Однако, недолго пришлось Куйбышеву пожить на «свободе» в Омске. Вскоре он был неожиданно вновь арестован и помещен в общую тюремную камеру вместе с уголовными преступниками.
Тюремное начальство приказало ему остричь волосы и одеться в арестантский халат. Много издевательств приходилось Валериану Владимировичу переносить в тюрьмах и ссылках, но никогда его не лишали преимуществ, которыми пользовались обычно политические заключенные: быть в своей одежде и не стричь головы. Куйбышев протестует:
— На каком основании? Почему?
— Ах, ты рассуждать! — и его ударили кулаком по лицу.
Он бросился на тюремщика. Но к тому подоспела помощь. Куйбышева схватили сзади за руки и начали бить. Избили до полусмерти. В полусознательном состоянии его переодели в арестантскую одежду, обрили и втиснули опять в камеру уголовных. Четыре дня он пролежал с перебитыми ребрами, разбитым лицом, весь в синяках и кровоподтеках. Потом отправили в томскую тюрьму.
Здесь он встретился со многими товарищами, знакомыми по нарымской ссылке. Им пришлось жить в особенно тяжелых тюремных условиях. Царское правительство беспощадно расправлялось с политическими заключенными. Их притесняли, создавали самые невыносимые условия существования, глумились и издевались над ними. На многих все это производило тяжелое впечатление. Многие впадали в уныние и отчаяние.
Валериан Владимирович не терял самообладания. Своей бодростью и жизнерадостностью он заражал остальных заключенных, поддерживая их в минуту упадка. С обычным упорством занимался самообразованием, для поддержания и укрепления своего здоровья аккуратно проделывал гимнастику и настойчиво заставлял других делать то же самое.
Первое время Куйбышев не знал, за что он на этот раз был арестован. Впоследствии же выяснилось, что, опасаясь Куйбышева, выпущенного «на свободу», томское жандармское управление решило вновь привлечь его к суду по делу первомайской демонстрации в нарымской ссылке.
В марте 1913 года состоялся суд, который признал Куйбышева невиновным. Это судебное решение было затем опротестовано прокурором, причем судебная волокита затянулась до августа 1916 года, когда дело о первомайской демонстрации было окончательно прекращено.