Университетовъ въ Японіи два -- первый, въ Токіо, основанный въ 1877 г. и второй въ Кіото -- въ 1897 г.
Токійскій университетъ имѣетъ шесть факультетовъ: медицинскій, юридическій, естественно-математическій, филологическій, агрономическій и инженерный.
При университетѣ есть нѣсколько научно-вспомогательныхъ учрежденій для практическихъ занятій и ученыхъ изслѣдованій. Университетскія клиники по отзывамъ русскаго врача Шиманскаго {Отчетъ его былъ помѣщенъ въ "Журналѣ акушерства и гинекологіи* за 1899 г.} проработавшаго тамъ нѣсколько лѣтъ, обставлены образцово, и вполнѣ отвѣчаютъ послѣднимъ требованіямъ науки.
При естественно-математическомъ факультетѣ имѣется богатѣйшій ботаническій садъ, выписывающій растенія изъ различныхъ частей свѣта и, привлекающій массу посѣтителей своей красотой и безупречнымъ порядкомъ.
О сейсмологическомъ обществѣ и сейсмической обсерваторія намъ уже приходилось упоминать, говоря о землетрясеніяхъ, кромѣ нея, тамъ есть еще астрономическая и морская біологическая лабораторія, устроенная въ бухтѣ Куаджиро, чрезвычайно богатой всевозможными видами морскихъ организмовъ. При филологическомъ факультетѣ есть спеціальная исторіографическая и археологическая коммиссія, занимающаяся изученіемъ японскихъ древностей. При инженерной коммиссіи организованы различныя образцовыя мастерскія, а при сельскохозяйственной на принадлежащей университету землѣ устроены опытныя поля, питомники и т. п. Наконецъ, при университетѣ же есть всевозможные кабинеты: физическій, зоологическій, геологическій, антропологическій и богатая библіотека не только на японскомъ и китайскомъ, но и на многихъ европейскихъ языкахъ (около 200.000 названій европейскихъ книгъ).
Въ настоящее время Токійскій университетъ уже не можетъ быть названъ исключительно учебнымъ заведеніемъ, онъ въ тоже время и ученое учрежденіе, изъ среды котораго выходятъ крупныя научныя силы, завоевывающія признаніе и въ Европѣ. Напомнимъ хотя бы знаменитаго японскаго бактеріолога Китазато, прославившагося своими изслѣдованіями по чумѣ и изобрѣвшимъ вмѣстѣ съ проф. Берингомъ противодифтеритную сыворотку. Другой японскій профессоръ Шига изобрѣлъ противодезинтерійную сыворотку, примѣняющуюся теперь и въ европейскихъ клиникахъ. О работахъ японскихъ ученыхъ въ области геологіи и сейсмологіи намъ уже приходилось упоминать. Въ этой отрасли наиболѣе извѣстны проф. Омори и Секія.
Въ 1901--2 г. всѣхъ слушателей въ токійскимъ университетѣ было 3121, при чемъ изъ нихъ 15 иностранцевъ (8 китайцевъ, 3 корейца, 2 филипинца, 1 индусъ и 1 американецъ)" Профессоровъ и преподавателей 245, въ томъ числѣ 18 иностранцевъ (8 нѣмцевъ, 3 американца, 2 англичанина, 1 французъ, 1 русскій, 1 швейцарецъ, 1 итальянецъ и 1 китаецъ). Въ первые годы количество иностранныхъ преподавателей было, конечно, значительно больше. Но, по мѣрѣ того, какъ являлись японцы, подготовившіеся и за-границей, и дома къ занятію каѳедръ, они естественнымъ образомъ замѣняли иностранцевъ. Вообще въ 1902 году всѣхъ иностранцевъ; занимающихся преподаваніемъ въ Японіи, насчитывалось всего 66, причемъ треть изъ нихъ нѣмцы, потомъ англичане и американцы, остальные же считаются единицами.
Въ этомъ нежеланіи допускать иностранцевъ къ преподаванію сказывается, конечно, стремленіе японцевъ къ независимости въ духовной области. Они охотно заимствуютъ у иностранцевъ то, что имъ кажется полезнымъ и пригоднымъ, охотно сами ѣдутъ учиться въ Европу, но по возможности избѣгаютъ отдавать въ ихъ руки воспитаніе молодежи. Вмѣстѣ съ этимъ въ школѣ никогда не воспитывается намѣренно непріязнь и недовѣріе къ иностранцамъ. Въ той же министерской инструкціи 1899 г., о которой намъ уже приходилось упоминать, говорится между прочимъ: "Высоко чтите предковъ и обращайтесь съ вашими родителями съ теплой сердечностью, но не смотрите ни на кого, какъ на вашего врага потому только, что онъ христіанинъ. Такъ какъ всѣ человѣческія существа суть братья и сестры, то нѣтъ основаній относиться недовѣрчиво къ иностранцамъ. Смотрите на нихъ, какъ на равныхъ, и дѣйствуйте правдиво во всѣхъ вашихъ сношеніяхъ съ ними. Остерегайтесь сплачиваться для борьбы противъ иностранца и ненавидѣть его только потому, что онъ иностранецъ. Надо судить людей по ихъ поведенію, а не по ихъ національности".
Отчасти, въ дѣлѣ преподаванія сами европейцы виноваты въ нѣкоторомъ недовѣріи къ нимъ со стороны японцевъ. Когда Японія была открыта для иностранцевъ, въ Европѣ о ней имѣлось довольно смутное представленіе. Казалось, что у этихъ варваровъ всякій европеецъ, по одному тому, что онъ европеецъ, можетъ сойти за ученаго. Люди, которымъ не повезло въ своемъ отечествѣ, являлись въ Японію и предлагали свои услуги по части просвѣщенія подданныхъ микадо. И вначалѣ плохое знаніе иностранныхъ языковъ вводило японцевъ въ печальныя недоразумѣнія. Г. Дюмоляръ, бывшій самъ профессоромъ токійскаго университета, разсказываетъ случай, что вскорѣ послѣ переворота 1868 г. преподавателемъ въ одно изъ высшихъ учебныхъ заведеній былъ приглашенъ американскій мясникъ. Но это не долго продолжалось. Японское правительство очень скоро замѣтило, что его довѣрчивостью воспользовались разные проходимцы и приняло свои мѣры. Для иностранцевъ, ищущихъ мѣстъ преподавателей въ 1874 году, былъ установленъ своего рода государственный экзаменъ, и въ первый же годъ многіе изъ кандидатовъ съ позоромъ провалились. Предполагаемый лекторъ англійской литературы не умѣлъ грамотно писать по-англійски, а познанія профессора математики не шли дальше уравненія 2-й степени. Не мудрено, что послѣ этого японцы стали относиться нѣсколько подозрительно къ носителямъ европейскаго просвѣщенія, хотя это не мѣшало настоящимъ европейскимъ ученымъ въ родѣ профессора Мильна, напр. по много лѣтъ подрядъ занимать каѳедры въ токійскомъ университетѣ.
Молодой университетъ въ Кіото еще далеко не сравнялся съ первымъ. Въ немъ пока открыто только 4 факультета: медицинскій, юридическій, естественно-математическій и инженерный. Количество студентовъ въ немъ тоже невелико, въ 1901 г. ихъ было всего около 500. Вполнѣ закончены устройствомъ въ немъ только медицинскія клиники, въ которыхъ перебывало уже около 40 тысячъ амбулаторныхъ и около 1 1/2 тысячу госпитальныхъ больныхъ.