Wieczorem ze wszystkich zgrupowań zostają zostawione czujki i posterunki osłonowe. Same zgrupowania, najpierw te uzbrojone, potem personel nieuzbrojony, schodzą w grupach po 50 osób do kanałów. Najważniejszy, bo najszerszy i najwyższy kanał ma wejście na placu Krasińskich, ale są też włazy zapasowe, prowadzące do niższych i węższych odnóg. Ciężej rannym, ale mogącym się poruszać, zezwala się na organizowanie własnych grup, przy czym informuje się ich, że będą mogli wejść do kanałów dopiero po odejściu ostatnich grup uzbrojonych. Wszyscy udają, że to nie fikcja, że rzeczywiście będą mieli szansę. Grupy ciężko rannych, ale zdolnych się poruszać, krążą zatem wokół kanałów do rana. Ewakuacja nie przebiega planowo, ciągle spóźniają się jakieś pododdziały, w ich miejsce wchodzą inni, kiedy wreszcie się pojawiają ci, którzy mieli planowe wejście wcześniej — żądają wejścia poza kolejnością. Niemcy co jakiś czas wsypują do kanałów karbid, wlewają do bocznych kanałów benzynę, którą później podpalają, próbują zasypać kanały gruzem, aby wywołać spiętrzenia ścieków.

2 września Stare Miasto zostaje ostatecznie opuszczone. Około 7:00, jak każdego dnia, Niemcy rozpoczynają bombardowania lotnicze i artyleryjskie, strzelają do rozpoznanych poprzedniego dnia stanowisk z broni ręcznej i granatników. Na Starym Mieście zostaje jeszcze około trzystu ludzi z różnych oddziałów. Mają świadomość, że ich szanse przeżycia są znikome, ale wielu z nich zgłosiło się do osłony kolegów na ochotnika. Niemcy początkowo nie orientują się, że powstańcze wojsko w zasadzie w całości już odeszło, piechota postępuje ostrożnie i metodycznie. Skupiają się na tym, by bombardowaniem i ostrzałem dobrze zmiękczyć nieistniejącą już obronę. Około godziny 8:00 bomby spadają na kamienice w rejonie ulicy Daniłowiczowskiej i zasypują rezerwowy właz wraz z częścią gromadzących się tutaj Powstańców. Zażarte walki toczą się w rejonie placu Krasińskich, na który natarcie idzie już ze wszystkich kierunków. Dzielnie walczy grupa osłonowa Tadeusza Kowalczyka „Jackowskiego”, w cywilu adwokata, próbująca zatrzymać niemieckie czołgi idące ulicą Kilińskiego. Około 9:00 gruzy zasypują także właz na placu Krasińskich. Pozostali żołnierze — m.in. „Parasola”, „Gustawa”, harcerskiego batalionu „Wigry”, 104 kompanii syndykalistów polskich — częściowo próbują wtopić się w ludność cywilną, zrzucając opaski, porzucając broń. Niektórzy próbują wejść do bocznych odnóg kanałów, do tej pory nieużywanych w ewakuacji. Wielu ginie w ostatnich rozpaczliwych starciach, jak wspomniana grupa ppor. Tadeusza Kowalczyka94, która walczy do ostatniego naboju. Los tej grupy i samego Kowalczyka według niektórych historyków pozostaje nieznany, według innych — grupa zostaje wzięta do niewoli, a sam Kowalczyk zginie w listopadzie 1944 w czasie próby ucieczki z obozu jenieckiego. Zbłąkane grupki i pojedynczy żołnierze będą wychodzić z kanałów na Śródmieściu i Żoliborzu jeszcze w nocy z 2 na 3 września.

W południe na Starym Mieście pozostają już tylko tysiące cywilów, kobiet, dzieci oraz około 2500 ciężko rannych. Za chwilę okaże się, ile warta stała się aliancka jałmużna w postaci deklaracji przyznania praw kombatanckich AK wydana w dniu 29 sierpnia, a ogłoszona przez BBC 30 sierpnia 1944, która głosiła między innymi, że: „Polska Armia Krajowa, zmobilizowana obecnie, stanowi siłę kombatancką będącą integralną częścią Polskich Sił Zbrojnych”. Podkreślono, że żołnierze AK działają przeciw nieprzyjacielowi jawnie, są pod odpowiedzialnym dowództwem i mają wyraźne odznaki lub polski mundur. „W tych warunkach represje wobec członków Polskiej Armii są pogwałceniem przepisów wojennych obowiązujących Niemców. Wobec tego Rząd J. K. Mości uroczyście ostrzega wszystkich Niemców, którzy biorą jakikolwiek udział w pogwałceniu tych praw lub też są w jakikolwiek sposób za nie odpowiedzialni, że czynią tak na własne ryzyko i będą pociągnięci do odpowiedzialności za swe zbrodnie”.

