Новый государь, эрцгерцог Фердинанд [Фердинанд II (1529--1595) -- эрцгерцог Австрийский, правитель Передней Австрии и Тироля (1564-- 1595).], постепенно изгнал из Тироля почти всех протестантов и анабаптистов. Немногих рудокопов-евангеликов, которых он еще пощадил, изгнал из долины Нижнего Инна его преемник, гроссмейстер Тевтонского ордена Максимилиан (1595--1619). Затем над восстановлением католицизма в церковной жизни работали иезуиты Галля и Инсбрука, а также германская коллегия в Риме, коллегия в Диллингене и Ингольштадте, которые подготовили немало тирольских священников. В результате этих совместных усилий современный Тироль превратился в фанатическую крепость католической партии в находящихся под властью Габсбургов немецких странах.
Во Внутренней Австрии, в Штирии, Каринтии, Крайне, эрцгерцог Карл [Карл II (1540--1590) -- эрцгерцог Австрийский, правитель Внутренней Австрии (1564-- 1590).], последний сын императора Фердинанда, нашел при вступлении на престол, по своему собственному признанию, лишь развалины старой церкви. У него самого лично не было никакой склонности к ханжеству. Оно появилось у него лишь после того, как в 1571 году он женился на баварской принцессе Марии, молодой, энергичной женщине, стоявшей значительно выше его по силе характера и ума. Мария перенесла в грацский замок господствовавшую при мюнхенском дворе дружбу к иезуитам.
Уже в 1573 году иезуиты основали в Граце богато обеспеченную коллегию, чтобы конкурировать с национальной протестантской школой, и вскоре число католических исповедников в этом почти совершенно протестантском городе поднялось с 20 до 500. Но протестанты высших классов были так могущественны во Внутренней Австрии, что эрцгерцог вынужден был на общем сейме 1578 года в Бруке-на-Муре даровать дворянству религиозную свободу и дать обещание терпеть протестантских проповедников и школы в Граце, Юденбурге, Лайбахе и Клагенфурте.
Папа, иезуиты, эрцгерцогиня Баварская и баварские родственники Карла были раздражены этими уступками, и сам Карл чувствовал сильные угрызения совести. Уже в октябре 1579 года он обещал на проходившей в Мюнхене конференции князей отменить сделанные уступки. Он начал со своего герцогского дома: даже повара-еретики должны были уступить свои места баварским коллегам, добрым католикам.
Главнейшие придворные должности были быть переданы итальянцам, а на церковные должности, находившиеся в распоряжении эрцгерцога, были назначены баварцы. Затем, начиная с 1581 года, евангелических проповедников стали изгонять из герцогских городов и рынков и заменять их священниками, получившими свое воспитание у иезуитов. В то же время детям в Граце запретили посещать национальную протестантскую школу, и, чтобы иметь возможность запретить им посещение школ, находящихся в других городах, иезуитская коллегия в Граце была 1 января 1585 года преобразована в университет с вполне определенной целью -- держать в чистоте католическое учение и искоренить ересь. Само собой разумеется, что некатоликам запрещали занимать какие-либо общественные должности, но еще более сильное впечатление произвело то, что герцог начал угрожать религиозной свободе даже самой знати и что он поставил дарование прав гражданства во всех городах в зависимость от принесения католической присяги.
Карл умер 10 июля 1590 года, клятвенно обязав своих преемников под угрозой лишения их прав поддерживать католическую религию и продолжать дело контрреформации. Но его сыну и преемнику Фердинанду было только двенадцать лет, и евангелики, воспользовавшись слабым правлением, вновь захватили значительное число церквей. Их национальная школа приобрела цветущий вид, и Грац опять, казалось, превратился в протестантский город.
Утверждают, что на Пасхе 1596 года из всех жителей Граца только молодой герцог слушал обедню по католическому обряду. Но все немедленно изменилось, как только эрцгерцог повзрослел. Он был в течение пяти лет учеником иезуитов в Ингольштадте, и его ум, впрочем довольно посредственный, не мог представить себе более высокой задачи, чем восстановление католической церкви в своих наследственных владениях. Шло ли это на пользу его владениям или нет, это было для него безразлично. "Я предпочитаю, -- говорил он -- царствовать скорее в разоренной, чем в проклятой стране".
В сентябре 1598 года он изгнал из Граца всех протестантских учителей и проповедников, а в октябре 1599 года приказал закрыть все евангелические церкви и часовни в городах, на рынках и в деревнях Штирии. Местечки, оказывавшие сопротивление, были приведены к покорности военными "реформационными комиссиями". Если это не помогало, жителей вынуждали покидать родину и конфисковали десятую часть их движимого имущества.
В начале XVII века преследования начались в Коринтии и Крайне. Все же Фердинанд сначала не осмеливался приняться за дворянство. Лишь в 1628 году он принудил 800 дворян-евангеликов покинуть Австрию. Так была наконец выполнена программа, намеченная пятьдесят лет назад в Мюнхене: протестантская церковь Внутренней Австрии была уничтожена, безраздельное господство католической веры было обеспечено. С внешней стороны этот "подвиг" был как будто делом государей. Но протестантское население не ошибалось, возлагая большую часть ответственности на иезуитов, особенно на грацских иезуитов; и то, что Фердинанд по окончании дела подарил грацской коллегии большое Мюльштадское поместье и затем основал новые коллегии, в 1602 году в Клагенфурте и в 1613 году в Леобене, доказало, что протестанты были правы.
В это же время католическая реакция началась в Верхней и Нижней Австрии, а также в Зальцкаммергуте. И здесь цель всех мероприятий сводилась к тому, чтобы поставить вне закона протестантизм на всех коронных территориях, восстановить во всех приходах католических священников, реформировать школы и даже Венский университет. Не тронули только дворянство, и то лишь в первое время.