Król Karol I prowadził wojnę z prezbiteriańską Szkocją, która nie chciała uznać rządów biskupich. W Anglii atoli powszechne sympatie były po stronie Szkotów, toteż parlament w r. 1640 zwołany celem wotowania52 podatków na tę wojnę, odmówił dyskusji nad tą kwestią, żądając w formie stereotypowej, która się w tych wszystkich walkach między królem a parlamentem powtarza, najpierw zniesienia wszystkich przeciwnych konstytucji nadużyć, zanim będzie mógł przyznać jakiekolwiek podatki. W odpowiedzi na to król po niecałym miesiącu trwania sesji rozwiązał parlament, znany odtąd w dziejach jako „krótki parlament”; ale wkrótce potem, gdy Szkoci śmiało przenieśli wojnę na terytorium angielskie, a zebranie lordów w York odmówiło królowi pomocy w układach pokojowych ze Szkocją bez zwołania parlamentu, Karol widział się zmuszonym uczynić zadość temu żądaniu. Parlament, który teraz zwołał, jeden z najpamiętniejszych w dziejach Anglii, pod którego rządami po raz pierwszy i ostatni w historii angielskiej głowa monarchy padła pod mieczem katowskim, znany jest pod nazwą „długiego parlamentu”. Zgromadził się 3 listopada r. 1640.

Długi parlament, w którym na czele partii konstytucyjnej stanął pamiętny po wszystkie wieki obrońca swobód narodu angielskiego John Pym, od samego początku okazał się bardzo energiczny; zabrał się przede wszystkim do oczyszczenia otoczenia króla z absolutystycznych doradców: głównego spośród nich, faworyta Strafforda, którego sam król w stanowczej chwili opuścił i poświęcił, ścięto za wyrokiem Izby Lordów dnia 12 maja r. 1641. Oprócz tego uznano za nieważne raz na zawsze wszelkie podatki samowolnie nałożone przez króla bez zgody parlamentu, uchwalono przymus zwoływania parlamentu co trzy lata, zniesiono dwa tajne trybunały: Star Chamber i Court of High Commission, które były narzędziem despotyzmu, i zawarto pokój ze Szkotami, dziękując im za poparcie sprawy swobody angielskiej przez swe zbrojne wystąpienie. Wreszcie dla zbadania najtrudniejszej ze wszystkich spraw politycznych, kwestii ustroju kościoła, ustanowiono osobną komisję, za której sprawozdaniem potem uchwalono usunięcie biskupów z Izby Lordów.

W tej kwestii kościelnej jako najżywotniejszej Milton po raz pierwszy zabrał głos jako publicysta. W latach 1641 i 1642 napisał pięć broszur o tej sprawie traktujących, w których występuje bez żadnych zastrzeżeń jako zwolennik radykalnej reformy, znoszącej wszelką hierarchię biskupią. Panowały mianowicie dwa główne prądy w opinii co do tej kwestii: jedni byli za reformą umiarkowaną, polegającą na odebraniu biskupom jedynie władzy politycznej i dodania im dla spraw duchownych wybieranej rady prezbiterów z diecezji; drudzy zaś bez ogródek proponowali zaprowadzenie zupełnego republikańsko-prezbiteriańskiego ustroju na wzór szkocki. Do tych należeli autorowie pisma polemicznego pod dziwacznym tytułem Smectymnuus — złożonym po prostu z inicjałów nazwisk autorów, przy czym „ty” reprezentuje dawnego nauczyciela Miltona, Tomasza Younga — i do nich przyłączył się Milton.

Tymczasem jednak niepowstrzymany bieg wypadków politycznych wnet już nie pozwalał na długie teoretyczne dyskusje. Długi parlament, uchwalając, że nie może być rozwiązany przez króla bez własnego przyzwolenia, sam stworzył stan otwartej rewolucji przeciwko królowi i wkrótce całą Anglię ogarnęła wojna domowa. Naród podzielił się na dwa obozy, parlamentarzystów i rojalistów. Londyn, z dawna główna siedziba purytanizmu, oczywiście stał po stronie pierwszych, tak samo wschodnie hrabstwa; partia królewska miała swe główne środowisko w starym akademickim Oxfordzie, który wtedy jak zawsze — i dziś jeszcze — stanowił centrum wysokiej hierarchii kościelnej i konserwatyzmu.

Obie strony wystawiły armie i zaczęły się krwawe zapasy, które trwały z różnym skutkiem aż do roku 1646.

W wojnie na miecze Milton, nie będąc żołnierzem z powołania, udziału nie wziął. Ponieważ zaś wojnę na pióra ta zbrojna zawierucha przerwała i udaremniła, więc widzimy poetę w najbliższych latach zajętego sprawami prywatnymi i pismami nie ściśle politycznej treści, ale zawsze znamiennymi przez swe aktualne zabarwienie.

Przede wszystkim więc uczynił krok, na który chwila wojny domowej wydałaby się nam źle wybrana. Mianowicie wziął sobie żonę, i to, co dziwniejsze, z samego serca obozu królewskiego. Z końcem maja r. 1643 trzydziestopięcioletni poeta ożenił się z siedemnastoletnią Marią Powell, córką właściciela ziemskiego spod Oxfordu. Biedne dziewczę, przyzwyczajone w domu ojca do hucznego, gościnnego, towarzyskiego życia szlacheckiego — po trosze nad stan — a teraz przeniesione nagle do spokojnego, poważnego domu surowego, zamyślonego, filozofującego poety, wkrótce poczuło dręczącą nudę. Toteż wyjechawszy na lato do rodziców, mimo kilkakrotnego wezwania wracać do męża nie myślała, tym bardziej że tymczasem i rodzice (rychło wczas!) przypomnieli sobie swoje rojalistyczne zasady.

Całe to niefortunne małżeństwo pamiętne jest głównie dlatego, ponieważ stało się dla Miltona okazją do złożenia w czterech traktatach (1643–5) swoich teorii o rozwodzie. Występuje w nich jako bezwzględny zwolennik rozerwalności małżeństwa; w razie niezgodności usposobień, zdaniem jego, powinno być dozwolone rozejść się z zachowaniem pewnych formalności i ze swobodą wstąpienia w ponowne śluby. Co do Miltona samego, to udało się obustronnym przyjaciołom w r. 1645 doprowadzić do zgody między małżonkami; żona znowu zamieszkała przy mężu; umarła w r. 1654, zostawiając mu trzy córki.

Broszury Miltona o rozwodzie wywołały w całej Anglii wielkie wzburzenie umysłów; w szczególności powstali przeciwko niemu prezbiterianie i ich duchowieństwo, potępiając go jako heretyka. Inni natomiast, bardziej umiarkowani, nad tymi pismami ruszali jedynie ramionami jako nad ekscentrycznymi, nieszkodliwymi spekulacjami szlachetnego teoretyka.

W tym rozmaitym przyjęciu uwydatnia się rozłam, który tymczasem w obozie purytańskim nastąpił i który niebawem także w pismach Miltona miał znaleźć wierny wyraz.