O vice-rei, que devia partir na primeira monção de 1670, foi feito conde de Lavradio em março, e a armada levantou ferro do porto de Lisboa em princípio de abril, chegando à Índia no ano seguinte, em que Luís de Mendonça tomou posse do vice-reinado.
A sua fidelidade ao regente não foi sem suspeitas; em fins de março de 1674 aprestaram-se com diligência duas caravelas, bem guarnecidas e apetrechadas, que partiram para a Índia no 1.º de abril, levando o capitão instruções secretas com respeito ao vice-rei; as suspeitas, contudo, eram infundadas; mais prudente que seus irmãos Francisco e Jerónimo, não se envolveu como eles nos tramas contra o governo do regente.
Desempenhou o lugar de vice-rei por espaço de sete anos e vinte dias e, embarcando para o reino, faleceu na Baía em 1677 com cinquenta anos de idade.
Se fez bom governo, ou a contento do soberano, não foi menos solícito nos negócios de sua casa e interesses pessoais, e não aprendeu pouco nas viagens, que fez à Índia, sobre o modo de fazer fortuna. Se Luís de Mendonça, ao partir para o seu vice-reinado, pensava nos neócios da república, não sei; é certo, porém, que não descurava os seus interesses particulares, e se propunha continuar ou estabelecer em larga escala o seu giro comercial. Em 10 de março de 1670 ordenava ele as suas coisas, mandando lavrar uma procuração ampla a seu irmão Jerónimo e a dois irmãos Diogo de Chaves e Simão Rodrigues de Chaves para a administração dos seus negócios na Europa. Morava então Luís de Mendonça Furtado e Albuquerque na sua quinta extra-muros de Lisboa, junto ao mosteiro de S. Bento da Saúde.
Farei notar os principais pontos a que a procuração se refere. Os poderes são iguais para os seus três delegados, deixando-lhes todo o seu livre e comprido poder, mandado especial e geral... para poderem cobrar, arrecadar e haver a seus poderes todas as suas dividas de dinheiro, oiro, prata, juros, tenças, ordenados, fazendas, mercadorias, encomendas e seus procedidos, fretes, avarias de seus navios, bens de raiz e seus rendimentos... cobrança por conhecimentos e sem eles... letras de câmbio e de risco, consignações e carregações, cartas amigáveis e de crédito, contas correntes e fenecidas por leis de seguro, ou por outra qualquer via, título, modo que seja, e todas as fazendas e mercadorias que remeter da ditas partes da Índia e de outras quaisquer partes e conquistas, tudo também poderão cobrar e despachar, ou vender e beneficiar, estando a contas e tomando-as com entrega a todas as pessoas que lhas devam e hajam de dar e as fenecer e liquidar, recebendo o líquido, restos e alcance delas o poder até de nomear mestres para as embarcações de que for senhorio e, depois de nomeados, os despedirem e elegerem outros, como melhor lhes convier...
Esta procuração, estranha totalmente aos negócios de administração pública, nada nos pode dizer das ideias do vice-rei sobre o modo por que se propunha gerir os negócios do estado, mas dá-nos claras mostras de que Luís de Mendonça não descurava os seus interesses, de que na Índia ia estabelecer uma forte casa comercial, e que no reino deixava agentes, de certo bem escolhidos, para as permutações e vendas das mercadorias que enviasse para a metrópole.
A procuração, datada de 10 de março, só foi outorgada no dia 16; é esta a própria data da carta régia, que lhe confere o título de conde de Lavradio; no entanto, a assinatura ainda é de Luís de Mendonça Furtado de Albuquerque.
Ninguém, ao ler desprevenidamente o documento, suporá que são as disposições de um vice-rei, que vai exercer funções majestáticas e de soberania real; talvez fosse isto que menos preocupasse Luís de Mendonça, pois é certo que, recolhendo ao reino com sete anos de governo, vinha riquíssimo. Que contraste com o grande Albuquerque, que, próximo à morte, pedira, não se fizesse leilão do seu fato para que não vissem suas calças rotas que tinha!
Nas suas últimas disposições fez seu universal herdeiro Jerónimo de Mendonça e na sua falta seu irmão Nuno.
—Jerónimo de Mendonça Furtado, nascido no palácio de Azeitão e batizado na freguesia de S. Simão a 14 de agosto de 1630, foi cavaleiro de Malta, mas não professou. Serviu nas campanhas do Alentejo como capitão de cavalos e mestre de campo de um terço. Deixou a carreira militar; todavia, como particular, assistiu à batalha do Ameixial ou Canal a 8 de junho de 1663, sendo louvado pelo conde de Vila Flor, que o enviou a Lisboa com a notícia da vitória.