Пока переговоры объ этомъ шли въ Іедо, около Кіото разыгрывался новый актъ борьбы. Родъ Чошу рѣшилъ попытаться силою принудить микадо къ болѣе рѣшительнымъ дѣйствіямъ противъ шогуна. Собравъ значительное войско не только изъ своихъ самураевъ, но и изъ бродячихъ рониновъ, дайміосъ Чошу направился къ Кіото. Но въ Іедо своевременно узнали объ этомъ и ему навстрѣчу были посланы болѣе значительныя военныя силы шогуна и нѣсколькихъ вѣрныхъ ему дайжіосовъ. Войска Чоши послѣ жестокой битвы были разбиты на голову, и бѣглецы скрылись въ своей провинціи. Враги шогуна притихли. Тайные сторонники рода Чоши были по распоряженію шогуна изгнаны изъ Кіото и лишены своихъ званій.
Почти одновременно съ неудачной битвой на сѣверѣ, на югѣ силы Чошу тоже потерпѣли большой уронъ. 5-го сентября 1864 г. соединенная эскадра, состоявшая изъ 9 англійскихъ, 4 голландскихъ, 3 французскихъ и одного американскаго судна, совершенно разгромила Симоносеки и принудила дайміоса пойти на всѣ уступки.
Двойная бомбардировка Симоносеки и Кагошимы показала дайміосамъ южныхъ провинцій все превосходство европейскаго оружія и военнаго строя. Съ этихъ поръ на югѣ началась дѣятельная подготовка къ будущимъ военнымъ дѣйствіямъ противъ шогуна, безъ которыхъ, очевидно, нельзя было обойтись. Шогунъ все еще былъ слишкомъ силенъ, чтобы его можно было низложить однимъ декретомъ микадо. Со своей стороны недовольные элементы стягивались на югъ, тамъ формировалось войско по новымъ образцамъ, спѣшно закупались и изготовлялись орудія и снаряды. Подготовлялась серьезная междоусобная война.
Всѣ эти приготовленія сильно тревожили иностранныхъ представителей. Несмотря на побѣду, одержанную шогуномъ, они чувствовали, что силы его убываютъ, и что недалеко время, когда Кіото можетъ оказаться сильнѣе его. Въ виду этого, они считали необходимымъ добиться санкціи своихъ договоровъ отъ микадо, пользуясь тѣмъ моментомъ, когда шогунъ пріобрѣлъ надъ нимъ временный перевѣсъ.
Во главѣ правительства шогуна стоялъ въ это время регентъ Хитотсубаши, смѣнившій Ни-но-Ками. Хитсотсубаши ясно понималъ всю невозможность нарушить договоры съ иностранцами и съумѣлъ убѣдить микадо не отказывать имъ въ ихъ просьбѣ, такъ какъ иначе ему же придется нести послѣдствія этого. Иностранцы могутъ направить свои силы и противъ Кіото. Микадо, лишенный поддержки своихъ друзей, согласился, и 23-го октября 1866 года далъ, наконецъ, просимую санкцію.
На югѣ, между тѣмъ, уже поднималось возстаніе. Во главѣ его стоялъ Саиго Такамори изъ рода Шимадзы. Посланныя шогуномъ войска терпѣли пораженія, и мятежники, стремившіеся возстановить власть законнаго монарха, подвигались все ближе и ближе къ сѣверу. Весь югъ страны былъ охваченъ жестокой междоусобной войной.
Въ это время, 13-го октября 1866 года, восемнадцатилѣтній шогунъ умеръ такъ же скоропостижно, какъ и его предшественникъ, не назначивъ себѣ никакого наслѣдника. Естественнымъ образомъ выборъ палъ на его родственника Хитсотсубаши, завѣдывавшаго и при жизни его всѣми дѣлами. Микадо одобрилъ этотъ выборъ, и 6-го января 1867. года Хитсотсубаши былъ провозглашенъ шогуномъ. Онъ извѣстенъ болѣе подъ китайскимъ именемъ Кепки.
Въ слѣдующемъ же мѣсяцѣ умеръ царствовавшій въ то время микадо Комеи и на престолъ вступилъ его сынъ Мутсо-Гито, царствующій въ Японіи и до сихъ поръ. Въ то время ему было 14 лѣтъ. Ко двору въ Кіото снова съѣхались главные дайміосы въ сопровожденіи лучшихъ изъ своихъ самураевъ.
Долгое время они совѣщались о томъ, какимъ способомъ положить конецъ внутреннимъ безпорядкамъ, разорявшимъ страну и обезсиливавшимъ ее въ виду болѣе сильныхъ враговъ. Наконецъ, дайміосъ Тозы предложилъ сдѣлать послѣднюю попытку окончить дѣло миромъ.
Онъ написалъ длинное и откровенное письмо шогуну, убѣждая его поступиться своею властью для блага страны. "Причина нынѣшнихъ безпорядковъ,-- писалъ онъ,-- заключается въ томъ, что управленіе исходитъ изъ двухъ центровъ, и очи, и уши страны должны быть обращены въ два противоположныя направленія. Ходъ событій привелъ къ революціи, и старая система не можетъ долѣе существовать. Вы должны вернуть власть въ руки монарха и положить тѣмъ основаніе, стоя на которомъ Японія можетъ сдѣлаться равной другимъ странамъ".