Что подѣйствовало въ данномъ случаѣ на Кеики, сознаніе ли безнадежности его положенія, или дѣйствительно желаніе блага родины, или просто личная слабость, но только, вопреки всѣмъ ожиданіямъ, онъ послѣ нѣкотораго колебанія послалъ микадо свое отреченіе. Онъ заявилъ, что отнынѣ и навсегда онъ слагаетъ съ себя званіе шогуна и передаетъ свою власть въ руки микадо. Впредь до установленія новаго управленія страной онъ предлагалъ нести на себѣ всѣ заботы на управленію дѣлами, только уже не въ качествѣ шогуна. Это произошло 19-го ноября 1867 г. Одновременно съ этимъ въ посланіи къ своимъ вассаламъ и приверженцамъ онъ объяснилъ мотивы своего поступка именно тѣми аргументами, которые приводилъ въ своемъ письмѣ дайміосъ Тозы.
Въ Кіото отреченіе шогуна произвело громадный эффектъ. Немедленно же были приняты всѣ мѣры, чтобы укрѣпить создавшееся положеніе и не дать шогуну возможности одуматься.
Дворцовая охрана, находившаяся въ рукахъ преданныхъ шогуну дайміосовъ, была передана родамъ Сатсумы, Тозы, Овари и Ечизенъ. Родъ Чошу, бывшій въ опалѣ съ 63 г., получилъ амнистію, также какъ и придворные, пострадавшіе одновременно съ нимъ. Званіе шогуна и все правительство шогуна было объявлено несуществующимъ. И наконецъ было учреждено временное правительство, состоявшее изъ придворныхъ (куге) и преданныхъ микадо дайміосовъ, вѣдавшихъ съ этого момента всѣ дѣла управленія.
Декретъ объ упраздненіи шогуната былъ подписанъ 8-го января 1868 г. Этотъ день считается поворотнымъ пунктомъ японской исторіи.
Въ Японіи съ этого момента считается новая эра, называемая эрою Меиджи (т.-е. эпоха просвѣщеннаго мира). Въ дѣйствительности новая эра наступила далеко не такъ внезапно,-- прошло еще много времени, раньше чѣмъ новое правительство совершенно обезпечило себя извнѣ и окончательно организовалось внутри.
Среди приверженцевъ шогуна вѣсть о его отреченіи вызвала неописуемое смятеніе и негодованіе. Они далеко еще не считали своего дѣла окончательно проиграннымъ, и такой преждевременный отказъ отъ борьбы казался имъ просто трусостью.
Со всѣхъ сторонъ приверженцы вогуна съѣзжались въ Осаку, куда пріѣхалъ и Кеики послѣ своего прощальнаго визита въ Кіото. Всѣми силами они старались возбудить честолюбіе Кеики и убѣдить его вернуть свои права. Въ концѣ концовъ они достигли своего. Кеики далъ имъ разрѣшеніе собрать войска и двинуться вмѣстѣ съ нимъ въ Кіото. Когда въ Кіото узнали объ этомъ, тамъ рѣшили сдѣлать еще одну миролюбивую попытку. Дайміосы Овари и Ечивена были посланы къ бывшему шогуну для переговоровъ. Они предлагали ему пріѣхать въ Кіото одному и занять мѣсто въ формируемомъ правительствѣ. Кеики соглашался, но подъ условіемъ, чтобы молодой микадо удалилъ отъ себя "дурныхъ совѣтниковъ", т.-е. это значило, чтобы онъ снова изгналъ изъ Кіото преданныхъ ему дайміосовъ и окружилъ себя сторонниками шогуна. На это посланные не могли, конечно, согласиться. Они уѣхали въ Кіото ни съ чѣмъ, и оттуда было послано предписаніе южнымъ провинціямъ послать свои войска для защиты микадо.
Встрѣча враждебныхъ силъ произошла на дорогѣ отъ Осаки къ Кіото. Войска шогуна были гораздо многочисленнѣе, но европейское оружіе и четыре года упражненій въ новыхъ военныхъ пріемахъ склонили перевѣсъ на сторону южанъ. Три дня, съ 27-го по 30-е яи, варя 69. г. длилась ожесточенная битва, и, наконецъ, войска шогуна были обращены въ безпорядочное бѣгство. Противники преслѣдовали ихъ до самой Осаки, и тамъ Кеики едва успѣлъ спастись, сѣвъ на корабль. Разбитый и уничтоженный, вернулся онъ въ Іедо. Его первый министръ настаивалъ, чтобы онъ произвелъ надъ собой харакири, чтобы спасти, по крайней мѣрѣ, честь дома Токугавы. Но онъ не согласился на это. Тогда его министръ самъ покончилъ съ собой этимъ же способомъ.
Въ Іедо къ бывшему шогуну прибыли посланные микадо самураи Катзу и Окубо. Кеики далъ имъ торжественное обѣщаніе, что не подниметъ больше меча противъ своего законнаго монарха. Съ этихъ поръ онъ удалился въ частную жизнь и не дѣлалъ больше ни одной попытки нарушить внутренній миръ въ своей родинѣ.
Но приверженцы его не такъ скоро смирились. Междоусобная война длилась еще нѣсколько мѣсяцевъ. Но войска шогуна нигдѣ не встрѣчали сочувствія и поддержки, такъ что имъ пришлось, наконецъ, удалиться на Іезо, гдѣ они провозгласили республику. 27-го іюня 69 г. силы ихъ были окончательно разбиты войсками микадо и республика уничтожена.