Во время отсутствія Саванаролы, во флорентинскомъ монастырѣ Санъ-Марко умеръ настоятель, и поднятъ былъ вопросъ о назначеніи ему преемника. Монахи тотчасъ же рѣшили между собою выбрать въ настоятели Джироламо, какъ самаго смѣлаго и даровитаго среди нихъ. Почти всѣ молодые доминиканцы преклонялись передъ нимъ, и даже между болѣе пожилыми монахами были у него приверженцы, которые относились къ нему съ уваженіемъ и любовью. Многіе изъ нихъ готовы были пожертвовать жизнью для Саванаролы, и эти преимущественно настояли на его выборѣ. Когда онъ вернулся въ монастырь, то ему торжественно объявили объ его новомъ санѣ.
Но смиренный Джироламо видѣлъ въ этомъ событіи только указаніе Божественнаго промысла и безпрекословно покорился волѣ монаховъ.
Съ давнихъ поръ было въ обычаѣ, что вновь назначенные настоятели монастыря Санъ-Марко дѣлали визитъ главѣ дома Медичи, чтобы засвидѣтельствовать ему свое почтеніе, какъ бы въ знакъ того, что они отчасти обязаны ему своимъ саномъ. Но Джироламо не исполнилъ этой формальности. При своемъ строгомъ отношеніи къ людямъ онъ считалъ Лоренцо узурпаторомъ, присвоившимъ себѣ господство надъ Флоренціей, который, сверхъ того, по своей расточительности и свѣтскому направленію не заслуживалъ никакого уваженія. Лоренцо напрасно ждалъ нѣкоторое время посѣщенія новаго настоятеля монастыря Санъ-Марко, и ему было въ высшей степени непріятно, что этотъ монахъ не захотѣлъ покориться обычаю, издавна вошедшему въ употребленіе. Но еще больше была оскорблена невниманіемъ монаха супруга Лоренцо Медичи, гордая дщерь дома Орсини. Тѣмъ не менѣе, какъ она сама, такъ и Лоренцо вполнѣ сознавали, что, въ данномъ случаѣ, не можетъ быть и рѣчи о насиліи, потому что Джироламо пользовался любовью толпы, и при этомъ его непоколебимое мужество было всѣмъ извѣстна
У дома Медичи было нѣсколько довѣренныхъ лицъ, которыя въ былыя времена завѣдывали его торговыми дѣлами; Лоренцо, достигнувъ власти, давалъ имъ, время отъ времени, разныя порученія, касающіяся государственнаго управленія.
Теперь онъ послалъ двухъ изъ нихъ: Пьетро де-Бибіенъ и Доменико Бонти къ настоятелю Санъ-Марко, чтобы дружески убѣдитъ его въ необходимости покориться установленному обычаю. Посланные обратили вниманіе Саванаролы на тѣ преимущества, какими пользуется монастырь, благодаря щедрости Лоренцо Медичи, и доказывали, что отъ него собственно зависитъ утвердить выборъ настоятеля. Но Джироламо отвѣтилъ, что обязанъ своимъ саномъ Богу, и никому имъ смертныхъ.
Отказъ Саванаролы былъ тѣмъ непріятнѣе для Лоренцо, настоятель такимъ образомъ открыто объявилъ себя его противникомъ. Онъ сдѣлалъ дальнѣйшую попытку подѣйствовать на Саванаролу, и съ этой цѣлью отправилъ тайно въ монастырь одного изъ своихъ приближенныхъ, такъ какъ ему необходимо было склонить на свою сторону всемогущаго проповѣдника, руководившаго настроеніемъ толпы. Леонардо Ручеллаи, посланный къ Саванаролѣ съ этимъ щекотливымъ порученіемъ, предложилъ ему цѣнные подарки отъ имени правителя Флоренціи, но потерпѣлъ полную неудачу. Джироламо съ презрѣніемъ отвергъ ихъ.
Лоренцо въ третій разъ отправилъ пословъ, которые должны были объяснить упрямому монаху, что его поведеніе посѣетъ раздоръ между флорентинцами и будетъ способствовать образованію новыхъ партій, и, что если онъ не измѣнитъ образа дѣйствій, то его дальнѣйшее пребываніе въ городѣ не можетъ быть терпимо.
Джироламо отвѣтилъ: Въ такомъ случаѣ, пусть удалится Лоренцо, но я долженъ остаться; изъ насъ двоихъ не я, а онъ самъ приноситъ несчастіе городу!
При тѣхъ условіяхъ, въ какихъ находилась Флоренція, Лоренцо могъ потерять всякое значеніе въ глазахъ народной толпы, еслибы въ данный моментъ не воспользовался тѣмъ преимуществомъ, какое имѣлъ надъ настоятелемъ монастыря Санъ-Марко въ силу своего общественнаго положенія. Но съ другой стороны онъ настолько цѣнилъ умнаго и смѣлаго противника, что въ глубинѣ души искренно желалъ примиренія и чувствовалъ потребность идти съ нимъ рука объ руку.
Наконецъ, онъ рѣшился сдѣлать еще одну и послѣднюю попытку, чтобы преодолѣть упрямство Саванаролы, и самъ отправился къ нему. Когда онъ, въ былыя времена, посѣщалъ монастырь Санъ-Марко, то настоятель всякій разъ торжественно встрѣчалъ его въ корридорѣ съ старѣйшимъ изъ монаховъ, но Джироламо отступилъ отъ этого обычая и остался въ своей кельи. Такимъ образомъ Лоренцо долженъ былъ окончательно убѣдиться, что всѣ усилія побѣдить этотъ непреклонный характеръ будутъ напрасными