W 1858 roku, uwolniony z batalionu, pozostawiony został na osiedleniu w Syberii, gdzie utrzymywał się jako nauczyciel, miał nawet swą szkołę.

Zetknięcie się tu z reprezentantami prawie wszystkich powstań i związków od 1825 nie mogło zostać bez wielkiego wpływu na dalszy tok życia i prac śp. Agatona.

Oddany ciągle myślą i sercem Polsce, zbierał materiały do dziejów jej martyrologii, czuł to bowiem i rozumiał, że dokładniejszych i wierniejszych wiadomości do tej epoki nigdzie indziej by zebrać nie mógł.

Wpływ też jego na współwygnańców z dniem każdym rósł i stawał się zbawienny. A kto wie, jakim urokiem otoczeni byli wygnańcy syberyjscy w kraju, ten pojmie łatwo, jakiego znaczenia i wpływu był powrót tego męża i towarzyszów jego do kraju w 1860 roku. Najlepszą tego miarą jest fakt, iż pierwsza tajna odezwa wydana w 1861 roku, zawierająca program narodowego ruchu i walki moralnej z najazdem, a będąca wyrazem ówczesnych kół patriotycznych i z ich współudziałem wydana, wyszła spod pióra śp. Agatona. Nosi ona tytuł Posłanie do wszystkich rodaków na ziemi polskiej, a podpisana: „Mieszkańcy Warszawy”. Jego też pióra były głośne w owym czasie korespondencje z Warszawy do „Czasu”7, które, jak powszechnie wiadomo, wielki wpływ wywierały na umysły, a po części i na sam tok wypadków. Cały plan tajemnej organizacji spiskowej, z tajemnym rządem na czele był również owocem jego pracy i namysłu. Nie poprzestawał jednak na tym i uznając wielką doniosłość pracy nad ludem mimo tak gorących czasów, umiał się zdobyć na spokój i był redaktorem „Czytelni Niedzielnej”8, którą od 1861 do czerwca 1863 prowadził.

Jak pomienione9 koła, których wyrazem było Posłanie, tak i śp. Agaton był przeciwny przedwczesnemu powstaniu, niemniej wszelkim gwałtownym środkom. Tego kierunku bronił w Komitecie Centralnym10, którego był członkiem. Jego też wnioskiem była tak zwana dyslokacja, za pomocą której chciano zapobiec brance11. Gdy sprawy zaczęły przybierać inny obrót, ustąpił z komitetu. Nie na długo wszakże. Skoro bowiem powstanie wybuchło, wstąpił na powrót do Rządu, by całą siłą popierać walkę, do której wróg zmusił naród.

Śp. Agaton był członkiem Rządu Narodowego12 do końca maja 1863.

Najważniejsze ustawy i odezwy w pierwszych miesiącach powstania (oprócz manifestu z 22 stycznia13) wyszły spod jego pióra. Był jednocześnie głównym współpracownikiem „Strażnicy”14, organu Rządu Narodowego, redaktorem „Ruchu”15 i „Wiadomości z Pola Bitwy”16.

Od lipca czynny był na prowincji. W grudniu Agaton zmuszony był wyjechać za granicę.

Jakie było działanie jego na emigracji, a następnie w kraju, bliżej rozwijać tu nie będziemy. Będzie to przedmiotem szczegółowego studium. Nie zamierzamy też roztrząsać, a nawet wymieniać prac jego literackich, historycznych i publicystycznych, z których całą bibliotekę stworzyć by można. Powiemy tylko, iż nie było żadnej donioślejszej sprawy narodowej, w której by ważnego udziału nie brał lub jej nie inicjował. Był on niejako ogniskiem, wokoło którego skupiały się wszystkie gorętsze i zacne serca patriotyczne. W rękach swych trzymał on nici nieustającego stosunku patriotów wszystkich dzielnic Polski i wszystkich zakątków świata, gdzie los rodaków naszych zagnał.

Idea prawa do państwowego, niepodległego bytu Polski, idea dziejowego jej posłannictwa i nierozerwalnej całości w żadnym sercu może silniej, tak żywo i tak wiernie się nie odbiła, jak w sercu śp. Agatona. W niej i dla niej on żył tylko.