1549.
Tendo sido dada aos Donatarios illimitada jurisdição civil e criminal sobre as suas respectivas Capitanias, concedendo-se-lhes até impor a pena de morte, mesmo ás pessoas de mór qualidade; e provindo d'ahi innumeros males porque o abuso dos Senhores Donatarios ia-se tornando intoleravel, a anarchia reinava, os colonos erão opprimidos, os Indios barbaramente perseguidos; indispensavel era que o Brasil fosse governado por huma autoridade superior que servisse de centro commum, á que todos obedecessem. Assim creou El-Rei D. João III, melhor instruido pela propria experiencia, o cargo de Governador Geral do Brasil, que confiou a Thomé de Sousa. A 28 de Março chega este á Bahia, trazendo em sua companhia os primeiros Jezuitas que pizarão no Brasil. Coadjuvado por Caramurú consegue estabelecer-se na Bahia, e funda a cidade de S. Salvador, séde do Governo.
1552.
Chega á Bahia o primeiro Bispo do Brasil D. Pedro Fernandes Sardinha; o qual consegue apaziguar por algum tempo as desavenças entre o Clero e os Jezuitas.
1553.
Thomé de Sousa retira-se e he substituido no Governo Geral por Duarte da Costa. Com o novo Governador vierão alguns Jezuitas, entre os quaes o famoso José Anchietta, denominado o Apostolo do Novo Mundo. Já com Thomé de Sousa viera Manoel da Nobrega. A estes dous Padres he o Brasil devedor de muitos e mui relevantes serviços.
1554.
Reconhecendo o Governador Geral vistas ambiciosas nos Jezuitas, nega-lhes o seu apoio. Estes retirão-se para o Sul, e fundão junto ás planicies de Piratininga huma povoação, e o Collegio de S. Paulo, donde veio o nome á cidade e provincia hoje assim chamadas.
1555.
O desejo de conquista, e a ambição de riquezas levão estrangeiros a tentarem expedições á America. Nicolau Durand Villegaignon, sob o falso pretexto de fazer propagar o Calvinismo, protegido pelo Almirante Gaspar de Coligny, chega com huma expedição Franceza á bahia de Nictherohy, e construe no centro della sobre huma pequena ilha hum forte que denominou--de Coligny--(ou Villegaignon).