Вскорѣ послѣ того, въ семействѣ Борджіа совершилось трагическое событіе, а именно убійство донъ-Хуана, герцога Гандія. Папа Александръ особенно любилъ этого сына и даже мечталъ о томъ, чтобы какимъ нибудь способомъ добыть ему неаполитанскую ворону. Разъ вечеромъ, Ваноцца устроила для своихъ сыновей и близкихъ родныхъ семейное празднество на своей виллѣ, расположенной среди виноградниковъ у Санъ-Пьетро въ Винколи. Въ эту же ночь донъ-Хуанъ исчезъ безслѣдно, но три дня спустя тѣло его было найдено въ Тибрѣ. Онъ вышелъ изъ виллы своей матери одновременно съ другими гостями съ намѣреніемъ отправиться домой. Общественное мнѣніе тотчасъ же приписало Чезаре убійство роднаго брата; но онъ уговорилъ папу оставить злодѣяніе безъ всякихъ послѣдствій. Съ этого времени, Александръ VI болѣе чѣмъ когда нибудь сдѣлался послушнымъ орудіемъ въ рукахъ своего преступнаго сына и долженъ былъ потворствовать всѣмъ его предпріятіямъ. Такимъ образомъ, Чезаре Борджіа шелъ шагъ за шагомъ по пути злодѣяній, на который онъ выступилъ съ такимъ неслыханнымъ успѣхомъ. Его необыкновенная сила, въ соединеніи съ мужествомъ и свойственной ему проницательностью, внушали къ нему общій страхъ.
Чезаре не считалъ нужнымъ скрывать долѣе свои честолюбивые планы. Папа по его внушенію послалъ довѣренныхъ лицъ въ Неаполь для переговоровъ относительно брака своего сына Чезаре съ сестрой принца Федериго. Въ то же время, онъ велѣлъ предложить самому принцу руку Лукреціи, которая властью его святѣйшества должна быть разведена съ графомъ Сфорца.
Но Федериго не далъ своего согласія, равно и неаполитанская принцесса отвѣтила рѣзкимъ отказомъ на предложеніе паны.
Послѣ удаленія французовъ, принцъ Федериго сдѣлался правителемъ Неаполя. Но его положеніе казалось настолько шаткимъ, что папская партія въ Римѣ разсчитывала на скорый переворотъ и связывала съ этимъ смѣлую надежду посадить Чезаре Борджіа на неаполитанскій престолъ.
Хотя неопредѣленная будущность и чрезмѣрное честолюбіе въ связи съ дурными наклонностями и глубокой нравственной испорченностью побуждали Чезаре къ самымъ ужаснымъ злодѣяніямъ, но въ своей частной жизни онъ ничѣмъ не отличался отъ знатныхъ людей своего времени. Онъ не только интересовался рыцарскими упражненіями, травлей звѣрей и боями быковъ, но разыгрывалъ роль Мецената, выказывалъ любовь къ наукѣ и искусству, и, по примѣру своихъ современниковъ, покровительствовалъ выдающимся ученымъ и художникамъ.
Онъ слышалъ отъ кардинала Джьованни Пацци, брата миланской герцогини, о разнообразныхъ талантахъ Леонардо да-Винчи, который въ это время уже пользовался большой извѣстностью, какъ живописецъ, скульпторъ, инженеръ и музыкантъ. Леонардо по его приглашенію пріѣхалъ въ Римъ, и такъ какъ онъ былъ не только многостороннимъ ученымъ и художникомъ, но въ высшей степени пріятнымъ собесѣдникомъ, то Чезаре рѣшилъ удержать его при себѣ, поручалъ ему планы крѣпостей, проекты мостовъ и другія работы. Леонардо, съ своей стороны, охотно разстался съ Флоренціей, гдѣ ему было непріятно оставаться по многимъ причинамъ. Хотя его любовь къ Маріи Пацци скорѣе походила на дружбу, но онъ почувствовалъ себя совершенно одинокихъ послѣ ея отъѣзда въ Миланъ; ему казалось, что воспоминаніе о ней будетъ меньше томить его среди новой обстановки и въ другой сферѣ дѣятельности. Марія Пацци была недоступна для него; онъ зналъ это съ первой минуты изъ встрѣчи и полюбилъ ее той чистой идеальной любовью, на какую способны только исключительныя, богато одаренныя натуры. Она была путеводной звѣздой его внутренней жизни; онъ мысленно обращался къ ней въ трудныя минуты и искалъ утѣшеніе и отраду.
Дѣятельность Саванаролы во Флоренціи неблагопріятно отразилась на творчествѣ и на общественномъ положеніи художниковъ. Любовь къ картинамъ и скульптурнымъ произведеніяхъ считалась теперь непозволительною роскошью и не подходила къ серьезному направленію, которое было введено во Флоренціи проповѣдями Саванаролы. Хотя Пьетро Медичи въ умственномъ отношеніи имѣлъ мало общаго съ своимъ отцомъ и предпочиталъ роскошь въ одеждѣ и блестящую обстановку всѣмъ сокровищамъ искусства, но у художниковъ сохранилось воспоминаніе о щедрости и высокомъ артистическомъ пониманіи знаменитаго Лоренцо. Поэтому всѣ они болѣе или менѣе были приверженцами изгнанныхъ Медичисовъ.
Кромѣ Леонардо да-Винчи, изъ Флоренціи прибылъ въ Римъ другой молодой художникъ, который еще раньше покинулъ отечественный городъ, когда смерть лишила его могущественнаго покровителя въ лицѣ Лоренцо Медичи. Это былъ Михель Анджело. Онъ не могъ поладить съ сыномъ Лоренцо, такъ какъ однажды, когда выпалъ обильный снѣгъ, Пьетро поручилъ великому художнику сдѣлать снѣжную статую на дворѣ палаццо Медичи. Въ это время Микель Анджело работалъ надъ статуей Геркулеса, имѣвшей около четырехъ футовъ высоты и началъ распятіе въ натуральную величину для настоятеля монастыря Sau Spirito, въ благодарность за данное имъ тайное дозволеніе заниматься анатоміей надъ трупами бѣдняковъ умершихъ въ госпиталѣ.
Послѣ своей ссоры съ Пьетро Медичи, Микель Анджело переселился изъ палаццо Медичи въ домъ своего отца, но не долго прожилъ здѣсь и съ двумя товарищами отправился въ Венецію. У юношей не достало денегъ на дорогу; кромѣ того ихъ задержали у воротъ Болоньи за отказъ явиться къ начальству. Знаменитый болонскій гражданинъ Джіанфранческо Альдобранди освободилъ Микель Анджело и взялъ его къ себѣ подъ свою отвѣтственность. Все время, пока продолжалась война, Микель Анджело прожилъ у этого ревностнаго поклонника искусства, которому онъ читалъ по вечерамъ Данте, Петрарку и Бокаччіо. Благодаря Альдобранди молодому флорентинцу поручено было сдѣлать Ангела у гроба св. Доминика. Этотъ выгодный заказъ возбудилъ зависть болонскихъ художниковъ, которые дѣлали столько непріятностей своему сопернику, что онъ вернулся въ родной городъ. Черезъ годъ Микель Анджело отправился въ Римъ.