В тот же день жандармский ротмистр при С.-Петербургском губернском жандармском управлении Гришин составил «протокол примет крестьянина Вологодской губ. Тотемского уезда Ивана Васильева Бабушкина». Жандармы, опасаясь нового побега, старались снабдить своих филеров «особыми приметами» арестованного.
15 января состоялся первый допрос. Жандармы за вели новое дело, в котором были подробно изложены все «противоправительственные действия» И. В. Бабушкина: побег из екатеринсславской тюрьмы, проживание в Петербурге по подложному паспорту, организация подпольных рабочих собраний, издание листовок и т. п.
Арестованный держал себя на допросе спокойно и твердо и наотрез отказался отвечать на вопросы о своих товарищах, о том, кому и когда он пересылал листовки. В особой «Справке», приложенной к протоколу допроса, жандармы вынуждены были записать:
«На допросе Бабушкин не признал себя виновным в принадлежности к названному выше тайному сообществу… Найденные при обыске нелегальные брошюры Бабушкин, по его объяснению, получил для прочтения по пути следования от лица, называть которого не пожелал, а листок «Рабочей Мысли» и воззвание «Царь в Курске» нашел за несколько дней до обыска в одной из петербургских пивных; шифровальную азбуку составил лично, но не употреблял с преступными целями…» Жандармы особенно интересовались жидкостью в пузырьке, которую успел вылить Бабушкин во время обыска. Но и при этом вопросе Бабушкин остался верен себе:
«…Какая жидкость находилась в пузырьке — не знает; вылил ее машинально под влиянием нервного возбуждения, в котором находился во время обыска».
Допрос был прекращен, и за Бабушкиным вновь закрылись двери одиночки. На допрос его больше не вызывали: следователь решил, что долгие месяцы тюремного заключения заставят, быть может, «закоренелого преступника» обратиться к власти с какой-нибудь просьбой или заявлением. Тогда можно будет в виде особой «милости» удовлетворить эту просьбу (например, о свидании с родными) и попытаться вновь задать все те же необходимые жандармам вопросы о связях Бабушкина с товарищами в различных городах, о шифре, способах переписки и т. п.
Но Бабушкин стоически переносил тяжелые условия одиночного заключения. Он сильно беспокоился об участи Прасковьи Никитичны, о здоровье своей маленькой дочки, о судьбе друга Шелгунова. Иван Васильевич не знал, что в его семью пришло большое горе…
Мать И. В. Бабушкина, Екатерина Платоновна, 11 апреля 1903 года подала на имя царя просьбу об облегчении участи сына и Прасковьи Никитичны. Екатерина Платоновна писала, что «Прасковья Рыбас также арестована и вместе с дочерью помещена в доме предварительного заключения. В настоящее время дочь Лидия находится на излечении от воспаления легких в Боткинской барачной больнице».
Екатерина Платоновна просила: «облегчить участь женщины, бескорыстно по любви связавшей свою судьбу с судьбою сына, повелеть о скорейшем окончании их дела, дабы они, разлученные ныне, могли, хотя и в ссылке, влачить вместе дальнейшее свое существование…»
Затем она обращалась с просьбой дать Прасковье Никитичне возможность быть вместе с больным ребенком или же хотя «разрешить иметь с нею свидания в доме предварительного заключения, так как она, удрученная горем и болезнью ребенка, ни от кого не слышит слово утешения…»