Villegaignon, que sonhára fundar a França Antartica em terras de Santa Cruz, desembarcou á entrada da barra, na ilha da Lage, hoje fortificada, passando a occupar e a guarnecer a ilha de Serygipe, que, desde então, é conhecida pelo nome do almirante bretão, não obstante elle havêl-a baptisado Fort Coligny.
Quando, em 1560, Mem de Sá entrou, com onze navios, o porto do Rio de Janeiro, encontrou os francezes na melhor harmonia com os tamoyos, e reforçados por uma esquadrilha, ao mando de Bois Le Comte. Batidos, os invasores fugiram nos destroços dos seus navios, porém voltaram quatro annos, mais tarde, e estabeleceram-se na actual ilha do Governador, então Moracaia, ou Paranapuan.
D’esta vez foi um sobrinho de Mem de Sá, Estacio de Sá, que partiu directamente de Portugal ao Rio de Janeiro, a fazer frente aos obstinados usurpadores.
Foi em Abril de 1565 que a nova expedição deu entrada na bahia de Guanabara, e depois de reconhecer as fortes posições dos francezes, desembarcou no porto de Martim Affonso. Ahi, entre os morros da Urca e de Babylonia, o oceano Atlantico e a enseada de Botafogo, fundou Estacio de Sá uma povoação, Villa de S. Sebastião, Durante dois annos conservou-se o commandante portuguez n’esta posição, em continuas escaramuças com os francezes e os tamoyos, seus alliados, até que em 18 de Janeiro de 1567, appareceu Mem de Sá com cinco galeões e seis caravellas, bem guarnecidas, em auxilio do sobrinho. Logo tres dias depois, em 20 de Janeiro, os indios e os francezes fôram atacados e destroçados por mar e por terra. Em pleno combate, Estacio de Sá, teve o rosto varado por uma flexa, morrendo trinta dias depois e sendo sepultado na ermida de S. Sebastião.
Para celebrar a victoria, Mem de Sá, elevou a nascente povoação á cathegoria de cidade de S. Sebastião do Rio de Janeiro, resolvendo transferil-a para o actual morro do Castello, sitio mais central e menos accessivel aos ataques dos inimigos.
Realisado este intento, e depois de cercar a nova cidade de muralhas e de fazer erigir no cume da montanha uma capella sob a invocação do orago da localidade, o governador geral regressou á Bahia, entregando o governo do Rio de Janeiro, a outro sobrinho seu, Salvador Corrêa de Sá. Este, alguns annos depois, fez trasladar a ossada do primo, da velha ermida, junto do Pão de Assucar, para a capella-mór do novo santuario. Cobre o tumulo uma lapide, com os seguintes dizeres:
«Aqui jaz Estacio de Sá Capitão e conquistador d’esta terra e Cidade. E a campa mandou fazer Salvador Corrêa de Sá, seu primo, segundo capitão e Governador, com suas armas. E esta capella acabou no anno de 1583».
A inscripção esquece-se de mencionar o principal titulo e a gloria immortal da pessôa a quem se refere—a de fundador do Rio de Janeiro. Da sua leitura conclúe-se que Estacio de Sá conquistou a cidade, o que não é verdade.
Salvador Corrêa de Sá, que governou durante trinta annos e morreu na idade de 113 annos, teve a habilidade de transformar os tamoyos em amigos dos portuguezes, e a tal ponto que o chefe indigena Ararygboia, foi o seu principal auxiliar nas luctas que teve de sustentar com os francezes, que não podiam conformar-se com a ideia de dar de mão á sua sonhada colonia Anctartica.
Taes foram os progressos da nova cidade, e tambem das suas immediações que, em 1608, o governo de Lisbôa elevou-a á cathegoria de governo geral, comprehendendo as capitanias de S. Paulo, do Espirito Santo e do Rio de Janeiro.