3 января 1896 года Бабушкин в последний раз посетил своих друзей на Семянниковском и Обуховском заводах, передав связным пачку новых прокламаций. При этом он предупредил товарищей, чтобы они были готовы к новым обыскам и арестам, так как полиция принимала все меры для отыскания подпольной типографии. Поздно вечером Бабушкин съездил в село Александровское и посетил конспиративную квартиру, передав ожидавшим его друзьям подпольную литературу. Вернулся к себе домой Иван Васильевич уже за полночь.
Через день, 5 января, он лег спать ранее обыкновенного. Но не успела спуститься на шумный город ночная тишина, как в двери квартиры, где занимал маленькую комнатку Бабушкин, громко и настойчиво постучали. Через минуту в комнату вошли участковый пристав, околоточный надзиратель и городовые. В дверь заглянул испуганный хозяин квартиры.
— Мне поручено произвести у вас небольшой осмотр вещей, — почти любезно произнес пристав, соблюдавший столичный тон и всемерно старавшийся копировать гвардейских офицеров.
Обыск продолжался долго, но не дал никаких результатов, как ни старались околоточный и городовые. И вое же пристав, уже перед рассветом, негромко, как бы даже сочувствующим тоном: сказал:
— Хотя обыск и не дал никаких веских улик, но я все же должен… по совокупности, так сказать, имеющихся у нас сведений попросить вас одеться и следовать за мной. Иван Васильевич пожал плечами, видя полную бесполезность протеста, молча поднялся и стал одеваться.
Пристав в виде утешения начал распространяться па тему о том, что, возможно, арест этот «плод недоразумения, которое легко можно рассеять правдивыми показаниями», и что Бабушкина по недостатку улик скоро отпустят. Но Иван Васильевич, круто повернувшись на каблуках, так спокойно и вместе с тем презрительно посмотрел на красноречивого пристава, что тот, не закончив фразы, махнул рукой околоточному надзирателю.
Городовой распахнул настежь двери, и Бабушкин в сопровождении полицейских вышел на крыльцо.
— Что же это не в карете, без почета? — иронически спросил Иван Васильевич, увидев обыкновенные извозчичьи сани.
— Не хватает тюремных карет, — развел руками околоточный, — арестантов немало в эти дни.
Иван Васильевич знал, что арестованных отправляют или в Петропавловскую крепость, где правительство в течение десятков лет держало в ужасных условиях политических заключенных, или в тюрьму под названием «Кресты», или в дом предварительного заключения.