W roku 1643 wprawdzie pod presją potrzeby przymierza z prezbiteriańską Szkocją przeciwko królowi — które też rzeczywiście doszło do skutku — parlament w Westminster zaprzysiągł jednomyślnie „przymierze z Bogiem” (Covenant), zupełnie analogiczne z tym, jakie poprzysięgli byli Szkoci; czyli że jednolity system republikańsko-prezbiteriański zgodnie przyjęto jako podstawę regulacji stosunków kościelnych. Ale gdy w tym samym roku zebrało się w Opactwie Westminsterskim53 zgromadzenie najwybitniejszych duchownych angielskich, które przez pięć dalszych lat (do r. 1648) obradowało nad szczegółowym wypracowaniem konstytucji kościelnej, wkrótce w łonie tego zgromadzenia objawiła się głęboka różnica zdań. Większość angielskich i oczywiście wszyscy szkoccy duchowni byli za najściślejszym ustrojem prezbiteriańskim, polegającym na hierarchii wybieranych komisji i zgromadzeń, począwszy od zebrania reprezentantów gminy, a skończywszy na najwyższej radzie nad całym krajem. Ten system organizacji zawierał także zasadę przymusowego włączania każdego obywatela do kościoła państwowego, czyli wykluczał wszelką tolerancję religijną.

Część zgromadzonych duchownych jednak wyznawała inne doktryny; by je zrozumieć, trzeba sięgnąć dalej wstecz w historii. Wspominałem o sekcie „brownistów”, wygnanych do Holandii za czasów Elżbiety. Obok tej były jeszcze inne grupy separatystów religijnych, np. sekta według jednej ze swych głównych praktyk, mianowicie chrztu dorosłych, zwana „baptystami”, która miała główną siedzibę w Leyden. Te i inne sekty z przygotowującym się przewrotem stosunków religijnych w Anglii poczęły wracać drobnymi grupami do kraju i tutaj dalej się rozrastać. Szczególnie potężny był napływ emigrantów amerykańskich, których w roku otwarcia długiego parlamentu wielka gromada wróciła do Anglii.

Wszystkie te sekty wyznawały jedną wspólną naczelną zasadę, oddzielającą je od prezbiterianizmu, mianowicie zasadę zupełnej niezależności każdej z osobna parafii, czyli kongregacji we wszystkich rzeczach wiary i ceremoniału: stąd przyjęta ich nazwa kongregacjonalistów, czyli „niezależnych”, independents. Z tym zasadniczym nieuznawaniem wszelkiego rodzaju hierarchii kościelnej, czy to w starej formie biskupiej czy w nowej prezbiterialnej, z natury rzeczy łączyła się u independentów ogólniejsza i wyższa zasada tolerancji religijnej, czyli „swobody sumienia”, znowu zupełnie przeciwna duchowi systemu prezbiterialnego, który wymagał przymusowej jednolitości wiary — uniformity.

Te doktryny independenckie słabym zrazu tylko głosem się odzywały; w zebraniu duchownym w Westminster reprezentowała je znikoma mniejszość; wkrótce atoli stanął za nimi jeden z najpotężniejszych czynników w życiu politycznym ówczesnej Anglii. Armia mianowicie, którą parlament przeciwko królowi wystawił, przy doborze swych żołnierzy nie mogła poddawać ich wierzeń religijnych ścisłemu egzaminowi; brano ludzi jedynie na podstawie pewnych ogólnych moralnych i dogmatycznych przekonań. Powstało w ten sposób wojsko może najsurowiej poważne, najbardziej ideałem swego zadania i poczuciem obowiązku przeniknięte, jakie kiedykolwiek istniało, ale zarazem wojsko, w którego łonie w ten sposób od samego początku praktykowało się zasadę osobistej tolerancji religijnej i które wskutek tego niebawem stać się musiało główną ostoją i środowiskiem idei independenckich, a zatem stanąć w otwartej opozycji do prezbiteriańskiego parlamentu. Przyszło też wkrótce do otwartego konfliktu, gdy wojsko odmówiło posłuszeństwa parlamentowi, który po zwycięskim ukończeniu wojny z królem nakazał mu rozejść się. I oto stoimy przez cały najbliższy szereg lat historii angielskiej wobec bezprzykładnego faktu, że z walczących ze sobą dwóch czynników armia reprezentuje wszystkie najwyższe ideały nowożytnej wolności religijnej i politycznej; w jej projektach krystalizują się idee najdalej idącego postępu; zaś parlament, który przecież pierwszy rozpoczął świętą wojnę o swobody konstytucyjne przeciwko królowi, pod wpływem ciasnych i twardych zasad prezbiterianizmu przeobraża się w narzędzie bezwzględnego ucisku wszelkiej wolnej myśli, tak że gdy Cromwell na czele swych żołnierzy w bardzo gwałtowny i autokratyczny sposób ten parlament rozbija i ubezwładnia, to oni właściwie są obrońcami dzisiejszych ideałów konstytucyjnych Anglii i całego świata.

