lasciò, e fra Salvestro Maruffi, altro de' suoi più noti seguaci, ma superstizioso e di carattere debolissimo, vennero condotti in prigione, e s'iniziò subito il processo.
Il Papa voleva ad ogni costo aver nelle mani il Frate, e faceva perciò grandi promesse; ma la Signoria, sebbene composta d'Arrabbiati dispostissimi a consentirne la morte, non volle, per la dignità della Repubblica, permettere che il processo si facesse altrove. Lo fece però a Firenze secondo le istruzioni e gli ordini venuti da Roma. Si adoperò ripetutamente la tortura, ed al Savonarola si strapparono confessioni nel delirio del dolore. Ma sebbene in quello stato egli non fosse più padrone di sè, e non avesse più la forza di sostenere che la sua dottrina e la sua opera erano ispirate da Dio, pure negò recisamente d'aver mai avuto un fine personale, o d'essere stato di mala fede; confermò anzi d'aver solo e sempre operato pel pubblico bene. A tutto questo s'aggiunse, che se fra Salvestro, debolissimo e vanissimo sempre, rinnegò il maestro, e disse tutto quello che gli vollero far dire, fra Domenico, invece, sprezzando le minacce e la tortura, restò uguale a sè stesso, riconfermando coraggiosamente l'indomita fede nel suo maestro. Si ricorse quindi all'antico e facile espediente d'alterare, nel miglior modo che si poteva, anche le confessioni strappate colla tortura, senza tuttavia riuscire, neppure con questo artifizio, a trovare giusta materia di condanna. E intanto il Papa minacciava ferocemente da Roma, perchè o gli dessero in mano i tre frati, che avrebbe egli pensato al resto, o li mettessero subito a morte. Nè la Signoria voleva o poteva ormai più tornare indietro. Siccome però due mesi erano già trascorsi, ed essa doveva quindi, secondo le leggi fiorentine, uscire d'uffizio, così s'occupò solo a fare in maniera che le nuove elezioni risultassero favorevoli agli Arrabbiati, il che ottenne facilmente. E i nuovi eletti convennero subito col Papa, che egli avrebbe inviato a Firenze due commissarî apostolici, per condurre a termine il processo, e trovar materia di condanna capitale, specialmente in ciò che si riferiva all'accusa d'eresia. Il Savonarola intanto, lasciato qualche tempo tranquillo in carcere, aveva scritto altri opuscoli religiosi, nei quali, riconfermando le sue dottrine, dichiaravasi nuovamente in tutto e per tutto cattolico fedelissimo ed incrollabile, quale era sempre stato. Ma ciò non voleva dir nulla, la sua morte era stata irremissibilmente decisa.
Il 19 maggio arrivarono i due commissarî apostolici, con ordine di condannarlo, fosse pure un San Giovanni Battista. Essi lo processarono e torturarono da capo più fieramente; e quantunque egli, indebolito com'era, resistesse al dolore anche meglio di prima, e non si potesse quindi trovare alcun giusto pretesto di condanna, pure, senza esitare, sentenziarono a morte lui ed i suoi compagni, e li consegnarono al braccio secolare, non usando indulgenza neanco al Maruffi, che aveva vilmente calunniato, rinnegato il maestro, ed affermato tutto quello che avevano voluto. — Un frataccio di più o di meno poco monta, — così essi esclamarono. Ed in verità non era per loro prudente salvare la vita d'un uomo così debole e vano, che avrebbe potuto, anche senza volerlo, rivelare la falsificazione dei processi. Il giorno 23 maggio 1498 si vide in Piazza della Signoria costruito un lungo palco, alla estremità del quale sorgeva una gran croce, alle cui braccia furono impiccati i tre frati, il Savonarola nel mezzo, gli altri due dai lati. Quando essi furono spirati, i loro cadaveri vennero subito bruciati, e le loro ceneri gettate in Arno, in mezzo a una folla di monelli che applaudivano.
In tutto questo dramma v'era stato qualche cosa di eroico, e qualche cosa d'effimero. Eroici erano stati la fede, l'amore del bene universale, l'abnegazione del Savonarola; grande la sua eloquenza, il suo senno politico; effimero era stato invece lo zelo religioso che egli credette aver destato nel popolo fiorentino. Questo s'era esaltato solo per l'amore della libertà, ed aveva ascoltato con entusiasmo la parola religiosa del Frate fino a che essa aveva dato forza al governo popolare. Ma appena vide in lui un pericolo per la Repubblica, senza molto esitare lo abbandonò al Papa. Ed invero, quando il povero Frate cessò di respirare, parve un momento che i pericoli da ogni parte minacciati al governo da lui fondato, scomparissero del tutto. Gli alleati non parlavano più di voler rimettere Piero de' Medici; il Papa, contentissimo, mandava elogi e dava speranze; il Valentino non minacciava più d'invadere la Toscana, e Firenze credette perciò di potersi occupare solo della guerra contro Pisa, senza pensare ad altro. Pur troppo non andò molto e si vide che queste erano speranze vane, che ben altro ci voleva a saziare la inestinguibile avidità dei Borgia. Ma non v'era allora più rimedio. Bisognò invano pentirsi d'aver soffocato una voce che aveva sempre sostenuto la libertà; di avere spento ingiustamente, iniquamente un uomo che tanto bene aveva fatto e poteva ancora fare allo Stato, alla morale, alla religione. La sua morte lo rese per molti un santo ed un martire, e per più di un secolo gli mantenne in Firenze ammiratori ed adoratori, i quali nei nuovi pericoli della patria si dimostrarono degni seguaci del loro maestro, illustrando con eroismo la fine della Repubblica. Comunque sia di ciò, nel maggio del 1498 gli Arrabbiati avevano trionfato; ma non osarono per questo di mutar la forma di governo consigliata dal Savonarola, la quale fu invece consolidata. I Piagnoni continuarono tuttavia ad essere perseguitati, e molti di essi vennero cacciati dagli uffici, nei quali entrarono i loro avversarî più dichiarati. In questo momento appunto comparisce sulla scena, ed ottiene ufficio politico un uomo che fu certo più grande del Savonarola, ma di una grandezza assai diversa. Di lui dobbiamo ora esclusivamente occuparci.