Em remuneração destes serviços, teve o governo de Pernambuco, aonde cometeu tais excessos que, amotinado o povo, veio preso para Lisboa e da prisão pôde escapar-se para Castela. Instaurou-se-lhe o processo, mas por influência de seu irmão, que estava em favor, suspendeu-se todo o procedimento e pôde regressar à pátria.
Talvez para não dar tanto nas vistas a proteção a um delinquente e tê-lo como que escondido aos seus julgadores, Luís de Mendonça pôs seu irmão Jerónimo na administração do morgado de Azeitão. Tenho presente uma procuração datada de 1 de março de 1669, em que Luís de Mendonça dá poderes a seu irmão para o arrendamento dos frutos dos muros a dentro da quinta; abriu-se aqui praça no dia 4 e neste mesmo dia se lavrou a escritura, o preço foi de 200$000 reis, pagos metade pelo S. João e metade por S. Simão.
Em março do ano seguinte, conforme a procuração que atrás extratei, Jerónimo de Mendonça partilhou com os irmãos Chaves a administração de toda a casa e haveres do vice-rei.
O conde de Lavradio parte para o vice-reinado, falta a Jerónimo de Mendonça a bandeira que lhe cobria as culpas e, fosse resultado das devassas ou novidades de crimes, na expressão de um escritor coevo[51], o regente manda-o prender no Limoeiro em princípios de julho de 1671. Jerónimo de Mendonça teve conhecimento das disposições a seu respeito e pôde escapar-se para Espanha. De Xerez de los Caballeros data de 7 de agosto do mesmo ano o substabelecimento da procuração de seu irmão para um Manuel Lopes fazer certos contratos em Azeitão.
Em 1672 ainda ali se achava, e no dia 1.º de outubro substabelece parte dos poderes da procuração de seu irmão, vice-rei, no capitão Luís de Valença da Rocha, para que ele possa cobrar e arrecadar e haver a seu poder todas as dívidas de dinheiro, oiro e prata, juros, tenças, ordenados, fazendas, mercadorias, encomendas, seus procedidos, fretes e avarias dos navios, bens de raiz, móveis, rendimentos e coisas outras de qualquer qualidade, sorte, quantidade e substância. Dias depois, a 6, junta ao substabelecimento uma declaração para o mesmo Rocha poder tomar todo o dinheiro na praça, que lhe for necessário para o fornecimento dos navios, assim de Luís de Mendonça, como dele; pelo que se vê, que também Jerónimo era armador.
Alcançou voltar a Portugal, mas descoberta em setembro de 1673 nova conspiração para o restabelecimento do rei Afonso VI, viu-se dos papéis encontrados a Diogo de Lemos, que Jerónimo de Mendonça e seu meio irmão Francisco eram cúmplices. Francisco de Mendonça pôde escapar-se para Castela, sendo-lhe em Portugal confiscados os bens e ele degolado em estátua no rossio de Lisboa a 11 de maio de 1674; Jerónimo de Mendonça pretendeu também fugir; mas, como estava enfermo, teve de acoutar-se num moinho e, conhecido o seu paradeiro, foi preso.
Encerrado na torre de S. Julião da foz do Tejo, ali se conservou, até que em 3 de janeiro de 1680 foi sentenciado por traidor a ser degolado no pelourinho de Lisboa. Dois corregedores e duas companhias de cavalos ali o foram buscar. Esta pena infamante foi embargada pelos parentes, alcançando-lhe a troca do pelourinho pelo cadafalso, havendo de executar-se a sentença no dia 5. O marquês de Fronteira, que pretendia casar uma filha com Nuno de Mendonça, irmão de Jerónimo, e que se achava ao tempo em Évora, pôde conseguir que a princesa intercedesse pelo criminoso, e o rei comutou-lhe a pena em degredo para a Índia.
Em 1687 ainda ali vivia e tinha residência em Goa, para onde sua irmã D.ᵃ Maria Josefa, de Mendonça, a quem veio a caber a herança do conde de Lavradio, enviou procuração para arrecadar os bens do falecido vice-rei, como adiante direi. Nunca voltou da Índia.