На родине Ушакова ожидали не триумф и заслуженная им бессмертная слава, а злобная несправедливость бездарных царедворцев во главе с венценосным монархом.
В Управлении Черноморского флота Ушаков застал большие перемены. Вместо Н. С. Мордвинова главным командиром Черноморского флота был назначен адмирал Виллим Фондезин, один из бездарнейших представителей иностранцев на русской службе.
Ничтожный Фондезин ненавидел Ушакова за его блестящий военный талант и мировую славу. Возвратившись в Севастополь, Ушаков не нашёл там себе применения. Его заставили несколько месяцев заниматься денежными и хозяйственными отчётами экспедиции, безнадёжно раскапывать и выяснять в канцелярских дебрях стоимость её.
Затем Ушаков, прослуживший в Черноморском флоте восемнадцать лет и фактически создавший его, был переведён в Петербург. Здесь его, новатора новой тактики корабельного флота, как бы в насмешку, назначили главным командиром гребного порта и начальником флотских команд.
Гребной флот отживал свой век. С 90-х годов XVIII в. гребные суда уже даже не строились, а наличные догнивали в опреснённых водах Финского залива.
Новое назначение Ушакова выглядело издевательством и было преднамеренно устроено его недоброжелателями из Адмиралтейств-коллегии. Можно себе представить, с каким гнетущим чувством покидал Ушаков свои родной Черноморский флот. Ещё тяжелее для него было отношение к флоту двора Александра I. При новом дворе победило мнение, что военно-морской флот в России не должен играть значительной роли. Противники петровских военно-морских традиций доказывали, что Россия сухопутная держава и её военная слава поддерживается только армией. Русские прославленные морские кампании — Гангут, Гренгам, Архипелагская экспедиция с Чесмой, черноморские победы Ушакова и средиземноморская эпопея с падением первокласснейших корфинских крепостей — не принимались в расчёт и просто замалчивались.
Александр I, считавший себя полководцем и поддерживаемый в этом ложном мнении придворными льстецами, ничего не смысля в морском деле, сделал скороспелые выводы о флоте.
Не удивительно поэтому, что талантливые и способные адмиралы стали не нужными.
Президентом Адмиралтейств-коллегии Александр I сделал Н. С. Мордвинова, а с преобразованием в 1802 г. коллегий в министерства Мордвинов стал министром военных морских сил.
Для выработки новых положений о флоте император учредил «Комитет образования флота» под председательством графа Александра Романовича Воронцова, ничего не понимавшего в морском деле. В этот комитет Ушакова не пригласили. Зато в него вошли такие бездарности, как адмиралы Виллим Фондезин, Н. С. Мордвинов, Балле и др.