Благодаря неосторожности Мануйлова, японское правительство, по сообщению Гартинга, уже в 1905 году проведало о разоблачении помянутого шифра и о причастности к сему делу Ван-Веркенса, который вслед затем был уволен от должности дворецкого.
Не получая обещанной пенсии, Ван-Веркенс стал подавать жалобы на Мануйлова, по поводу коих Гартинг высказал, что в императорское посольство в Париже постоянно являются разные лица с заявлениями о неуплате Мануйловым более или менее крупных сумм и что вообще проявленная Мануйловым, во время пребывания его в Париже, некорректность в деловых сношениях вызовет целый ряд скандальных разоблачений.
Однако, когда в конце 1907 г. Веркенс обратился со своими домогательствами в департамент, то Мануйлов дал отзыв, что Веркенс за свои услуги был вознагражден хорошей суммой, а затем, согласно условию, получал ежемесячно содержание в размере 125 франков в течение нескольких месяцев; к этому Мануйлов добавил, что увольнение Вер-кенса не имеет никакого отношения к оказанной им услуге, так как все имеющиеся в нашем распоряжении японские шифры действуют и по сие время. Согласно сему отзыву Мануйлова, департамент отклонил претензии Веркенса.
В 1907 г. бывший агент Мануйлова Брюккер обратился с заявлением, что за 2 года службы он доставил Мануйлову важные документы, но обещанного Мануйловым возмещения расходов не получил; кроме того, Брюккеру не было выдано Мануйловым жалованье за 1½ месяца и обещанная награда — в общем 3.000 франков. На сделанное департаментом вследствие сего сношение, Мануйлов представил расписку Брюккера в окончательном с ним расчете.
В феврале 1907 года в департамент полиции поступила из Парижа жалоба бывшего секретаря П. И. Рачковского — Л. Гольшмана — о понуждении Мануйлова к уплате 3075 франков, взятых им — в виду своего официального положения — взаймы под поручительство Гольшмана. Гольшману было объявлено, что Мануйлов в департаменте уже не служит.
В феврале 1907 г. французский гражданин Бурштейн обратился с ходатайством о побуждении Мануйлова к уплате ему, Бурштейну, долга в 2000 франков и жалованья за 33 месяца, в течение какового времени он, будто бы, состоял на службе у Мануйлова, считая по 300 франков в месяц. На возмещении жалования Бурштейн, однако, не настаивает, желая лишь получить с Мануйлова означенный долг. Спрошенный по сему поводу Мануйлов уведомил, что Бурштейн на постоянной службе у него не состоял, а исполнял лишь отдельные поручения, за которые и получал своевременно условное вознаграждение. Что же касается долга, то существования его в вышеуказанной сумме Мануйлов не отрицал и представил, при своем объяснении, две расписки, из коих усматривается, что в счет этого долга им уплачено уже Бурштейну 800 франков.
Ограничимся этим списком обманутых Мануйловым иностранцев; его, конечно, можно было бы увеличить. А сколько обманов так и не всплыло! Мануйлов не стеснялся ни национальностью, ни суммой — по принципу: бей сороку и ворону, попадешь и на ясного сокола. Когда жалобы доходили до начальства, Мануйлов кое-как разделывался со своими клиентами; кому платил, от кого увиливал. После отставки стало совсем трудно. В департаментской справке деликатно обрисован образ его жизни по удалении из департамента полиции. „Проживая в С.-Петербурге, Мануйлов распространял слухи, что, благодаря занимаемому им в министерстве внутренних дел служебному положению и обширным его связям с разными высокопоставленными лицами, он имеет возможность устраивать разные дела во всех ведомствах, а в частности — и в департаменте полиции. Таким словам Мануйлова многие верили, так как он жил весьма богато, вел крупную игру в клубах и, не имея собственных средств, проживал, судя по некоторым указаниям, не менее 30.000 рублей в год".
И охранное отделение, и департамент полиции были настороже. Постоянные учреждения подбирали документики, снимали допросы и т. д. Время от времени материалы докладывались начальству. Начальство принимало к сведению, но никаких активных мероприятий не совершало. И не подвинула дела даже такая резолюция Столыпина: „Забыл передать вам сегодня прилагаемые документы, касающиеся Мануйлова. Пора сократить этого мерзавца". (20 марта 1909 года). Только в январе 1910 года настало время сократить Мануйлова, ибо к этому времени, кроме данных о его шантажной деятельности, особенно департамент не волновавшей, пошли слухи о том, что Мануйлов вступил в сношения с В. Л. Бурцевым и собирается продать ему важные документы, что, конечно, уже непосредственно задевало департамент. Между прочим, департаментом было перлюстрировано письмо не безызвестного Череп-Спиридовича следующего содержания:
„Независимо от сего мне сообщают, что бывший агент Ив. Фед. Мануйлов запродал за 150.000 фр. массу документов революционеру Бурцеву и получил в задаток 20.000 фр. Бурцев уехал будто бы в Америку собирать деньги на это и на пропаганду, а Мануйлов будто бы продолжает собирать новые разоблачения“.
Это, конечно, было слишком, и власти, наконец, решились посягнуть на невинность Мануйлова. У него был произведен обыск в ночь на 17 января 1910 года. Начальник охранного отделения донес на следующий день о результатах обыска. Протокол этот любопытен, и мы его приведем.