Tej nocy Radio Londyn nadawało znowu hymn Konrada Ujejskiego „Z kurzem krwi bratniej”. Sygnał, że także tej nocy zrzutów od aliantów nie będzie.

Armia zapada się pod ziemię. Ranni tak nie potrafią. Biały fosfor. Blondynka

2 września 1944 roku rano Niemcy zajmują Stare Miasto. Dzieje się coś, czego dzieje wojen jednak nie zaznały: otoczone wojsko — dosłownie — zapadło się pod ziemię. Byli i nie ma. Wynurzą się w innych dzielnicach, żeby dalej walczyć. W zburzonej dzielnicy zostają cywile i ranni. Wiadomo, że ciężko rannych, którzy nie mieli szans zapaść się pod ziemię, było w kilku szpitalach i punktach opatrunkowych około 2500. Jeszcze przed upadkiem dzielnicy personel medyczny odbierał rannym umundurowanie, wszelkie elementy uzbrojenia i oporządzenia, aby Niemcy nie mogli w razie czego powiedzieć, że trafili na szpital wojskowy i pod tym pretekstem nie wymordowali wszystkich. Początkowo Niemcy, poza pojedynczymi przypadkami, zachowywali się wobec rannych poprawnie, niektórzy nawet obiecywali pomoc, transport, leki. W powstańczych szpitalach często leżeli też ranni Niemcy, którzy głośno domagali się dobrego potraktowania Polaków, podkreślając, że byli traktowani na równi z innymi rannymi. Jednak jak zauważa w relacjach Antoni Przygoński, po godzinie 11:00 następuje gwałtowna zmiana nastawienia. Być może zapada wówczas w sztabie Reinefartha albo von dem Bacha jakaś decyzja, nie wiemy do dzisiaj jaka. Wszędzie jednak powtarza się ten sam schemat — personel zostaje zmuszony do opuszczenia szpitala. Oprawcy dają na to zazwyczaj 5 do 10 minut. Nieliczni lekarze, pielęgniarki, sanitariuszki wraz z rannymi, którzy są w stanie się poruszać, wychodzą ze szpitali; pozostali ranni i personel, który nie chce opuścić budynków, piwnic — jest rozstrzeliwany na miejscu. Do sal są wrzucane granaty, a budynki są podpalane.

Niemcy nie chcą wchodzić do piwnic. Boją się, że tam wszędzie gdzieś pozostają niedobitki tych, którzy nie zdążyli zejść do kanałów. Załatwiają sprawę znanymi metodami — nie tylko w szpitalach, ale na całej Starówce — wrzucają granaty, strzelają z broni maszynowej wtykanej w otwory okienne, oblewają benzyną i podpalają, czasem używają miotaczy ognia. W halach fabrycznych przy Świętojerskiej 10 ginie 12 ciężko rannych żołnierzy Armii Ludowej i dwie sanitariuszki, których w zamieszaniu ostatnich dwóch dni obrony Starówki zapomniano ewakuować do głównego szpitala przy ulicy Długiej 7.

W relacjach pojawiają się te same obrazy — ranni, którzy od wielu dni nie byli w stanie się ruszać, zaczynają pełznąć do wyjścia, po podłogach, po schodach, po gruzach, nawet wtedy, gdy budynki płonęły. Młodociane sanitariuszki i pielęgniarki wielokrotnie są gwałcone, później także często mordowane. Zdarza się to także sanitariuszkom czekającym ze lżej rannymi na ulicach i podwórkach na rozkaz wymarszu w kierunku punktów etapowych. Tak dzieje się przy szpitalu koło kościoła św. Jacka. Po podpaleniu szpitala ranni z pomocą pielęgniarek i ks. Franciszka Kuleszy zostają wyniesieni wprost na ulicę Starą i tam czekają dwa dni na ewakuację wraz z czuwającymi przy nich sanitariuszkami. Sanitariuszki między 2 a 4 września są kilkukrotnie gwałcone, ale trwają przy rannych. Wśród zgwałconych jest 13-letnia dziewczynka. 4 września udaje się etapami przenieść większość rannych do szpitala przy kościele Karmelitów na Krakowskim Przedmieściu. Niemcy zabijają 8 osób — 6 mężczyzn i 2 kobiety, co wydaje się cudem przy liczebności szpitala 200 rannych.

Równolegle wśród grup ludności cywilnej zaczęto przeprowadzać doraźne selekcje, oddzielając chorych, starców i inne osoby, które uznano za niedołężne, nienadające się do transportu i późniejszej przymusowej pracy. Rozstrzeliwuje się je w ustronnych miejscach, a następnie podpala zwłoki. Wiele z takich egzekucji odbyło się przy ul. Wąski Dunaj. Pierwsi mieszkańcy Starego Miasta, którzy wrócili do zrujnowanej dzielnicy w 1945 roku, wspominają o znalezionej tam wannie pełnej ludzkich prochów.