Такое наглое и грубое отношение к союзнику было продиктовано из Вены.
Ушаков немедленно сообщил Павлу I об изменническом повелении австрийцев в Анконе. В Вену был послан решительный протест русского правительства против вызывающих действий Фрелиха. Австрийский двор не мог не признать поведения Фрелиха не соответствующим союзническим обязательствам и оправдывался тем, что генерал превысил свои полномочия якобы по своей инициативе. Для вида Фрелих был отстранён от службы и предан суду, который, однако, не принёс ему особых неприятностей.
Под Генуей австрийские генералы также обнаружили своё нежелание мало-мальски выполнять союзный договор.
Отряд судов вице-адмирала Пустошкина, посланный для блокирования Генуи с моря, приступил к действиям в начале ноября. С суши крепость осаждалась австрийской армией под командованием генерал-майора Кленау, который заверял Пустошкина, что Генуя будет скоро взята. Однако осада велась вяло и неумело. Кленау просил Пустошкина высадить десант, чтобы вместе с армией атаковать крепость. Пустошкин не имел десантных войск, но всё же собрал батальон в 200 матросов и морских солдат и послал на подкрепление австрийских войск, которых насчитывалось несколько тысяч человек.
4 декабря Кленау повёл войска на штурм крепости, но потерпел тяжёлое поражение. Потери доходили, по словам Пустошкина, до 3 тысяч человек, «но более в плен взятых нежели убитых». В бою австрийцы вели себя позорно трусливо[382].
При первой контратаке французов австрийские полки беспорядочно побежали, покинув маленький русский отряд на поле боя. Русские солдаты и моряки смело приняли удары противника и, несмотря на его огромное численное превосходство, штыками проложили себе дорогу к берегу.
Русский отряд потерял убитыми 38 человек, ранеными 18 и пленными 19 человек[383].
Очень показательно, что маленький русский отряд, отступая с потерями и унося своих и австрийских раненых, не дал себя ни уничтожить, ни взять в плен. Это была чисто русская боевая хватка и выдержка хорошо натренированных и обученных Ушаковым черноморцев. Прибывшими лодками десант был перевезён на корабли.
После такого бессовестно трусливого поведения австрийцев Пустошкин 9 декабря отошёл к г. Специи, а в конце декабря ушёл в Ливорно. Весной 1800 г. по указанию Ушакова он направился в Мессинский пролив. Здесь же Пустошкин получил от Ушакова повеление императора «впредь никакого содействия с австрийскими войсками не иметь»[384].
Ф. Ф. Ушаков, установив «порядок и спокойствие» в Южной и Средней Италии, не мог считать вполне выполненными задачи экспедиции в Средиземном море без взятия о. Мальты. Приняв на борт три гренадерских батальона, прибывших от Суворова в Неаполь для мальтийского гарнизона, Ушаков с эскадрой 20 декабря покинул неаполитанский рейд и отправился в сицилийский порт Аугусту. Отсюда он намеревался перебросить гренадеров на Мальту и вместе с англичанами взять штурмом крепость Ла-Валетту, последний оплот французов, упорно не сдававшихся англичанам. Для содействия десанту Ушаков назначил эскадру Карцова. Сам же с четырьмя кораблями, требовавшими незамедлительной починки, собрался идти в Корфу. Фрегаты отряда Сорокина имели «чрезвычайную течь» и настолько подгнили, что на них нельзя было выходить в морс. Их пришлось оставить в Неаполе для ремонта[385].