В Неаполе монархисты ещё продолжали кровавую расправу над республиканцами. Ушаков заметил, что непрерывные массовые казни вызывали «содрогательства» у многих жителей столицы. При таком положении нельзя было надеяться на скорое восстановление порядка и спокойствия, для чего он и прибыл в Неаполь по настойчивой просьбе перепуганного насмерть короля. Ушаков обратился к первому неаполитанскому министру Актону с письмом и настойчиво рекомендовал «королевскому величеству» объявить всеобщее «прощение впавших в погрешности».
Вмешательство Ушакова спасло много жизней неаполитанских патриотов. Король Фердинанд IV и королева Каролина, эта венценосная кровожадная «фурия», не могли отказать русскому адмиралу, ибо только благодаря ему королевство Обеих Сицилии было освобождено от французских войск. А теперь единственно на него они возлагали свои надежды по освобождению Рима, где упорно держался сильный французский гарнизон. После взятия Неаполя русским отрядом войска Фердинанда пытались самостоятельно взять Рим, но из этого ничего не получилось. Французский командующий римским гарнизоном генерал Гарнье без особого труда разбил вдребезги неаполитанскую армию. Затем он быстрым маршем двинулся к Чивита-Кастеллано, куда подошёл австрийский отряд генерала Фрелиха, и 1 сентября разгромил наголову австрийцев. Поэтому-то неаполитанский король и умолял Ушакова высадить своих моряков на берег и взять «вечный город».
По прибытии в Неаполь Ушаков выделил отряд в 800 человек матросов и морских солдат и свёз их на берег. Начальство над десантом было поручено полковнику Скипору и лейтенанту Балабину. Десант стал готовиться к походу на Рим.
В это время на неаполитанском рейде стоял английский 74-пушечный корабль под командой комодора Траубриджа, который нанёс визит Ушакову по приходе его в Неаполь. От него Ушаков узнал, что он собирается уходить из Неаполя в Чивита-Веккию, где присоединит к себе два фрегата и затем отправится якобы в Палермо к Нельсону. Такие действия Траубриджа показались Ушакову подозрительными, и он стал держаться настороже.
Скоро получено было известие, что Траубридж вступил в переговоры с генералом Гарнье о капитуляции и что австрийский генерал, ещё раз разбитый французами, присоединился к переговорам. Французский генерал, узнав о готовящемся походе русского десанта на Рим, согласился на предложенные ему небывало выгодные условия сдачи.
16 сентября по секрету от Ушакова капитуляция была подписана Траубриджем, австрийским генералом Фрелихом и командующим неаполитанской армией маршалом Буркардом. Сами условия капитуляции были явно рассчитаны не только на нанесение оскорбления русским, но и прямо на ущерб русской армии.
Французскому гарнизону разрешалось уйти из города со всем оружием и награбленным имуществом, а неаполитанский маршал Буркард с согласия, если не по прямому указанию, кардинала Руффо взялся перевезти французов по их желанию в любое место. Совершенно ясно было, что французский гарнизон в 2 500 человек в полном вооружении отправится в Северную Италию, где Суворов добивал французскую армию. Так оно и случилось. Англичане перевезли отряд Гарнье на Корсику, а отсюда им ничего не стоило перебраться на генуэзское побережье, где с помощью отряда Пустошкина осаждалась Генуя.
Это вероломное и позорное для англичан предательство было делом рук Нельсона.
Раздражение и гнев Ушакова были беспредельны. Он потребовал от англичан и неаполитанцев прекратить переговоры и совместными силами пленить римский гарнизон французов, чтобы не дать им усилиться в Северной Италии. Но его протесты не имели успеха. Злобный акт против русских был совершён.
Ушаков приказал было десанту вернуться в Неаполь, но кардинал Руффо именем короля умолял его продолжать поход, ибо без русских «королевские войска» не смогут спасти Рим от грабежа и установить там «добрый порядок».