Otrzymał pensję emerytalną, przywiązaną do stopnia pułkownika, którą do końca roku 1831 pobierała jego wdowa; później odebrał jej rząd rosyjski to wsparcie.
Umarł Kiliński w 59 roku życia, dnia 29 stycznia 1819 roku o godzinie dziesiątej z rana w mieszkaniu domu swego w Warszawie przy ulicy Dunaj nr 145, z którego zbrojny kordelasem w Wielki Czwartek 1794 zapowiedział powstanie i pierwszy dał mu hasło.
Dnia 31 stycznia 1819 roku odbyła się eksportacja zwłok zmarłego szewca pułkownika. Cała prawie Warszawa wybiegła na ten pogrzeb; żaden magnat nie miał tak uroczystego obchodu. Trumnę ze zwłokami Kilińskiego pochowano pod kościółkiem powązkowskim, w tym samym miejscu, gdzie obecnie grób z krzyżem Franciszka hr. Potockiego. W ścianie tegoż kościółka była duża marmurowa tablica ze stosownym napisem wmurowana, z której nie pozostało dziś nawet śladu.
Umierając, z podwójnego małżeństwa zostawił dzieci siedmioro: 1. Z Marianny z Rucińskich: Franciszka, oficera z pułku gwardii Napoleona, zmarłego w rok po śmierci ojca 1820 r.; Wawrzeńca, który z początku podług życzenia Kilińskiego zajął jego warsztat i był szewcem, a następnie wstydząc się uczciwego rzemiosła, w magistracie miasta Warszawy był sekretarzem taksowym, w 57 roku życia zmarły 1843 roku; Mariannę i Agniszkę. 2. Z Anastazji z Jasińskich: Antoniego w piątym roku życia, Ignacego w trzecim i Józefę córkę półtora mającą. Ignacy, także urzędnik (!), mając lat 35, umarł dnia 29 listopada 1851 r. Wdowa po Kilińskim przy zgonie jego liczyła lat 34.
Całe życie ubierał się zawsze starannie po polsku w kontuszu i żupanie. Na dni świąteczne zakładał pas lity słucki lub kobyłkowskim srebrem albo złotem przerabiany i wdziewał czerwone safianowe buty. Zachowywał stale zwyczaj staropolski, że czapka rogatywka była koniecznie tej samej barwy co żupan.
Z prac piśmiennych oprócz niniejszego pamiętnika, który skreślił na żądanie J. U. Niemcewicza i z niego podajemy faksymile, pozostawił drugi pamiętnik, opisujący panowanie Stanisława Augusta. Ciekawy ten nabytek, uratowany od zatraty, zapewne drukiem ogłoszony zostanie23.
Antoni Magier w Estetyce miasta Warszawy utrzymywał błędnie, że Kiliński pisać nie umiał. Własnoręczne rękopisma, któreśmy oglądali, świadectwo J. U. Niemcewicza i liczne podpisy w księgach miejskich, w archiwum magistratu Warszawy stawiają niezbite dowody, że nie tylko pisać umiał, ale w pełnej prostoty powieści dał nam niezrównane obrazy chwil wybitnych w dziejach ostatniego z królów Rzeczypospolitej Polskiej.
Podaliśmy tu wiernie żywot męża pełnego zasług i godnego żyć we wdzięcznej pamięci narodu polskiego. Postać jego może śmiało stanąć obok najpierwszych patriotów naszych, którzy pragnęli dźwignąć z upadku nieszczęśliwą ojczyznę. Jeden z pierwszych poetów naszych wziął Kilińskiego za głównego bohatera poematu i oddał jak należało hołd prowincji i cześć temu bohaterowi ludu, którego imię zespoliło się na kartach dziejów naszych z Tadeuszem Kościuszko, z Henrykiem Dąbrowskim i tylu obrońcami wiernymi świętej sprawie, dla której krew i życie ochotnie poświęcali wówczas wszyscy.
*
Nie każdemu znany fakt z życia J. Kilińskiego następujący, dlatego go tu zamieszczamy: