No mez de Mayo de 1711. foraõ taõ repetidas as innundaçoens de agua, que temendo-se alguma esterilidade, mandou o Bispo, que sahisse em Procissaõ pelas Ruas da Cidade, o Senhor d’Alem, com o qual tem aquelle povo bem fundada devoçaõ pelos grandes beneficios, que tem experimentado da sua piedade. Fez-se a Procissaõ em 14. do dito mez, com a Pompa, e Magestade, que em semelhantes occasioens se costuma; e como naquelle anno era Ministro da Ordem Terceira de S. Francisco, para aplacar a indignaçaõ Divina, na noite de 21. do mesmo mez fez outra Procissaõ de preces, em que a Ordem Terceira, e os Religiosos foraõ descalços, de que compadecida a Divina bondade, restituhio a serenidade do tempo, naõ se experimentando o danno, que naturalmente se temia. Na mesma occasiaõ padeceo aquella Cidade grande falta de peixe, e fazendo-se por esta causa segunda Procissaõ em 27. do dito mez de Mayo, em que sahio outra vez a Imagem do Senhor d’Alem, se encaminhou à barra, e benzendo-a o Prelado, teve outra vez a Cidade do Porto a costumada abundancia.
Em 4. de Dezembro de 1711. nasceo em Lisboa Occidental a Senhora Infanta Dona Maria Barbara, hoje Princesa das Asturias, e em 21. do dito mez, em acçaõ de graças, fez o Bispo D. Thomaz Pontifical, e Solemnissima Procissaõ, e como a esta solemnidade se unio a Trasladaçaõ do Santissimo Sacramento para a sua Capella na Sè, que se havia reformado com extraordinaria magnificencia, prègou neste dia o Conego Magistral da mesma Sè o Doutor Manoel dos Reys Bernardes, com a elegancia, acerto, e propriedade, que sendo nelle dotes naturaes, saõ a enveja de todos os que o ouvem, e lem os seus escritos.
Em 20. de Fevereiro de 1713. lançou a primeira pedra no arrogante, e magestoso edificio da nova Capella dos Terceiros de S. Domingos; obra de tanta magestade, que havendo na Cidade do Porto grande numero de Fabricas Sagradas magnificamente edificadas, esta na sua proporção naõ he inferior a nenhuma.
Para a sua Cidade do Porto alcançou este zelosissimo Prelado de Clemente XI. pelo espaço de sete annos, hum Jubileo com Lausperene em todo o tempo da Quaresma, a que logo se deu principio na Sè, no primeiro dia da Quaresma do anno de 1713. continuando-se pelas mais Igrejas dous dia em cada huma.
Em 16. de Julho do mesmo anno de 1713. que era o ultimo dia do Triduo, com que os Religiosos de S. Domingos celebraraõ a Canonizaçaõ do Summo Pontifice Pio V. fez o Bispo o Pontifical com toda a grandeza, que pedia a Sollemnidade daquelle acto.
Mandou rasgar, e abrir mais a porta de Carros, e o Postigo de Santo Eloy, intentando, que no Campo das Hortas, junto à Fonte da Arca, se fizesse huma nova Praça. Naõ teve effeito esta obra, mas teve-o o povoar-se aquelle sitio de muitas, e nobres casas, em que se vay dilatando a povoaçaõ com incrivel grandeza. Na Igreja de Santo Antonio, que he dos Padres da Congregaçaõ do Oratorio de S. Fillippe Neri, mandou fazer hum grande Adro, que ennobreceo muito aquella fabrica, e nos pilares das grades se lhe gravaraõ as suas Armas.
Reformou a Quinta do Prado, accrescentando-lhe gallarias, e no Palacio Episcopal mandou abrir janellas em muitas Salas, e fez de novo a Casa da Camara Ecclesiastica, em cujo tecto estaõ pintadas as Armas dos Almeidas.
Por ordem de Clemente XI. presidio em dous Capitulos Geraes da Religiaõ de S. Bento. Celebrou-se hum no Mosteiro de Santo Tyrso, e nelle foy eleito geral o Reverendissimo Padre Fr. Antaõ de Faria, Provisor do Bispado do Porto, e o outro se celebrou no Mosteiro de Tibaens, que he a Cabeça desta Monastica, e Illustrissima Congregaçaõ nos Reynos de Portugal.
Neste tempo determinou a Magestade delRey D. João V. Nosso Senhor illustrar a sua Corte com huma Igreja Patriarchal, que nos privilegios, e grandeza se distinguisse com incomparavel differença de todas as outras Cathedraes. Conseguio esta graça da Santidade de Clemente XI. que lha concedeo por huma amplissima Bulla, chamada Aurea, expedida em Roma aos 7. dos Idus de Novembro, que he aos 7. do dito mez do anno de 1716. e por esta causa nomeou S. Magestade, que Deos guarde, ao Bispo do Porto D. Thomaz de Almeida Patriarcha de Lisboa Occidental, em 4. de Novembro do mesmo anno, e em 7. do dito mez o absolveo o Papa do vinculo de Bispo do Porto, e o confirmou em primeiro Patriarcha da mesma Cidade de Lisboa Occidental.
Chegada esta feliz noticia à Corte, mandou o Senhor D. Thomaz de Almeida tomar posse do Patriarchado pelo Arcediago da mesma Patriarchal Jozè Dionysio Carneiro, cujo acto se fez em 8. de Janeiro de 1717.