Milton zaraz w pierwszych czasach szerszego rozrostu myśli independenckiej najwyraźniej opuszcza ciasne dogmaty prezbiterianizmu i staje w obozie liberalnym, bo tak independentów w ówczesnym rzeczy stanie nazwać możemy. Wiekopomną manifestację tych wolnomyślnych przekonań z jego strony wywołała w roku 1643 uchwała parlamentu, ustanawiająca komisję cenzorów dla kontroli nad prasą. Otóż na to Milton odpowiedział sławną broszurą pt. Areopagitica, w której, w słowach pełnych szlachetnego uniesienia i równie aktualnych dzisiaj jak niegdyś, broni zasady wolności prasy. Dzieło i pod względem formalnym, oratorskim, jest jednym z najwspanialszych pomników prozy Miltona.

Na ogół jednak Milton i w tym okresie jeszcze nie bierze tego bezpośredniego, intensywnego udziału publicystycznego w życiu politycznym co później po ścięciu króla. Zamknięty w zaciszu swego domu, zagłębia się wciąż jeszcze w różnych kierunkach z całym spokojem ducha w studia teoretyczne. Ponieważ prowadził teraz w domu szkołę prywatną na szerszą skalę niż przedtem, więc najżywiej go chwilowo interesowały kwestie pedagogiczne: z tego wyszedł w r. 1643 Traktat o wychowaniu, pisany w formie listu do uczonego przyjaciela poety, Niemca Samuela Hartliba w Londynie, z którym w tych latach stał w ciągłej przyjacielskiej wymianie zdań i pomysłów. W tym pisemku proponuje reformę edukacji synów szlacheckich, rozciągającą się na cały okres szkoły średniej i uniwersytetu i zawierającą szczególnie co do doboru lektury klasycznej i sposobu uczenia języków starożytnych myśli dziś niejednokrotnie na nowo podejmowane. Te teorie Milton u siebie w domu w czyn wprowadzał.

Obok tego zajmują go trzy wielkie literacko-naukowe przedsięwzięcia: praca nad zebraniem materiałów do wielkiego słownika łacińskiego, po wtóre nad systemem teologii opartym bezpośrednio na Piśmie Świętym, po trzecie nad wielkim dziełem historycznym: dziejami Brytanii.

Te wszystkie plany jednak pokrzyżował niebawem bieg wypadków politycznych, które tym razem ostatecznie w swój wir Miltona porwały.

Losy wojny z królem, przez kilka lat ze zmiennym szczęściem prowadzonej, zadecydowała inicjatywa jednej potężnej osobistości, która w tym czasie wysunęła się na front publicznego życia Anglii. Tą osobistością był Oliver Cromwell. Jako młody ziemianin w okolicach Huntingdon gnębiony ową rozpaczliwą melancholią religijną, owym panicznym strachem przed gniewem Bożym, który wówczas na tak wielu protestanckich umysłach ciążył i stał się jednym z zarodków purytanizmu, Cromwell w swym dalszym żołnierskim życiu ukazuje nam się jako żelazny człowiek bezwzględnego czynu i niezmąconej refleksjami woli. Z moralnych rysów specyficznie purytańskich zaś, mimo że przyłączył się do toleranckich independentów, jednak aż do końca zachował ową srogą surowość, ów brak współczującego wyrozumienia dla wszelkich słabości drugich ludzi, który cechował fanatyczniejsze natury purytańskie i później przybrał formę owej faryzeuszowskiej dumy z własnej cnoty i pogardy dla każdej odmiennej natury, jaką dziś jeszcze niejednokrotnie spotykamy w moralnej i religijnej umysłowości Anglików.

Cromwell wniósł w sytuację ten pierwiastek żelaznej i nieprzepartej energii, która dla jej rozwiązania była potrzebna, i wkrótce wyrwał kraj z niepewności. Podał mianowicie plan gruntownej reorganizacji armii parlamentarnej, głównie przez dobór zdolnych oficerów bez względu na pochodzenie — dotychczas byli nimi tylko szlachcice — i stanąwszy ze swym znakomitym kolegą Fairfaksem na czele tak przeistoczonego wojska, odniósł walne zwycięstwo pod Naseby w r. 1645 i w ten sposób za jednym zamachem wojnę zakończył. Król wkrótce potem sam wydał się w ręce Szkotów, ci jednakowoż, nie mogąc od niego uzyskać zupełnego uznania systemu prezbiteriańskiego, wydali go niebawem parlamentowi angielskiemu.