За присоединение Мерва ему был возвращен чин майора 23 февраля 1884 г. и утраченные ордена, а 6 марта он был переименован в подполковники.
Во время управления округом А. М. между прочим сформировал милицию из мервцев, во главе которой принял участие в кратковременной, но кровавой эпопее: побуждаемые англичанами афганцы дерзнули напасть на наш отряд на р. Кушке, но потерпели 18 марта 1885 г. жестокое поражение, при чем мервской милиции пришлось сыграть выдающуюся роль. За подвиги, оказанные подполковником Алихановым, ему пожалован был орден св. великомученика Георгия 4-й степени. Заметим, что А. М. был единственный кавалер этого ордена за царствование Императора Александра III.
Кроме того, ему пожалован орден св. Анны 2-й степени и бриллиантовый перстень.
В 1890 г. он был назначен состоять при войсках Кавказского военного округа и до 1900 г. исполнял различные поручения и разрабатывал богатейший, собранный им по Средней Азии, материал. Между прочим 15 февраля 1900 г. А. М. назначен был председателем в Главном народном суде Закатальского округа.
Но как только вспыхнуло боксерское движение в Китае, полковник (с 1898 г.) Алиханов (29 июля 1900 г.) был назначен в распоряжение командующего войсками Приамурского военного округа, и ему пришлось принять деятельное участие в подавлении этого движения.
Так, при получении известий 17 ноября 1900 г. о появлении шайки хунгузов в 200 человек около деревни Палунтун, он был послан для уничтожения шайки, что и было им исполнено. Затем он исполнял разные поручения, уничтожил 31 декабря шайку хунгузов около Нингуты, 3 февраля 1901 г. разбил шайку хунгузов у дер. Яндзытун, затем исправлял обязанности начальника Нингутского гарнизона. В апреле 1901 г. он возвратился на Кавказ. За военные отличия произведен в генерал-майоры.
С 1901 г. по 1906 г. генерал Алиханов исполнял разные поручения и в начале 1905 г. командовал отрядом, посланным для водворения порядка в Гурии. При начале Японской войны А. М. был представлен кн. Голицыным к командированию Кавказской артиллерийской бригадой, сформированной из кавказских горцев -- назначение, наиболее соответственное его дарованиям, но, вследствие петербургских интриг, не только это назначение не состоялось, но и вообще ему не удалось вовсе попасть на войну.
В разгар вооруженного восстания на Кавказе, когда ощутился сильный недостаток в твердых и решительных людях, которые бы могли вывести расслабленную кавказскую власть, доигравшуюся с революционерами до такого позорного положения, что она чуть не была ими свергнута, то генерал Алиханов был назначен на должность временного тифлисского генерал-губернатора 3 января 1906 г. Но не успел он вступить в исправление этой трудной обязанности, а революционеры сразу притихнут под его твердой рукой, как через 5 дней -- 8 января 1906 г. -- он был назначен временным кутаисским генерал-губернатором и начальником отряда, посланного для водворения русской власти в отложившейся под управлением губернатора Старосельского Кутаисской губернии.