Parece mais acceitavel a versão de que o dia 1 de Janeiro de 1502 auxiliou o almirante lusitano Gonçalo Coelho a lançar as ancoras dos seus tres navios nas profundidades guanabarinas.
O navegador dirigia-se da Bahia de Todos os Santos a explorar a costa meridional da Terra de Santa Cruz. O facto do almirante não dar o nome de um santo ou santa á nova descoberta, como fizera a outros pontos da costa, anteriormente visitados, explica-se, talvez, pela supposição de que a bahia, que occupava, fôsse a foz de um rio, devido á sua configuração e amplitude.
D’ahi o nome de Rio de Janeiro, com que Gonçalo Coelho a baptisou e que ninguem, depois d’elle, se atreveu a mudar.
Tanto no littoral como nas principaes ilhas que enfeitam a bahia, o almirante portuguez encontrou estabelecidos os tamoyos, indios da raça tupy, cujas tabas, ou aldeias, estendiam-se em maior e mais densa quantidade, de Uruçumirim, hoje praia do Flamengo, até Paranapuan, ou seja a actual ilha do Governador.
Gonçalo Coelho continuou a navegar no rumo do Sul, e só 17 annos depois da sua descoberta, a bahia de Guanabara foi entrada por outra expedição europeia, commandada ainda por um portuguez, Fernão de Magalhães, mas ao serviço da Hespanha. D. Manoel, que ao tempo reinava em Portugal, tinha muito que fazer na Europa e para os lados do Oriente, não lhe sobrando o tempo para occupar-se de novas e longinquas descobertas.
Só no reinado de D. João III, seu filho e successor, entrou no Rio de Janeiro a primeira expedição militar portugueza, porque ao rei constára que, desde 1528, os francezes occupavam a bahia e as margens circumvisinhas.
Christovão Jaques commandava a esquadrilha lusitana, de reconhecimento, a que seguiu-se o grosso da expedição, sob as ordens de Martim Affonso de Souza, em 1531. Este desembarcou na pequena praia, fóra da barra, que se estende do morro da Babylonia ao da Urca, e que ainda hoje é conhecida pelo nome de porto de Martim Affonso.
Expulsos os intrusos, o commissario de D. João III, voltou, com as suas caravellas, para a Bahia de Todos os Santos, ficando novamente Rio de Janeiro desguarnecido.
Foi preciso que, vinte e quatro annos depois, em 1555, os francezes voltassem á carga, sob o commando do almirante Nicolas Durand de Villegaignon, para que o rei de Portugal, passados cinco annos, ordenasse a Mem de Sá, terceiro governador geral do Brasil, que expellisse os invasores.