Un pettegolezzo letterario, a cui questa coalizione d'interessi aveva saputo dare le proporzioni d'una congiura, complicava la situazione e accresceva gl'imbarazzi del Vice-presidente. Da Parigi venivano ordini fulminanti, richieste di processi contro Cicognara, contro Magenta, contro Teuliè, per alcune poesie d'un capitano Ceroni, che affettava ostilità giacobine contro il governo del Primo Console. Il quale s'avviava già, per insensibile pendio, su quello sdrucciolo di despotismo violento, in fondo al quale doveva pochi anni dopo trovare la fine della sua grandezza. Scriveva al Melzi, ordinandogli di sfrattare dallo Stato una dama milanese, la signora Fossati, perchè teneva circolo serale di elementi non favorevoli al regime francese. E per queste minutaglie politiche si accalorava tanto da scrivere: “la faiblesse du Gouvernement à Milan passe tout ce qu'il est possible de concevoir.„
Melzi resistette a queste molteplici bufere con severa e tranquilla dignità. “Le général Murat„ scriveva al Primo Console “a couvert de son nom cette trame odieuse„, e se ne appellava alla stessa sorella di Bonaparte, Carolina Murat, donna di maggior senno e di maggiore energia del marito.
Degli intriganti parigini scriveva col più grande disdegno e si meravigliava che presso le alte influenze del Governo avesse “le plus grand jeu la faction de l'ancien gouvernement qui est celle des voleurs.„
Circa le violenze poi che Bonaparte imponeva o consigliava contro avversarj politici, rispondeva: “je crois fermement qu'il y aurait de la folie à combattre les folies, les erreurs, les passions des hommes par la force, car la force leur donne un caractère extrêmement plus dangereux par la réaction qu'elle provoque. Je crois également qu'il est juste et nécessaire de punir les actes ou faits qui portent un caractère criminel. Toute ma conduite a été réglée sur cette distinction.„
Non vi pare di veder qui riassunta con linguaggio preciso e liberale, fin dal 1802, quella famosa teoria del prevenire e del reprimere, che alcune ingenuità dottrinarie considerano come un trovato di tempi così recenti?
Il Melzi chiudeva finalmente le sue corrispondenze, respingendo alteramente qualunque sospetto intorno alla sua lealtà, ed offrendo, come un primo ministro odierno, le sue dimissioni. “Comme il serait aussi injuste qu'absurde d'accuser ma loyauté, ainsi il serait au-dessous de moi de descendre à la justifier.... J'avais pu sacrifier mon existence et mon repos au bonheur de ma patrie; mais je n'ai ni le courage ni l'envie de sacrifier mon bonheur à de viles intrigues.„
Bonaparte, reso ai sentimenti nobili e giusti da questa fiera dignità dell'amico suo, gli diede intera soddisfazione sopra ogni argomento. Cacciò da Parigi il Sommariva e i complici suoi, scrisse a Murat, biasimando la sua ostilità contro Melzi e dicendogli: “vivez bien avec lui.„ Al Cicognara, al Magenta, al Teuliè restituì, dopo poco tempo, libertà ed onori. Non accettò naturalmente le dimissioni offertegli, dicendogli anzi: “il est impossible qu'avec la confiance que je vous accorde, vous éprouviez aucune tracasserie.„ E, avendogli anche più tardi, sotto un altro accesso di stanchezza e di gotta, ridomandate il Melzi le sue dimissioni, Bonaparte gli rispondeva con una delle sue frasi sovrane: “vous êtes engagé dans la lice; il faut désormais que vous mouriez au milieu des hommes et des embarras du gouvernement des nations.„
Di questa tempra alta e veramente liberale del Melzi si potrebbe trovare la traccia in ognuna delle sue lettere, in ognuna delle sue disposizioni di governo. Era un ingegno equilibrato e coerente, che non aveva nessun pregiudizio di tempi e in parecchie cose preludeva a progressi futuri.
Quando riordinò l'Università di Bologna, nominò alla cattedra di lingua e letteratura greca una colta signora, Clotilde Tambroni. Costituì vigorosamente il servizio pubblico dell'innesto del vajuolo, disciplina ancora così discussa e così timidamente accettata, che Lorenzo d'Orlando scriveva qualche anno prima al conte Giberto Borromeo: “Mi rallegro con V. E. dell'esito felice d'una operazione tanto pericolosa come è l'innesto del vajuolo.„
Sollecito di cultura pubblica, incoraggiava di sussidj e di commissioni Ugo Foscolo, Francesco Soave, Andrea Appiani, Canova. Ordinò l'Esposizione annuale periodica di Brera; stabilì dodici pensioni pei giovani artisti che si recavano a Roma; destinava fondi dello Stato a incoraggiare la grandiosa pubblicazione dei Classici Italiani; sussidiava del proprio una splendida edizione dei celebri scritti militari del bolognese Francesco Marchi.