Ma non trascorsero molti anni, che furono in Napoli portate l'opere di Renato des Cartes, e narrasi, che Tommaso Cornelio, famoso medico e filosofo di que' tempi fosse stato il primo ad introdurvele. Si diedero perciò i giovani, e spezialmente i Medici, a studiarle, e in poco tempo abbandonata la filosofia di Epicuro, s'appigliarono a quella di Renato; e coloro che prima erano Gassendisti, divennero a lungo andare fieri ed ostinati Renatisti.

Il vedersi per questi nuovi studj non solo abbandonate le Scuole de' Monaci: ma essi derisi per le tante fole che insegnavano, si cagionò un odio implacabile dei Frati contro a novelli filosofanti, a' quali imputavano perciò molti errori di Religione, cavillando ogni loro proposizione, e trattandoli da miscredenti.

Tanto bastò agl'Inquisitori di Roma, perchè ripigliassero le loro armi, e di nuovo tentassero d'introdurre in Napoli Commessarj del S. Ufficio per invigilare sopra gli andamenti di costoro. E non pur lo tentarono, ma svelatamente vi stabilirono un loro Inquisitore, il quale riceveva le denuncie, imprigionava, e quel ch'era più teneva in S. Domenico maggiore suo proprio carcere. Era costui Monsignor Gilberto Vescovo della Cava, il quale esercitava quest'ufficio con processi occulti e con tanto rigore e petulanza, che sovente costringeva molti con loro ignominia ad abjurare, solo perchè sostenevano opinioni filosofiche contrarie a quelle delle Scuole, ancorchè in quelle niun difetto di miscredenza si potesse notare; di che spesso sentivansi in Napoli, querele e disordini.

Mossi da ciò i Deputati del S. Ufficio ebbero ricorso al Conte di San Stefano, che allora si trovava Vicerè, al quale avendo esposti i desiderj della città determinata di non voler Inquisitore alcuno, ancor che con limitata facoltà, ma che nel Regno i Negozj di religione dovessero trattarsi per le vie ordinarie da' suoi Vescovi, gli fecero istanza, che il Vescovo della Cava prestamente uscisse dalla città e dal Regno, si togliesse la prigione che teneva in S. Domenico, ed i carcerati si trasportassero nelle carceri dell'Arcivescovo di Napoli, per doverli colui punire secondo il prescritto de' Canoni, e con via ordinaria. Il Vicerè avendo proposto l'affare nel Collateral Consiglio, con accordo del medesimo, ordinò, che uscisse tosto da Napoli e dal Regno l'Inquisitore, s'abolissero le carceri in S. Domenico, ed i carcerati si trasportassero in quelle dell'Arcivescovo, siccome fu eseguito; di che il Conte con suo particolar biglietto[78], spedito a' 27 di settembre dell'anno 1691, ne diede avviso agli Eletti, perchè la città rimanesse consolata della risoluzione presa conforme a' suoi desiderj.

Rappresentò ancora il Conte al Re Carlo II tutto ciò, ed il Re con sua real carta spedita da Madrid sotto li 25 Marzo del seguente anno 1692, non solo approvò tutto l'operato, ma ordinò ancora, che per l'avvenire s'osservassero inviolabilmente li privilegi sopra ciò conceduti alla città e Regno da' suoi predecessori; e che si passassero ufficj col Cardinal Arcivescovo di Napoli, che prendesse egli la conoscenza delle cause di que' carcerati; e che il Nunzio non si intromettesse affatto nelle cause d'Inquisizione; e per via del medesimo (siccome anche egli avea ordinato al Duca di Medina Celi suo Ambasciadore in Roma, che lo facesse) si facesse sentire al Pontefice, con renderlo certo, che la repugnanza di non ammettere Inquisitore alcuno in Napoli, era di tutta la città, non già d'alcuni particolari, siccome gli Ecclesiastici l'aveano dato a sentire[79].

Parimente essendosi per opera degl'Inquisitori di Roma fatti carcerare in Madrid due Napoletani, il Dottor Basilio Giannelli e Gio. Battista Menuzio, e correndo lo stesso pericolo Francesco Sernicola Inviato della città alla Corte, ebbero ricorso i Deputati del S. Ufficio al Re, rappresentandogli il gran rammarico di tutta la città per questo modo di procedere dell'Inquisizione di Roma, e pregandolo della loro scarcerazione. Ed il Re clementissimamente spedì altra sua regal carta sotto li 27 dello stesso mese, diretta al Conte di S. Stefano Vicerè, colla quale ratificando ciò che nella precedente avea comandato, consolò questo Pubblico avvisando, come il Menuzio era già libero, e che per ciò che riguardava la persona del Giannelli, avea già fatti passare con l'Inquisitor Generale premurosi ufficj, che senza dilazione lo scarcerasse, siccome fu poco da poi eseguito[80].

Ma tante risolute repulse, tanti pressanti e vigorosi ordini de' nostri Re, e la cotanta vigilanza de' Deputati nè meno bastò per far quetare gl'Inquisitori Romani. Essi non valendo loro più il procedere, come prima, alla svelata, con occulte e sottili invenzioni tentarono nuovi modi. Fecero nell'anno 1695 pubblicare un Editto in Roma, nel quale, secondo il procedere di quel Tribunale, si prescrivevano a' Vescovi ed Inquisitori varj regolamenti, come dovessero esercitare il lor Ufficio; e poichè riputano, che a' loro Editti, in tutta la Repubblica Cristiana, non vi sia bisogno di Placito Regio, ma che basti la pubblicazione fatta in Roma, per obbligar tutti; perciò occultamente tentarono, che tal Editto senza il Regio exequatur si pubblicasse in una Diocesi del Regno.

Parimente trovarono espediente di mandar le loro Commessioni agl'istessi Vescovi, imponendo loro che procedessero non come Ordinarj, ma come loro Delegati; e di vantaggio negli stessi Tribunali de' Vescovi vi creavano Ufficiali loro dipendenti con commessioni del S. Ufficio, valendosi per lo più di Frati e di Monaci.

Bisognò per tanto, che s'avesse nuovo ricorso al Re per estinguerne ogni vestigio e reliquia. L'opera fu cominciata nel Regno di Carlo II, ma ebbe il suo perfetto compimento nel Regno del nostro Augustissimo Imperadore Carlo VI. Sin da che entrarono nel Regno le sue felicissime armi, la città, come d'un affare importantissimo, lo tenne sollecito, perchè affatto spegnesse fra noi ogni vestigio d'Inquisizione.

Per far argine al primo inconveniente, spedì una sua regal carta da Barcellona a' 27 agosto nel 1709, drizzata al Cardinal Grimani Vicerè, per la quale colla maggior precisione e premura espressamente comandò, che non si desse esecuzione alcuna a qualunque Bolla, Breve, o altra Provisione che venisse da Roma, concernente affari d'Inquisizione, o che avessero la minima, anzi la più remota connessione, con l'idea d'introdurla nel Regno[81].