В 1809 году Шлецер умер. Последние годы его жизни были тяжелы; борьба с товарищами, преимущественно с Кастнером, преследовавшим его своими эпиграммами, борьба за журнал, старания отстранить от себя подозрения в атеизме, в политической неблагонадежности (его обвиняли в оправдании казни Карла I); наконец, унижение Германии, создание Вестфальского королевства -- все это сильно огорчало Шлецера, и утешало его только внимание русского правительства, которое нередко обращалось к нему с учеными вопросами; ему принадлежит мысль Общества Истории; к нему за советом указано было обращаться Карамзину; сын его был сделан профессором в Москве и т.д.
Честный, гордый и непреклонный, Шлецер бывал часто тяжел в личных сношениях и деспот в семье, что признает и сын его, который сошелся с ним ближе лишь в последние годы и, проникнутый понятным благоговением, написал его биографию. Характеристично для Шлецера, что, желая доказать способность женщины к высшему образованию, он добился, что его дочь Доротея выдержала экзамен на доктора математики.
Опубликовано: Бестужев-Рюмин К.Н. Биографии и характеристики: Татищев, Шлецер, Карамзин, Погодин, Соловьев, Ешевский, Гильфердинг. Санкт-Петербург. Издательство: Типография В.С. Балашева, Средняя Подъяческая, д. No 1. 1882.