В Кульдже Пржевальский получил известие о смерти Якуб-бека и о вспыхнувшей вслед затем в Джеты-шааре междуусобице. Пржевальский не мог не придти к тому выводу, что в общем обстоятельства сложились исключительно благоприятно для его экспедиции. Вероятно, ни годом раньше, ни годом позже исследование Лоб-нора не удалось бы. Раньше Якуб-бек, чувствуя себя еще достаточно сильным в борьбе с богдоханскими войсками, не находил нужным считаться с Россией и не впустил бы русских путешественников. Теперь же, когда весь Восточный Туркестан охватила гражданская война, путешествие было бы и вовсе невозможно.
Пржевальский и его спутники провели в Кульдже около двух месяцев, готовясь к новому странствованию — через Джунгарию в Тибет.
28 августа 1877 года караван экспедиции с новым проводником — киргизом Алдиаровым — выступил в путь.
В этот день Николай Михайлович записал в свой путевой дневник: «Идем в Тибет и вернемся на родину года через два. Сколько нужно будет перенести новых трудов и лишений!.. Зато и успех, если такого суждено мне будет достигнуть, займет, вместе с исследованием Куку-нора и Лоб-нора, не последнюю страницу в летописях географического исследования Внутренней Азии!»
Однако на этот раз путешественнику не суждено было осуществить свои замыслы.
Уже через месяц, в горах Джунгарии, Николай Михайлович почувствовал себя больным. Распухло лицо, болело горло, по ночам трясла лихорадка. Но всего хуже был зуд. «От этого проклятого зуда нет, покоя ни днем, ни ночью», — жаловался Пржевальский.
Чтобы избавиться от зуда, он испробовал всевозможные средства: мылся отваром табака, солью, квасцами, мазался трубочной гарью, дегтем и купоросом, в городе Гучене пил лекарство, составленное китайским врачом из различных трав. Ничто не помогало.
Болезнь была вызвана длительными лишениями и нервным переутомлением. Николай Михайлович настолько ослабел, что у него тряслись руки. При всей своей выносливости он был не в состоянии продолжать путь и остановился в Гучене. Но в дымной, грязной юрте, без всякого дела, он чувствовал себя еще хуже, чем в пути. Сесть же в седло ему мешала сильная боль.
Ни делать съемку, ни даже ходить Пржевальский уже не мог. Оставаться дальше в Гучене или продолжать путь в Тибет — значило истощить окончательно силы и погибнуть без всякой пользы.
«Я решил возвратиться в Зайсанский пост, вылечиться там в госпитале и тогда с новыми силами идти опять в Гучен и далее в Тибет. Трудно было свыкнуться с подобным решением, но горькая необходимость принуждала к нему».