Если в артели появлялся больной, то его немедленно отправляли в палатку, стоящую вне лагеря, а его товарищи переселялись в землянки, окружавшие палатку. Здесь они находились до выяснения характера болезни. Если больной оказывался заражённым чумой, то он немедленно отсылался в больницу, а его веши, палатка, где он лежал, и общая палатка артели сжигалась. А члены артели тотчас выводились за лагерь и подвергались санитарной обработке.
Благодаря точному выполнению тщательно продуманной системы противочумных мероприятий скоро в команде корабля № 4 чума исчезла.
За строгим выполнением установленного режима Ф. Ф. Ушаков внимательно следил сам. Все переводы больных, выздоравливающих и подозрительных происходили под его непосредственным контролем. Он наблюдал и за работой врачей и за аккуратным выполнением их указаний.
В самые трудные два месяца, когда вокруг свирепствовала чума, в команде Ушакова не было ни одного случая заболевания. Отдельные вспышки, появившиеся с возобновлением работ, были быстро ликвидированы. С 4 ноября 1783 г. в команде Ф. Ф. Ушакова чума больше не появлялась.
С наступлением зимних холодов и некоторого спада эпидемии решено было вернуть матросов и мастеровых в казармы. 9 ноября 1783 г. жившие в степи кораблестроители вернулись на зимние квартиры.
Борьба с чумой в казарменном расположении при большой тесноте и массовом выходе на работу значительно затруднялась.
Но Фёдор Фёдорович Ушаков и в условиях казармы применил свою оригинальную систему.
После отправления своей команды в степь Ф. Ф. Ушаков приказал произвести тщательную дезинфекцию казармы. Это разумное профилактическое мероприятие говорит о дальновидности Ушакова.
Он перегородил камышовым забором двор, прилегавший к той части казармы, где располагались его люди. Таким образом команда Ф. Ф. Ушакова была изолирована от бытового общения с другими командами.
В своей части двора люди Ушакова устроили вспомогательные помещения наподобие степного лагеря. Они вырыли маленькие землянки, куда помещали только что заболевших, и соорудили три большие тёплые землянки.