No seculo XVI foi reconstruida com donativos de el-rei D. Manoel e outros bemfeitores. Ficou o templo com trez naves, e tinha uma capella-mór artificiosamente lavrada, obra de muita estimação e riqueza.
O padre Carvalho, na Chorographia Portuguesa[[13]], dá larga noticia d'esta egreja depois de reconstruida.
[13] Tomo III, pag. 445 e seguintes.
Junto ao templo, e com serventia para elle, havia o hospital do Santo Espirito, que albergava permanentemente doze pessoas necessitadas, entre as quaes «dez mulheres donzellas ou donas viuvas de boa vida».
A bem dizer, era mais um recolhimento do que um hospital.
E assim foi até o anno de 1672, em que os padres da Congregação do Oratorio, que se tinham instituido alli perto, no sitio das Fangas da Farinha, á rua do Almada, tiveram auctorização para tomar conta do hospital do Santo Espirito, onde passaram a estabelecer-se dois annos depois.
Alli permaneceram os oratorianos, tranquillos e contentes. Mas por occasião do terremoto de 1755 a egreja e convento arderam, perdendo-se os preciosos haveres d'aquelles padres. A congregação transferiu-se então para o convento das Necessidades, que é hoje palacio real.
Ficaram apenas de pé as paredes dos dois edificios incendiados.
No frontispicio da egreja havia grandes columnas de cantaria, que o leitor ainda hoje pode ver... aonde?
Aonde? Não em outro templo, mas na fachada de um theatro, porque as pedras tambem teem seus fados. Estas transitaram, por caprichoso destino, do sagrado para o profano. Estão agora na frontaria do theatro de D. Maria II; são as mesmas columnas da egreja do Espirito Santo.