As paredes do templo são de alto a baixo vestidas de excelente azulejo liso, com desenho a três cores; sobre cada arco há um quadro com uma imagem de santo. Na parede da nave do Evangelho, num quadro representando o Batista, lê-se: «Juiz, escrivão e mordomos mandaram fazer esta obra. Os que agora servem este ano de 1648.»
Este pessoal era da confraria de S. João. O exterior da igreja é singelo, teve uma torre em cada ângulo; mas, derribadas pelo terramoto de 1755, o administrador do morgado, a quem competia a conservação cio templo, apenas levantou a que atualmente existe.
Na escritura para a construção do templo em 1570 não intervêm D.ᵃ Maria de Ayala e Noronha, mas por um contrato de aforamento de 4 de agosto de 1578 vejo que ainda neste ano existia; não iria, porém, muito além do seu falecimento.
Bem carregado de anos estava já a este tempo Afonso de Albuquerque, mas é certo que Afonso se achou capaz de passar a segundas núpcias com D.ᵃ Catarina de Menezes, e que esta dama não desdenhou o velhote. Como era de prever, Afonso continuou sem geração legítima, e D.ᵃ Catarina, tendo dúvidas sobre a procedência da inabilidade de procriação, passou, por morte de seu marido, também a segundas núpcias com D. João Coutinho, e veio a convencer-se, duas vezes, de que não fora por ela que se extinguira a raça do grande Afonso.
Cerca de 1581 falecem Albuquerque, filho, sem descendência legítima, mas deixando legitimado D. João Afonso de Albuquerque. Não serei eu que afirme, passados três séculos, a verdadeira procedência deste mancebo; lembro que em 1568, quando já Afonso, filho, orçava pelos seus sessenta e oito anos, ainda D. João não era nascido.
Por morte de seu pretenso pai, D. João Afonso era menor. Foi o Dr. Brás Dias de Abreu, juiz dos orfãos em Lisboa e clãs partilhas da fazenda de Afonso de Albuquerque, que se propôs sustentar os direitos do menor, a quem foi dado por tutor António Fernandes da Silva.
D. João esteve na posse do morgado. Em Azeitão enamorou-se de D.ᵃ Isabel de Cerqueira, filha de Francisco de Cerqueira Veloso, secretário do duque de Aveiro, e com ela vem a casar, tendo apenas um filho, D. Afonso de Albuquerque, que em 1617 embarcou para a Índia, onde em pouco morreu sem geração.
Largos foram os litígios à herança de Albuquerque, filho, não só sobre o morgado de Azeitão, instituído por Afonso e D.ᵃ Maria de Ayala, mas também com respeito ao vínculo que Albuquerque, o Grande, formara na Índia.
Darei, de passagem, notícia deste morgado e sucessão.