Ведя в 1860-х годах дискуссию с демократическими журналами, Достоевский в то же время не менее ожесточенно полемизировал с консервативными и либеральными органами. Журнал "Время" на всем протяжении своего существования беспощадно разоблачал политическую позицию "Русского вестника", издатель которого М. Н. Катков в статье Ф. М. Достоевского "Щекотливый вопрос" (Вр, 1862, No 10) осуждался за карьеризм, стяжательство, за претензии на "либерализм", укладывающийся в формулу "два шага вперед и три назад".
Говоря об англоманских пристрастиях Каткова в статье "О новых литературных органах и о новых теориях" (Вр, 1863, No 1), Достоевский утверждал, что "скорее систему Фурье можно у нас ввести, чем идеалы г. Каткова". Издаваемую Катковым газету "Московские ведомости" Достоевский неоднократно называл "московскими теймсами". Продолжение этой полемики обнаруживается и в "Крокодиле". Причем если в черновых набросках эта тема только намечена: ""Теймс" решает, что нам нужно среднее сословие, стало быть, капитал..." (стр. 329), то в окончательном тексте речь "капиталиста" Игнатия Прокофьича целиком построена на пародировании статей Каткова (стр. 189--190), а одна его фраза является почти цитатой из статьи Достоевского, направленной против Каткова. В основном тексте "Крокодила": "Надо, говорит, чтоб иностранные компании скупили по возможности всю нашу землю по частям, а потом дробить, дробить, дробить как можно в мелкие участки" (стр. 189). Ср. в статье "О новых литературных органах и о новых теориях": "Чем виноваты мы, что ему мерещится поклонение лордам, раздробление собственности на личном начале, вместо нашего дворянства маркизы и лорды...".
В черновых набросках содержатся также выпады против либеральных западнических теорий, одним из глашатаев которых была газета "Голос" (в рукописи, как и в основном тексте, -- "Волос"), редактировавшаяся А. А. Краевским. А. А. Краевский в черновиках назван несколько раз. Например: "Тот век видел Александра Андреевича Чацкого. Наш век видел Андрея Александровича Краевского" (стр. 329); "Краевский и Загуляев (газета "Волос"). Совпадает с квиетизмом" (стр. 332) и др. Причем имя Краевского у Достоевского во всех случаях ассоциируется со стремлением к наживе, прикрытым либеральными рассуждениями.
Характеризуя "либерализм" газеты Краевского, Достоевский сделал помету: "Ледрю-ролленовского чего-нибудь подпустить" (стр. 336). Не исключена возможность, что в данном случае Достоевский собирался посвятить "Голосу" несколько иронических строк, аналогичных тем, которые ему запомнились из статьи Салтыкова-Щедрина "Наша общественная жизнь" (С, 1863, NoNo 1, 2). Там, высмеивая показной либерализм Краевского, Салтыков-Щедрин писал: "...если я вижу человека, таинственно пробирающегося в редакцию газеты "Голос", тут я прямо говорю себе: нет, это человек неблагонамеренный, ибо в нем засел Ледрю-Роллень. И напрасно Андрей Александрович Краевский будет уверять меня, что Ледрю-Роллень был, да весь вышел..." (Салтыков-Шедрин, т. VI, стр. 10).
Таким образом, чиновник, проглоченный крокодилом, должен был в своих речах пародировать различные враждебные Достоевскому-"почвеннику" идеологические концепции. При этом, попав в брюхо к крокодилу, он не только не унывает, но, наоборот, неоднократно заявляет, что пребывание там -- лучшее время его жизни: "Я чувствую наконец, что это (в крокодиле) нормальное мое состояние. Никогда еще я не был более счастлив и спокоен духом, как теперь, удаленный от всех предрассудков" (стр. 330).
Смысл этого заявления прояснится, если вспомнить, что Достоевский упрекал всё русское образованное общество в отрыве от "живой жизни", от "почвы". В соответствии с этим его герой ощутил себя способным создавать новые теории и общественные системы только тогда, когда вполне изолировался от окружающей действительности: "Теперь я могу мечтать об улучшении судьбы всего человечества и, наученный опытом, давать уроки" (стр. 327).
Та же мысль развита в окончательном тексте рассказа. Иван Матвеевич, попав в чрево крокодила, говорит: "Из крокодила выйдет теперь правда и свет. Несомненно изобрету новую собственную теорию новых экономических отношений и буду гордиться ею -- чего доселе не мог за недосугом по службе и в пошлых развлечениях света. Опровергну всё и буду новый Фурье" (стр. 194). Здесь очевиден намек также и на роман "Что делать?", содержащий социально-экономическое обоснование и фантастические картины будущего общества, художественно и идеологически неприемлемые для автора "Записок из подполья". После выхода в свет романа Чернышевского в течение ряда лет в русских журналах демократического направления оживленно обсуждались социально-утопические идеи Фурье (ср. примеч. к стр. 194).
В журнальный текст рассказа не вошли некоторые из намеченных в черновых записках тем. Сохранив основные направления полемических ударов, Достоевский уделил в печатном тексте "Крокодила" по сравнению с черновиками меньшее место полемике с демократическими журналами. В предисловии к рассказу Достоевский указал, что его автором является Семен Стрижов, откликнувшись таким образом на памфлет Салтыкова-Щедрина, в котором сотрудники журнала "Эпохи" названы были стрижами (см. стр. 384--385).
В черновых записях было намечено сюжетное завершение рассказа. Предполагалось, что чиновник в конце концов должен был "вылезти" из крокодила (см. стр. 326), к великому неудовольствию немца, который, пытаясь водворить его обратно, кричал: "Ступайт! Влезайт опять... Але, марш!" (стр. 337). По одной из неосуществленных версий, чиновник вызвал ревность немца, влюбившись в "муттер" (стр. 326).
При прохождении через цензуру "Крокодил" привлек внимание цензора С. И. Лебедева, который в связи с этим сделал доклад на заседании Петербургского цензурного комитета 17 марта 1865 г. (сообщено И. Г. Ямпольским). В протоколе заседания имеется следующая запись: