Delle grandi necessità politiche poi aveva un sentimento alto e sicuro. Patrocinava in ogni occasione l'ingrandimento territoriale della Repubblica, la cui mostruosa conformazione, prima dell'annessione del Veneto, diceva fonte di gravi danni e pericoli. Agli ordinamenti militari poneva tutto il suo zelo, e fin dalla prima riunione del Corpo Legislativo, aveva scritto nel suo Messaggio, con intonazione affatto napoleonica: “Poichè le armate d'Europa riappresero il cammino d'Italia, è pur forza sovvenirvi che a' suoi soldati apprese l'Italia un giorno le vie del mondo.„
Dopo tre anni di un'amministrazione governata con tanta prudenza e tanto affetto, ecco un nuovo turbine che scende dalle Alpi, l'Impero.
Un giorno, Francesco Melzi è invitato a recarsi senza indugio a Parigi dal Primo Console Presidente. La novità della richiesta fa presagire gravissimo abboccamento. Parte, lasciando il governo al Gran Giudice, colla raccomandazione di consultare negli affari importanti il Moscati e il Guicciardi. Giunge a Parigi a tarda notte, è subito condotto alla presenza del Console, e rimangono quattro ore in segreto colloquio. Quando ne usciva, la nuova rivoluzione politica era stabilita, la Repubblica Italiana diventava il Regno d'Italia, Napoleone I cingeva la sua corona e nominava Vicerè il suo figlio adottivo, il colonnello Eugenio Beauharnais.
È la terza fase del periodo italiano che ora incomincia: fase che ha usurpato, nella tradizione storica, tutta la gratitudine dovuta all'intero periodo, soltanto per quella fatale preferenza che l'uomo accorda sulle felicità oneste e tranquille alle glorie tragiche ed alle romorose sventure.
Nulla si mutava in apparenza, tranne i nomi, gli spettacoli e le uniformi; in realtà, delle due basi fondamentali su cui fino allora il governo s'era fondato, la saviezza e l'energia, la prima cominciava ad affondarsi, e la seconda, abbandonata dalla sua compagna, assumeva sempre più uno solo degli aspetti sotto cui suole presentarsi, quello della violenza.
Ad un uomo, invecchiato negli affari e nelle difficoltà politiche, come Francesco Melzi, succedeva un giovane di 23 anni, inesperto degli uomini, voglioso di piaceri e di gloria, che, soverchiato dalla immensa grandezza del genitore, non si permetteva di discutere il menomo dei cenni suoi.
Giacchè questa fu veramente la differenza caratteristica fra la Repubblica e il Regno. Nella prima, agli ordini impensati, talvolta impetuosi del Presidente era efficace correttivo la prudente fermezza del Vice-presidente; nel secondo, le volontà imperiose e precipitose del Re erano aggravate dalla leggerezza e dalla inesperienza del Vicerè. L'equilibrio era rotto fra l'autorità lontana e la saviezza vicina; questa spariva, quella cresceva; e gli eccessi napoleonici, spintisi, per la rottura dei freni, alla ricerca dell'universale e dell'impossibile, preparavano sordamente la riscossa dell'odio nelle popolazioni balestrate da così mobile tirannia.
Napoleone, divenuto imperatore, scese due volte ancora dalle Alpi a Milano; ma egli pure aveva subito la sua terza trasformazione. Non era più il generale Bonaparte, vivace, entusiasta, colla patria sul labbro e l'amore nel cuore; non era più il Primo Console, pensoso, gentile, prudente nel parlare e savio nell'operare; era un uomo ingrassato di corpo e irrigidito di animo, freddo, altiero, preoccupato di cerimonie e di etichette, insofferente di ogni contraddizione, duro cogli uomini, ineducato colle signore; il cui linguaggio era forza, la cui politica era forza; un uomo che credeva legge morale il suo capriccio, e giustizia la collera, e impertinenza la verità, e felicità del mondo la sua soddisfatta ambizione.
L'antico giacobino era imbarazzato sotto il manto imperiale. Lo portava talvolta con un fasto di cattivo gusto, talvolta se ne spogliava con soldatesca ruvidezza. Metteva la dignità nell'essere brusco anzichè nell'essere cortese. Sentenziava sopra ogni materia, e sovente, su quelle di cui era digiuno, spropositava. Si fece incoronare con pompe teatrali, con isfoggio di carrozze dorate, di cavalli bianchi, di mantelli d'ermellino, di corone, di scettri, di globi d'oro. Obbligava i parroci a vegliare di notte, nel rigido inverno, sulle porte delle chiese, per incensarlo quand'egli passava in carrozza chiusa. Aveva sulle braccia l'Europa, il blocco continentale, la prigionia del Papa, e rimproverava la marchesa Busca, figlia del suo amico Serbelloni, perchè si era presentata un giorno alla sua Corte collo stesso abito che portava il dì prima.