Работать при такихъ непорядкахъ было немыслимо, и Пироговъ съ перваго же дня не только серьезно "подтянулъ" весь подвѣдомственный ему медицинскій и нижнеслужительскій персоналъ, но не убоялся съ тою же энергіей требовать отъ главнаго доктора госпиталя и его приспѣшниковъ доставленія больнымъ всего, что имъ полагалось, въ должномъ количествѣ и лучшаго качества. Понятно, что такою "неделикатностью" онъ нажилъ себѣ въ этихъ господахъ непримиримыхъ враговъ.
Между тѣмъ лекціи Пирогова съ демонстраціями надъ больными въ новой хирургической клиникѣ шли своимъ чередомъ. Если въ дерптскомъ университетѣ, несмотря на свою ломаную нѣмецкую рѣчь, онъ въ нѣсколько дней пріобрѣлъ уже популярность, то тѣмъ легче было ему заслужить ее у русскихъ студентовъ петербургской медико-хирургической академіи; своимъ увлекательнымъ, необычайно яснымъ изложеніемъ на родномъ языкѣ и мастерскою техникой при операціяхъ онъ вдохновлялъ ихъ самихъ къ совершенствованію въ этой техникѣ. Такъ его клиника стала разсадникомъ опытныхъ молодыхъ хирурговъ для всей нашей арміи.
Совершенно естественно, что такого первостепеннаго представителя медицины признали нужнымъ привлечь также въ медицинскій совѣтъ, а потомъ и въ особый комитетъ по преобразованію медицинской учебной части въ заведеніяхъ министерства народнаго просвѣщенія. Въ этомъ послѣднемъ комитетѣ, по предложенію Пирогова, въ числѣ разныхъ преобразованій, состоялось рѣшеніе, утвержденное затѣмъ и министромъ, открыть при всѣхъ университетахъ, по примѣру медико-хирургической академіи, каѳедры госпитальной хирургіи и терапіи; для практическаго же изученія анатоміи на трупахъ былъ основанъ въ Петербургѣ особый анатомическій институтъ, и директоромъ его назначенъ самъ Пироговъ. Здѣсь имъ было произведено за 13 лѣтъ профессорства въ академіи 12.000 вскрытій, изъ которыхъ по каждому составлялся подробный протоколъ. Самые же интересные въ научномъ отношеніи препараты при этихъ вскрытіяхъ передавались во вновь устроенный имъ музей патологической анатоміи.
Постоянно видя мучительныя страданія, причиняемыя больнымъ его оперативнымъ ножемъ, Пироговъ давно уже носился съ идеей погружать оперируемыхъ въ искусственный сонъ съ анестезіей, т.-е. съ потерей чувствительности. Упомянутый выше французскій хирургъ Вельно рѣшительно отвергалъ возможность анестезіи.
-- Устраненіе боли при операціяхъ -- химера,-- говорилъ онъ еще въ 1840 году.-- Рѣжущій ножъ и боль -- два понятія неотдѣлимыя въ умѣ больного другъ отъ друга.
А уже шесть лѣтъ спустя безболѣзненныя операціи начали производить подъ дѣйствіемъ эѳира. Какъ только слухъ о такомъ чудодѣйственномъ средствѣ долетѣлъ до Петербурга, Пироговъ не замедлилъ испытать это средство, сперва надъ животными, потомъ надъ здоровыми людьми, а наконецъ и надъ, больными. Командированный въ 1847 году на театръ военныхъ дѣйствій на Кавказѣ, онъ первый вообще изъ всѣхъ европейскихъ хирурговъ употреблялъ наркозъ на воинѣ при чемъ, усыпивъ раненаго эѳирными парами, допускалъ и другихъ раненыхъ и здоровыхъ солдатъ присутствовать при операціяхъ, чтобы дать каждому воочію убѣдиться въ ихъ безболѣзненности. Полевымъ лазаретомъ служили ему простые шалаши изъ древесныхъ вѣтвей съ соломенной крышей; а операціи и перевязки онъ дѣлалъ, стоя на колѣняхъ передъ койкой больного, состоявшей изъ двухъ скамей, устланныхъ соломой.
Всѣ наблюденія свои въ полевыхъ лазаретахъ онъ описалъ потомъ въ медицинскихъ журналахъ.
Въ 1848 году въ Петербургъ была занесена азіатская холера. Устроивъ въ своей клиникѣ особое холерное отдѣленіе, Пироговъ собственноручно вскрылъ болѣе 800 труповъ холерныхъ больныхъ и изслѣдованія свои опубликовалъ на русскомъ и французскомъ языкахъ въ большомъ сочиненіи: "Патологическая анатомія азіатской холеры", за которое академія наукъ присудила ему полную Демидовскую премію.
Не прерывая своихъ лекцій съ демонстраціями въ медико-хирургической академіи, Пироговъ посѣщалъ также, въ качествѣ консультанта, городскія больницы, имѣлъ обширную частную практику и находилъ еще время для ученыхъ трудовъ.
Когда весною 1854 года вспыхнула война Россіи съ двумя могущественнѣйшими западно-европейскими державами -- Англіей и Франціей, Пирогова неудержимо потянуло на театръ военныхъ дѣйствій, гдѣ его хирургическая помощь была такъ необходима. Только въ, октябрѣ мѣсяцѣ всѣ препятствія были разомъ устранены благодаря великой княгинѣ Еленѣ Павловнѣ, впервые возымѣвшей высоко-гуманную мысль -- уходъ сестеръ милосердія за больными, существовавшій уже тогда въ госпиталяхъ, какъ за границей, такъ и у насъ, примѣнить и на полѣ сраженія. Основанная ею съ этою цѣлью "Крестовоздвиженская община сестеръ попеченія о раненыхъ и больныхъ" въ теченіе всей Крымской кампаніи совершала затѣмъ, подъ руководствомъ Пирогова, чудеса подвижничества. Столь же самоотверженная, выше всякой похвалы, дѣятельность самого Пирогова по облегченію страданій безвинныхъ жертвъ войны не можетъ быть изложена въ нѣсколькихъ строкахъ, а потому этотъ наиболѣе блестящій періодъ его славной научно-трудовой жизни мы опишемъ еще особо въ своемъ мѣстѣ.